89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2187 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2187  major facilitator transporter  100 
 
 		 502 aa  1011    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1874  major facilitator transporter  61.6 
 
 		 524 aa  619  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322942  normal  0.129685 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2202  major facilitator transporter  60.35 
 
 		 551 aa  616  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000401875 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2452  major facilitator transporter  59.96 
 
 		 551 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2011  major facilitator superfamily MFS_1  59.96 
 
 		 551 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000990966  hitchhiker  0.000202625 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1925  major facilitator transporter  59.25 
 
 		 531 aa  608  1e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2347  major facilitator transporter  59.96 
 
 		 551 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2336  major facilitator transporter  59.76 
 
 		 551 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1870  major facilitator transporter  60.04 
 
 		 531 aa  608  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2458  transporter, putative  59.49 
 
 		 529 aa  608  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1776  major facilitator transporter  61.26 
 
 		 519 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0516559  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2108  major facilitator transporter  60.04 
 
 		 531 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.753085 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2003  major facilitator transporter  58.93 
 
 		 530 aa  598  1e-170  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1657  major facilitator transporter  59 
 
 		 518 aa  598  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1403  major facilitator transporter  58.03 
 
 		 505 aa  587  1e-166  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.206645  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05075  putative sugar transporter  54.98 
 
 		 507 aa  580  1e-164  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0544446  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0599  transporter, putative  56.14 
 
 		 501 aa  574  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1015  major facilitator transporter  55.31 
 
 		 502 aa  560  1e-158  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.134636 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4087  major facilitator transporter  57.92 
 
 		 514 aa  537  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1021  major facilitator superfamily MFS_1  55.98 
 
 		 495 aa  536  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2738  major facilitator transporter  52.54 
 
 		 510 aa  505  9.999999999999999e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.934726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1886  major facilitator transporter  47.07 
 
 		 501 aa  442  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.156331  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0596  major facilitator transporter  46.57 
 
 		 500 aa  419  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.377823  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0975  hypothetical protein  38.24 
 
 		 498 aa  335  2e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.798408  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1089  major facilitator superfamily MFS_1  36.81 
 
 		 509 aa  326  7e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.339374  normal  0.270172 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5086  major facilitator superfamily MFS_1  54.19 
 
 		 457 aa  265  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0501179  normal  0.911731 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0864  major facilitator transporter  58.04 
 
 		 441 aa  260  4e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01889  sugar transporter  54.59 
 
 		 493 aa  249  8e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.660327  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1500  major facilitator transporter  55.45 
 
 		 448 aa  249  8e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.21091 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01240  sugar transporter  32.58 
 
 		 428 aa  217  5e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.686511  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0053  major facilitator transporter  41.38 
 
 		 449 aa  183  5.0000000000000004e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000090495  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0087  major facilitator transporter  39.66 
 
 		 457 aa  169  9e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000315537  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0898  major facilitator superfamily permease  37.07 
 
 		 454 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.880726  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0893  major facilitator superfamily permease  41.4 
 
 		 450 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1614  major facilitator transporter  38.94 
 
 		 448 aa  167  4e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000115723  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0994  major facilitator superfamily permease  41.4 
 
 		 450 aa  167  5e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.211502  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1877  major facilitator transporter  40.54 
 
 		 458 aa  165  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3953  major facilitator superfamily MFS_1  40.89 
 
 		 457 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.210656 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02413  sugar transporter  41.85 
 
 		 443 aa  164  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0041  major facilitator superfamily permease  37.23 
 
 		 471 aa  163  8.000000000000001e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000141077  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2441  transporter, putative  37.79 
 
 		 453 aa  160  3e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0973262  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0832  major facilitator superfamily permease  38.63 
 
 		 453 aa  161  3e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000561592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0084  major facilitator transporter  36.75 
 
 		 461 aa  159  1e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000380135  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG01510  conserved hypothetical protein  31.13 
 
 		 459 aa  76.3  0.000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02289  sucrose transporter, putative (Eurofung)  28.25 
 
