94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0034 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0034  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
435 aa  827    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4281  major facilitator superfamily MFS_1  52.8 
 
 
423 aa  350  3e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.502977  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3996  major facilitator transporter  46.56 
 
 
438 aa  332  6e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6833  transporter, major facilitator superfamily  52.18 
 
 
423 aa  322  7e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.821608  normal  0.570568 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3775  major facilitator superfamily MFS_1  45.69 
 
 
425 aa  318  1e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0255  major facilitator transporter  47.76 
 
 
440 aa  300  2e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3224  major facilitator superfamily MFS_1  51.1 
 
 
433 aa  295  7e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1988  major facilitator superfamily MFS_1  38.31 
 
 
425 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3554  major facilitator transporter  35.68 
 
 
423 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0427  major facilitator superfamily MFS_1  35.19 
 
 
426 aa  205  1e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1439  major facilitator superfamily MFS_1  35.78 
 
 
426 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0835777  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02710  Major Facilitator Superfamily transporter  35.42 
 
 
428 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.199882  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0806  major facilitator transporter  33.08 
 
 
419 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3267  major facilitator transporter  34.18 
 
 
415 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0780681  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2979  major facilitator superfamily MFS_1  33.56 
 
 
421 aa  171  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0876079  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2779  major facilitator transporter  32.92 
 
 
443 aa  153  7e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.617635  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4387  major facilitator superfamily MFS_1  35.64 
 
 
429 aa  152  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.591192  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0846  glycoside-Pentoside-hexuronide (GPH):cation symporter family protein  29.78 
 
 
416 aa  150  4e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2528  major facilitator superfamily MFS_1  32.61 
 
 
451 aa  148  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03160  Na+/melibiose symporter-like transporter  35.29 
 
 
419 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2534  major facilitator superfamily MFS_1  30.58 
 
 
446 aa  145  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1836  major facilitator transporter  31.66 
 
 
440 aa  142  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.860837  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0454  major facilitator superfamily MFS_1  31.88 
 
 
404 aa  133  7.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.1922  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0892  major facilitator transporter  32.35 
 
 
424 aa  119  9e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.805867  normal  0.497197 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2450  major facilitator superfamily MFS_1  27.17 
 
 
407 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.557384  normal  0.479748 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2955  major facilitator superfamily MFS_1  28.79 
 
 
405 aa  99.4  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1832  glycoside-Pentoside-hexuronide (GPH):cation symporter family protein  25.08 
 
 
353 aa  88.6  2e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0921  major facilitator transporter  28.99 
 
 
402 aa  87.4  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0506  putative permease  27.88 
 
 
210 aa  70.1  0.00000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1330  Na+/sugar symporter  26.72 
 
 
545 aa  69.7  0.0000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1610  major facilitator transporter  26.81 
 
 
404 aa  63.5  0.000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1500  major facilitator transporter  35.48 
 
 
448 aa  60.5  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.21091 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1403  major facilitator transporter  38.46 
 
 
505 aa  58.9  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.206645  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1657  major facilitator transporter  33.03 
 
 
518 aa  55.8  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1015  major facilitator transporter  29.41 
 
 
502 aa  55.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.134636 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1877  major facilitator transporter  31.74 
 
 
458 aa  55.5  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2003  major facilitator transporter  34.62 
 
 
530 aa  54.7  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01889  sugar transporter  35.25 
 
 
493 aa  54.3  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.660327  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0523  major facilitator transporter  30.91 
 
 
416 aa  53.9  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2885  major facilitator transporter  21.72 
 
 
432 aa  53.5  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00035649  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2738  major facilitator transporter  35.8 
 
 
510 aa  53.5  0.000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.934726  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0864  major facilitator transporter  29.87 
 
 
441 aa  52.4  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05075  putative sugar transporter  30 
 
 
507 aa  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0544446  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0975  hypothetical protein  32.26 
 
 
498 aa  50.8  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.798408  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0409  major facilitator superfamily MFS_1  28.89 
 
 
417 aa  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000062799 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0451  major facilitator superfamily transporter  28.89 
 
 
417 aa  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  2.82484e-20 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0388  major facilitator superfamily MFS_1  28.89 
 
 
417 aa  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000000620465 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0391  major facilitator superfamily MFS_1  28.89 
 
