235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3380 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3380  oligogalacturonide transporter  100 
 
 
519 aa  1055    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0853  major facilitator superfamily MFS_1  89.98 
 
 
523 aa  939    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2444  major facilitator transporter  83.98 
 
 
527 aa  902    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0819  oligogalacturonide transporter  91.55 
 
 
524 aa  967    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3542  oligogalacturonide transporter  97.69 
 
 
519 aa  993    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.578582  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0971  oligogalacturonide transporter  46.69 
 
 
525 aa  461  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.203407  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2835  putative transport protein  41.01 
 
 
508 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1449  putative transport protein  41.01 
 
 
508 aa  421  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0118167  normal  0.558521 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3256  oligogalacturonide transporter  40.56 
 
 
508 aa  420  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2756  putative transport protein  41.01 
 
 
508 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000301777  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0691  oligogalacturonide transporter  40.15 
 
 
508 aa  404  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0926  oligogalacturonide transporter  40.54 
 
 
508 aa  402  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3365  oligogalacturonide transporter  40.46 
 
 
508 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1744  Na-galactoside symporter  26.95 
 
 
508 aa  231  2e-59  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0290  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.53 
 
 
472 aa  155  2e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000222424  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2706  hypothetical protein  28.26 
 
 
625 aa  153  8e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1406  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  28.69 
 
 
471 aa  153  8.999999999999999e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.455319  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3858  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.3 
 
 
469 aa  149  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.784369  normal  0.0678057 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  26.92 
 
 
476 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3583  galactoside symporter  26.48 
 
 
475 aa  137  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.012026 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3190  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.75 
 
 
460 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.712372 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2906  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.29 
 
 
460 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0571  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.95 
 
 
457 aa  110  5e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.74034  normal  0.0218606 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3387  major facilitator superfamily MFS_1  26.28 
 
 
475 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0724765 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2155  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  23.34 
 
 
471 aa  101  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00011339  normal  0.022313 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0248  major facilitator transporter  25.05 
 
 
486 aa  100  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.135747  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0200  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  28.45 
 
 
544 aa  98.2  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2081  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.43 
 
 
481 aa  96.7  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0834729  hitchhiker  0.000000228967 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2052  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.49 
 
 
471 aa  96.7  8e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1994  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.47 
 
 
481 aa  96.3  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00859833  hitchhiker  0.00113965 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1981  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.23 
 
 
481 aa  95.5  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00156524  hitchhiker  0.000367008 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4479  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  35.15 
 
 
552 aa  94  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.176062 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4415  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  35.15 
 
 
552 aa  93.6  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4954  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.22 
 
 
463 aa  92.8  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0843133  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3738  hypothetical protein  23.39 
 
 
467 aa  92  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00183877  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1071  Na+/melibiose symporter and related transporter-like protein  23.61 
 
 
445 aa  91.7  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3697  sugar:cation symporter family protein  25.4 
 
 
467 aa  90.9  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.455392  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4394  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.3 
 
 
444 aa  90.1  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0181186  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4396  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.3 
 
 
444 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4311  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.3 
 
 
444 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4282  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.3 
 
 
444 aa  89.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.368763  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4463  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.09 
 
 
444 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2191  Na+/melibiose symporter and related transporter-like protein  24.6 
 
 
445 aa  89  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2505  putative symporter YagG  23.75 
 
 
442 aa  87.8  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3350  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.1 
 
 
477 aa  86.7  9e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2602  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.19 
 
 
475 aa  86.7  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.178809  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4367  major facilitator transporter  23.37 
 
 
493 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3985  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.75 
 
 
476 aa  86.3  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.439786  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0701  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.49 
 
 
478 aa  85.9  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.657348  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0657  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.14 
 
 
465 aa  85.1  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242235  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01585  glucuronide transporter  24 
 
 
457 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01575  hypothetical protein  24 
 
 
457 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.845658  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.35 
 
 
460 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736057  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0936  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.65 
 
 
478 aa  84.3  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1824  glucuronide transporter  23.9 
 
 
457 aa  84  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2327  glucuronide transporter  23.9 
 
 
457 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2719  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.16 
 
 
443 aa  83.6  0.000000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0761738  normal  0.0687051 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0456  putative symporter YagG  23.82 
 
 
459 aa  83.6  0.000000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0319555 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2026  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.32 
 
 
457 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.232812  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0353  major facilitator transporter  22.62 
 
 
464 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.939472  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1691  glucuronide transporter  23.79 
 
 
457 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1387  major facilitator superfamily transport protein  25.55 
 
 
468 aa  80.9  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0294045  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4014  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.8 
 
 
466 aa  80.1  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85917  normal  0.255078 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5398  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.34 
 
 
471 aa  79  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.243683  normal  0.179969 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0776  Zinc finger-domain-containing protein  28.51 
 
 
447 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0781581 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1583  glucuronide transporter  24.32 
 
 
457 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002666  galactose permease  24.89 
 
 
462 aa  79.3  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3565  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  29.55 
 
 
447 aa  78.2  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.117988  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2284  putative cation symporter  23.51 
 
 
461 aa  76.6  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00974122 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0020  xylose-proton symporter  23.87 
 
 
457 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000106497  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3314  glucuronide transporter  23.99 
 
 
457 aa  76.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1592  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.24 
 
 
464 aa  75.5  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.00442608  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0047  xylose-proton symporter  23.45 
 
 
457 aa  74.7  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000774004  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0046  xylose-proton symporter  23.45 
 
 
457 aa  75.1  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00338984  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2049  Na+/melibiose symporter and related transporters-like protein  23.74 
 
 
469 aa  74.7  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.962314  normal  0.648168 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2498  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.71 
 
 
480 aa  74.7  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.358109  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1675  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  23.43 
 
 
462 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0046  xylose-proton symporter  23.45 
 
 
471 aa  74.3  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00152296  normal  0.141953 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0047  xylose-proton symporter  23.45 
 
 
471 aa  74.3  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245314  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0781  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.31 
 
 
474 aa  73.2  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0726  major facilitator transporter  23.35 
 
 
468 aa  72.8  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0195  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.31 
 
 
474 aa  73.2  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0477575 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0709  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.31 
 
 
474 aa  73.2  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2992  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.94 
 
 
472 aa  72.4  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0789  glucuronide transporter  27.27 
 
 
469 aa  72.4  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03437  putative permease  30.48 
 
 
466 aa  71.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4524  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.94 
 
 
465 aa  71.6  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03388  hypothetical protein  30.48 
 
 
466 aa  71.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3908  sugar glycoside-pentoside-hexuronide family protein  30.48 
 
 
466 aa  72  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.845629  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1395  hypothetical protein  30.66 
 
 
443 aa  71.2  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525698 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2613  sodium:galactoside symporter family protein  23.57 
 
 
453 aa  70.5  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.777957  normal  0.0752663 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4108  putative transporter  23.27 
 
 
479 aa  70.1  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3708  sugar:cation symporter family protein  25.45 
 
 
442 aa  69.7  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2622  sugar transporter, glycoside-pentoside-hexuronide  24.2 
 
 
479 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.455215  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4951  sugar transporter, glycoside-pentoside-hexuronide family  30.16 
 
 
466 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.841107 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4161  putative transporter  23.27 
 
 
479 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0764  sugar glycoside-pentoside-hexuronide (GPH):cation symporter family protein  24.43 
 
 
454 aa  69.3  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00819234  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3175  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  28.77 
 
 
442 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664881  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3868  putative transporter  23.27 
 
 
479 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4000  putative transporter  24.75 
 
 
460 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.947516  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>