 		 635 aa  66.2  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1599  major facilitator transporter  29.14 
 
 		 421 aa  63.9  0.000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0523  major facilitator transporter  30.27 
 
 		 416 aa  57.4  0.0000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0200  major facilitator superfamily MFS_1  27.85 
 
 		 415 aa  55.8  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2049  Na+/melibiose symporter and related transporters-like protein  25.79 
 
 		 469 aa  55.1  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.962314  normal  0.648168 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0290  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.51 
 
 		 472 aa  50.8  0.00006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000222424  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0575  major facilitator transporter  23.77 
 
 		 461 aa  50.4  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4463  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  21.28 
 
 		 444 aa  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4311  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  21.28 
 
 		 444 aa  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1981  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.29 
 
 		 481 aa  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00156524  hitchhiker  0.000367008 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1994  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.29 
 
 		 481 aa  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00859833  hitchhiker  0.00113965 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4394  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  21.28 
 
 		 444 aa  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0181186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02748  cation symporter  27.75 
 
 		 462 aa  50.1  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4282  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  21.28 
 
 		 444 aa  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.368763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4396  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  21.28 
 
 		 444 aa  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01690  conserved hypothetical protein  30.38 
 
 		 674 aa  48.5  0.0002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.887535  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02710  Major Facilitator Superfamily transporter  25.45 
 
 		 428 aa  49.3  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.199882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2052  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.06 
 
 		 471 aa  49.3  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1401  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  30.15 
 
 		 444 aa  48.9  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.738999  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3267  major facilitator transporter  34.57 
 
 		 415 aa  48.5  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0780681  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2081  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.57 
 
 		 481 aa  48.5  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0834729  hitchhiker  0.000000228967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2155  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.86 
 
 		 471 aa  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00011339  normal  0.022313 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3738  hypothetical protein  30.77 
 
 		 467 aa  47.8  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00183877  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0685  Na+/melibiose symporter and related transporters-like  26.47 
 
 		 455 aa  47.8  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000328828 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1269  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  28.57 
 
 		 465 aa  47.4  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3149  major facilitator superfamily MFS_1  27.78 
 
 		 460 aa  47.4  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1271  major facilitator transporter  33.05 
 
 		 403 aa  47  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.879022 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0454  major facilitator superfamily MFS_1  32.77 
 
 		 404 aa  47  0.0008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.1922  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0846  glycoside-Pentoside-hexuronide (GPH):cation symporter family protein  29.75 
 
 		 416 aa  46.2  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1406  major facilitator transporter  23.33 
 
 		 401 aa  46.2  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000773977  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0248  major facilitator transporter  36 
 
 		 486 aa  46.6  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.135747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0819  oligogalacturonide transporter  24.47 
 
 		 524 aa  46.2  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0853  major facilitator superfamily MFS_1  24.3 
 
 		 523 aa  45.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2955  major facilitator superfamily MFS_1  27.87 
 
 		 405 aa  45.1  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0034  major facilitator superfamily MFS_1  32.5 
 
 		 435 aa  44.7  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3542  oligogalacturonide transporter  24.35 
 
 		 519 aa  44.7  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.578582  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0776  Zinc finger-domain-containing protein  22.31 
 
 		 447 aa  44.7  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0781581 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3380  oligogalacturonide transporter  24.47 
 
 		 519 aa  44.3  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4367  major facilitator transporter  28.37 
 
 		 493 aa  44.3  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0907  Na+/melibiose symporter and related transporters-like  29.58 
 
 		 538 aa  44.3  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000225717  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3996  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 438 aa  43.5  0.008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2885  major facilitator transporter  21.92 
 
 		 432 aa  43.5  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00035649  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03160  Na+/melibiose symporter-like transporter  32.82 
 
 		 419 aa  43.5  0.009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0748  sodium:glactoside symporter family protein  27.12 
 
 		 454 aa  43.5  0.009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.329176  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4939  major facilitator transporter  30.43 
 
 		 414 aa  43.1  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>