 
417 aa  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.21713  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0396  major facilitator superfamily MFS_1  28.89 
 
 
417 aa  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.786385  decreased coverage  4.1004499999999995e-20 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2336  major facilitator transporter  31.73 
 
 
551 aa  49.7  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2011  major facilitator superfamily MFS_1  31.73 
 
 
551 aa  49.7  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000990966  hitchhiker  0.000202625 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0599  transporter, putative  32.56 
 
 
501 aa  49.7  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870524  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2347  major facilitator transporter  31.73 
 
 
551 aa  49.7  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1886  major facilitator transporter  37.21 
 
 
501 aa  49.7  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.156331  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2452  major facilitator transporter  31.73 
 
 
551 aa  49.7  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2465  major facilitator superfamily MFS_1  27.17 
 
 
417 aa  48.9  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.18795  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2816  major facilitator superfamily protein  29.82 
 
 
459 aa  48.9  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2108  major facilitator transporter  32.69 
 
 
531 aa  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.753085 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1776  major facilitator transporter  28.95 
 
 
519 aa  48.5  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0516559  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1925  major facilitator transporter  32.69 
 
 
531 aa  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1089  major facilitator superfamily MFS_1  32.71 
 
 
509 aa  47.8  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.339374  normal  0.270172 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1870  major facilitator transporter  32.69 
 
 
531 aa  47.8  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45818  predicted protein  24.07 
 
 
583 aa  47.8  0.0004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0729495  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1874  major facilitator transporter  31.65 
 
 
524 aa  47.8  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322942  normal  0.129685 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2202  major facilitator transporter  30.77 
 
 
551 aa  47.4  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000401875 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3149  major facilitator superfamily MFS_1  31.25 
 
 
460 aa  47.4  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0898  major facilitator superfamily permease  22.92 
 
 
454 aa  47  0.0007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.880726  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5086  major facilitator superfamily MFS_1  29.75 
 
 
457 aa  45.8  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0501179  normal  0.911731 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5468  major facilitator transporter  36.27 
 
 
437 aa  45.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350259  normal  0.0257067 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2441  transporter, putative  32.76 
 
 
453 aa  45.1  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0973262  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01240  sugar transporter  28.57 
 
 
428 aa  45.1  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.686511  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2187  major facilitator transporter  32.5 
 
 
502 aa  45.1  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3425  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 
436 aa  45.1  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3953  major facilitator superfamily MFS_1  32.23 
 
 
457 aa  45.1  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.210656 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2458  transporter, putative  31.73 
 
 
529 aa  45.1  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1700  major facilitator superfamily MFS_1  18.7 
 
 
391 aa  44.7  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4087  major facilitator transporter  32.65 
 
 
514 aa  44.7  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0517  major facilitator transporter  29.17 
 
 
464 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0921044 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5058  major facilitator superfamily MFS_1  37.37 
 
 
468 aa  44.7  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.181226  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4096  major facilitator transporter  29.9 
 
 
416 aa  44.7  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.25734  normal  0.218815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4578  major facilitator family transporter  32.58 
 
 
428 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3832  major facilitator transporter  34.68 
 
 
432 aa  44.3  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143168  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3906  major facilitator superfamily transporter  34.68 
 
 
432 aa  44.3  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.162053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2529  major facilitator transporter  29.45 
 
 
425 aa  44.3  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3818  major facilitator transporter  34.68 
 
 
432 aa  44.3  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.227675 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1404  general substrate transporter  32.76 
 
 
428 aa  44.3  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4099  major facilitator transporter  32.58 
 
 
428 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.594069  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1311  major facilitator transporter  32.58 
 
 
428 aa  44.3  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00188583  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_14174  predicted protein  22.13 
 
 
405 aa  43.9  0.006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1619  Na+/melibiose symporter and related transporter-like protein  28.33 
 
 
436 aa  43.9  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0484  major facilitator family transporter  29.17 
 
 
464 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00291295 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0041  major facilitator superfamily permease  33.33 
 
 
471 aa  43.1  0.008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000141077  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0608  major facilitator transporter  31.85 
 
 
425 aa  43.1  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02410  Major Facilitator Superfamily transporter  36.45 
 
 
467 aa  43.1  0.01  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.277787  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>