249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0701 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0936  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  97.49 
 
 
478 aa  954    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3350  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  85.36 
 
 
477 aa  849    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0701  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  100 
 
 
478 aa  971    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.657348  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4014  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  46.36 
 
 
466 aa  429  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85917  normal  0.255078 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0657  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  45.36 
 
 
465 aa  429  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242235  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0170  Na+/galactoside symporter  43.84 
 
 
468 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.671323  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0163  Na+/galactoside symporter  43.84 
 
 
468 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0162  Na+/galactoside symporter  43.84 
 
 
468 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0167  Na+/galactoside symporter  43.84 
 
 
468 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774115  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0162  Na+/galactoside symporter  43.41 
 
 
468 aa  405  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3957  putative transporter  44.33 
 
 
460 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4000  putative transporter  43.75 
 
 
460 aa  385  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.947516  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0048  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  43.75 
 
 
460 aa  385  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3732  sugar:cation symporter family protein  42.67 
 
 
443 aa  384  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0054  putative transporter  43.75 
 
 
460 aa  385  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.320086 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3868  putative transporter  44.69 
 
 
479 aa  385  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0070  putative transporter  44.07 
 
 
464 aa  382  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.602143  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4161  putative transporter  44.69 
 
 
479 aa  385  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03515  predicted transporter  44.47 
 
 
460 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.371706  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4108  putative transporter  44.47 
 
 
479 aa  381  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4030  putative transporter  44.11 
 
 
460 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03467  hypothetical protein  44.47 
 
 
460 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.333065  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4076  putative transporter  44.11 
 
 
460 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591118  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3967  putative transporter  44.11 
 
 
460 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.286007  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5030  putative transporter  43.53 
 
 
460 aa  381  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1315  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  42.67 
 
 
442 aa  378  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1395  hypothetical protein  42.7 
 
 
443 aa  370  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525698 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2608  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  42.22 
 
 
442 aa  366  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1130  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  42.76 
 
 
441 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3175  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  42.54 
 
 
442 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664881  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1215  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  42.76 
 
 
441 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.525269  normal  0.0570071 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3708  sugar:cation symporter family protein  39.73 
 
 
442 aa  363  4e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0456  putative symporter YagG  38.91 
 
 
459 aa  362  9e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1182  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  42.32 
 
 
441 aa  361  2e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.020658  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  38.83 
 
 
460 aa  359  5e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736057  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4394  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  40.71 
 
 
444 aa  346  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0181186  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4463  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  40.71 
 
 
444 aa  346  6e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4311  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  40.49 
 
 
444 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4282  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  40.71 
 
 
444 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.368763  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4396  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  40.49 
 
 
444 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1146  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  40.67 
 
 
442 aa  343  5e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2505  putative symporter YagG  37.22 
 
 
442 aa  336  7e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1401  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  41.11 
 
 
444 aa  334  2e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.738999  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1994  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  37.19 
 
 
481 aa  326  6e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00859833  hitchhiker  0.00113965 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1981  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  36.57 
 
 
481 aa  323  4e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00156524  hitchhiker  0.000367008 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2081  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  36.72 
 
 
481 aa  323  6e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0834729  hitchhiker  0.000000228967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2155  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  36.73 
 
 
471 aa  317  4e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00011339  normal  0.022313 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2052  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  36.58 
 
 
471 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4954  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  35.12 
 
 
463 aa  303  5.000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0843133  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3697  sugar:cation symporter family protein  35.45 
 
 
467 aa  301  2e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.455392  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1391  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  37.09 
 
 
461 aa  297  3e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1997  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  34.59 
 
 
477 aa  287  2.9999999999999996e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4524  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  38 
 
 
465 aa  285  1.0000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2284  putative cation symporter  35.71 
 
 
461 aa  285  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00974122 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1614  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  35.98 
 
 
448 aa  283  4.0000000000000003e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0329184  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3908  sugar glycoside-pentoside-hexuronide family protein  36.9 
 
 
466 aa  280  5e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.845629  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0776  Zinc finger-domain-containing protein  36.2 
 
 
447 aa  279  1e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0781581 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2992  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  36.29 
 
 
472 aa  278  1e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03437  putative permease  36.9 
 
 
466 aa  278  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03388  hypothetical protein  36.9 
 
 
466 aa  278  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2993  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  33.61 
 
 
475 aa  278  2e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.624539  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1269  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  35.04 
 
 
465 aa  277  3e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3985  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  34.98 
 
 
476 aa  277  4e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.439786  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4951  sugar transporter, glycoside-pentoside-hexuronide family  36.46 
 
 
466 aa  272  9e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.841107 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03868  transport protein  33.4 
 
 
514 aa  271  1e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3869  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  32.93 
 
 
486 aa  267  2.9999999999999995e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02748  cation symporter  36.46 
 
 
462 aa  265  1e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5398  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  33.77 
 
 
471 aa  259  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.243683  normal  0.179969 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4313  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  33.61 
 
 
497 aa  246  4.9999999999999997e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0453293  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0907  Na+/melibiose symporter and related transporters-like  36.87 
 
 
538 aa  233  8.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000225717  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1026  ribosomal protein L9  32.88 
 
 
522 aa  228  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.814155  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3275  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  31.19 
 
 
513 aa  223  7e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3707  sugar:cation symporter family protein  30.5 
 
 
511 aa  222  9e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2372  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  31.39 
 
 
457 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.100315  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1144  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  29.87 
 
 
468 aa  206  8e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2498  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  31 
 
 
480 aa  196  9e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.358109  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0733  sodium:glactoside symporter family protein  28.18 
 
 
465 aa  192  9e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.958172  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1193  Na+/xyloside symporter or related transporter  27.7 
 
 
437 aa  187  4e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.255847  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0764  sugar glycoside-pentoside-hexuronide (GPH):cation symporter family protein  26.39 
 
 
454 aa  179  7e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00819234  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0748  sodium:glactoside symporter family protein  26.39 
 
 
454 aa  179  7e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.329176  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2602  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  29.7 
 
 
475 aa  176  8e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.178809  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3565  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  28.57 
 
 
447 aa  173  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.117988  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0020  xylose-proton symporter  25.6 
 
 
457 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000106497  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0789  glucuronide transporter  29.36 
 
 
469 aa  164  3e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1592  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  30.04 
 
 
464 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.00442608  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1245  Na+/xyloside symporter related transporter  27.59 
 
 
467 aa  162  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3907  melibiose:sodium symporter  27.73 
 
 
473 aa  158  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4361  melibiose:sodium symporter  27.73 
 
 
473 aa  158  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4586  melibiose:sodium symporter  27.64 
 
 
481 aa  158  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4674  melibiose:sodium symporter  27.73 
 
 
473 aa  158  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1406  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  27 
 
 
471 aa  157  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.455319  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03991  melibiose:sodium symporter  27.87 
 
 
469 aa  156  8e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03952  hypothetical protein  27.87 
 
 
469 aa  156  8e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5634  melibiose:sodium symporter  27.27 
 
 
481 aa  156  8e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3872  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  27.87 
 
 
469 aa  156  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0047  xylose-proton symporter  25.65 
 
 
457 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000774004  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0046  xylose-proton symporter  25.65 
 
 
457 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00338984  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0047  xylose-proton symporter  25.65 
 
 
471 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245314  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0046  xylose-proton symporter  25.65 
 
 
471 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00152296  normal  0.141953 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1675  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  27.72 
 
 
462 aa  150  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>