90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7677 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7677  hypothetical protein  100 
 
 
162 aa  329  9e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00437604  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0282  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
157 aa  87  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.486948  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1768  MarR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
151 aa  79  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4409  transcriptional regulator, MarR family  32.99 
 
 
161 aa  61.2  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2239  transcriptional regulator, MarR family  31.3 
 
 
146 aa  60.5  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.222685  normal  0.0457312 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2607  transcriptional regulator, MarR family  31.75 
 
 
158 aa  57  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.116422 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4344  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
144 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.747818  normal  0.0412659 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5805  transcriptional regulator, MarR family  30.84 
 
 
164 aa  55.8  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2905  MarR family transcriptional regulator  30.47 
 
 
146 aa  55.5  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.607898  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3505  transcriptional regulator  35.44 
 
 
150 aa  55.1  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.54422 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3350  transcriptional regulator, MarR family  31.86 
 
 
164 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0764351  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0853  HxlR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
159 aa  52.4  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.841358  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17310  regulatory protein, MarR family  29.03 
 
 
135 aa  52.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2156  MarR family transcriptional regulator  30.12 
 
 
149 aa  52  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309687  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6524  transcriptional regulator, MarR family  32.52 
 
 
146 aa  52  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00893581  normal  0.0928109 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5097  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
151 aa  51.6  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0969  transcriptional regulator, MarR family  31.48 
 
 
165 aa  51.2  0.000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4000  MarR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
188 aa  51.2  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.869888 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3205  transcriptional regulator, MarR family  34.65 
 
 
147 aa  50.8  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000109713  hitchhiker  0.00541794 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1726  transcriptional regulator, MarR family  36.11 
 
 
144 aa  50.1  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.108071  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5487  Transcriptional regulators-like protein  34.88 
 
 
169 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.303163  normal  0.0138039 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7503  transcriptional regulator, MarR family  32.1 
 
 
156 aa  50.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2739  transcriptional regulator, MarR family  31.71 
 
 
157 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340689  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1797  transcriptional regulator, MarR family  37.14 
 
 
187 aa  49.3  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.109893  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1191  MarR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
147 aa  49.3  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2630  MarR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
147 aa  48.9  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2853  MarR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
147 aa  49.3  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1596  transcriptional regulator, MarR family  36.19 
 
 
148 aa  48.9  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.665279  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4218  transcriptional regulator, MarR family  29.07 
 
 
128 aa  48.5  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.440858  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
143 aa  48.5  0.00004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2302  MarR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
139 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
143 aa  48.5  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3949  transcriptional regulatory protein  33.33 
 
 
179 aa  48.1  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1589  MarR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
169 aa  47.4  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0850023  normal  0.119457 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4123  MarR family transcriptional regulator  32.91 
 
 
175 aa  47.8  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00388815  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0862  MarR family transcriptional regulator  32.91 
 
 
156 aa  47.4  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6019  transcriptional regulator, MarR family  34.88 
 
 
149 aa  47  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.107791  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8206  MarR family  27.41 
 
 
156 aa  46.6  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0297  MarR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
147 aa  45.8  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01480  transcriptional regulator  40.3 
 
 
169 aa  45.8  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5060  MarR family transcriptional regulator  33.72 
 
 
149 aa  46.2  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.391119  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3876  MarR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
144 aa  45.8  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.156722 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2118  transcriptional regulator, MarR family  32.58 
 
 
151 aa  45.8  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3964  MarR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
144 aa  45.8  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.528609  normal  0.520443 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3890  MarR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
144 aa  45.8  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4810  MarR family transcriptional regulator  32.93 
 
 
143 aa  45.4  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0770  MarR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
156 aa  45.1  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0733  MarR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
156 aa  45.1  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3957  MarR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
165 aa  44.7  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432771  normal  0.0893513 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  31.58 
 
 
171 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4686  MarR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
168 aa  45.1  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000388035  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3659  transcriptional regulator, MarR family  42.22 
 
 
158 aa  44.3  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3217  MarR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
150 aa  44.3  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0836001  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0825  transcriptional regulator, MarR family  29.11 
 
 
156 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0682  MarR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
157 aa  44.3  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4631  transcriptional regulator, MarR family  27.35 
 
 
162 aa  43.9  0.0009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0697845 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4796  transcriptional regulator, MarR family  34.94 
 
 
156 aa  43.9  0.0009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.599931  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1510  MarR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
202 aa  43.5  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.48899  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5361  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
189 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000465127  normal  0.0688552 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4639  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
186 aa  42.4  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4358  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
148 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000202613  unclonable  0.00000493526 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5228  transcriptional regulator, MarR family  31.71 
 
 
143 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4875  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
148 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000623298  hitchhiker  0.0000000014051 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2588  MarR family transcriptional regulator  44.9 
 
 
169 aa  42.4  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0489  transcriptional regulator, MarR family  27.48 
 
 
148 aa  42  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0356  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
193 aa  42.4  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.36145 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3441  MarR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
189 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933202  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5196  transcriptional regulator, MarR family  28.3 
 
 
161 aa  41.6  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.416383  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0875  MarR family transcriptional regulator  28.32 
 
 
166 aa  41.6  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.445474 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0861  MarR family transcriptional regulator  22.12 
 
 
334 aa  41.6  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3114  transcriptional regulator, MarR family  32 
 
 
186 aa  42  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000547755 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1500  transcriptional regulator, MarR family  26.5 
 
 
157 aa  41.6  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4926  MarR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
189 aa  41.6  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000606834  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23820  transcriptional regulator  28.12 
 
 
149 aa  41.2  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4634  Transcriptional regulators-like protein  36.92 
 
 
324 aa  41.6  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.969868 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2862  transcriptional regulator, MarR family  31.18 
 
 
208 aa  41.2  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.182461 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6090  transcriptional regulator, MarR family  51.11 
 
 
155 aa  41.2  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.441137  normal  0.170401 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0090  MarR family transcriptional regulator  26.23 
 
 
142 aa  41.2  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2084  transcriptional regulator, MarR family  29.85 
 
 
163 aa  41.2  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000746204  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2777  transcriptional regulator, MarR family  30.56 
 
 
158 aa  41.2  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.158506  normal  0.392987 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0737  MarR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
322 aa  41.2  0.007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0096  MarR family transcriptional regulator  26.23 
 
 
142 aa  41.2  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1789  transcriptional regulator, MarR family  29.9 
 
 
163 aa  40.8  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2187  hypothetical protein  28.92 
 
 
174 aa  40.8  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0800441  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0557  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
152 aa  40.4  0.009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000149259  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0719  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 
152 aa  40.4  0.01  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.5947e-17 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1458  MarR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
172 aa  40.4  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00644177  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0662  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
152 aa  40.4  0.01  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000590636  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0572  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
152 aa  40.4  0.01  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000763093  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0629  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
152 aa  40.4  0.01  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383532  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>