241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1026 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1026  ribosomal protein L9  100 
 
 
522 aa  1049    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.814155  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3707  sugar:cation symporter family protein  59.54 
 
 
511 aa  593  1e-168  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3275  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  55.49 
 
 
513 aa  559  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3697  sugar:cation symporter family protein  34.68 
 
 
467 aa  284  3.0000000000000004e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.455392  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2284  putative cation symporter  32.69 
 
 
461 aa  273  7e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00974122 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2993  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  33.91 
 
 
475 aa  266  7e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.624539  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2992  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  32.36 
 
 
472 aa  254  3e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0907  Na+/melibiose symporter and related transporters-like  32.22 
 
 
538 aa  245  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000225717  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1997  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  31.95 
 
 
477 aa  244  1.9999999999999999e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4313  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  32.37 
 
 
497 aa  237  3e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0453293  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3350  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  32.95 
 
 
477 aa  236  9e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1395  hypothetical protein  32.22 
 
 
443 aa  232  1e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525698 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1269  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  31.29 
 
 
465 aa  231  3e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3708  sugar:cation symporter family protein  30.65 
 
 
442 aa  230  6e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3869  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  30.15 
 
 
486 aa  229  1e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0701  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  32.88 
 
 
478 aa  228  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.657348  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0936  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  32.88 
 
 
478 aa  227  4e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3732  sugar:cation symporter family protein  30.65 
 
 
443 aa  220  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0657  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  30.17 
 
 
465 aa  218  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242235  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4524  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  32.34 
 
 
465 aa  216  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03868  transport protein  30.81 
 
 
514 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5398  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  29.43 
 
 
471 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.243683  normal  0.179969 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1146  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  31.64 
 
 
442 aa  211  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1401  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  31.65 
 
 
444 aa  210  4e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.738999  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0162  Na+/galactoside symporter  30.04 
 
 
468 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0170  Na+/galactoside symporter  30.04 
 
 
468 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.671323  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0163  Na+/galactoside symporter  30.04 
 
 
468 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4282  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  29.26 
 
 
444 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.368763  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0167  Na+/galactoside symporter  29.84 
 
 
468 aa  203  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774115  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4463  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  29.46 
 
 
444 aa  203  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0162  Na+/galactoside symporter  29.84 
 
 
468 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4394  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  29.26 
 
 
444 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0181186  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4396  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  29.26 
 
 
444 aa  202  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4311  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  29.26 
 
 
444 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2505  putative symporter YagG  28.29 
 
 
442 aa  196  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2608  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  44.8 
 
 
442 aa  192  9e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3175  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  44.44 
 
 
442 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664881  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1130  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  44.44 
 
 
441 aa  190  7e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1215  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  44.44 
 
 
441 aa  190  7e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.525269  normal  0.0570071 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1182  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  43.98 
 
 
441 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.020658  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1315  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  44.44 
 
 
442 aa  188  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1144  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  27.91 
 
 
468 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1994  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  29.18 
 
 
481 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00859833  hitchhiker  0.00113965 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2081  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  28.99 
 
 
481 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0834729  hitchhiker  0.000000228967 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2052  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  28.21 
 
 
471 aa  183  6e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1981  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  29.18 
 
 
481 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00156524  hitchhiker  0.000367008 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2155  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  28.16 
 
 
471 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00011339  normal  0.022313 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1614  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  40.17 
 
 
448 aa  175  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0329184  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3985  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  41.44 
 
 
476 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.439786  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0733  sodium:glactoside symporter family protein  26.92 
 
 
465 aa  173  5.999999999999999e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.958172  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0020  xylose-proton symporter  28.11 
 
 
457 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000106497  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  43.9 
 
 
460 aa  170  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736057  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02748  cation symporter  38.26 
 
 
462 aa  167  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4014  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  28.13 
 
 
466 aa  167  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85917  normal  0.255078 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4954  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  40.64 
 
 
463 aa  165  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0843133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0776  Zinc finger-domain-containing protein  28.66 
 
 
447 aa  164  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0781581 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0456  putative symporter YagG  42.13 
 
 
459 aa  164  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1245  Na+/xyloside symporter related transporter  28.08 
 
 
467 aa  160  5e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2498  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  28.92 
 
 
480 aa  158  3e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.358109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2372  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  26.97 
 
 
457 aa  156  7e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.100315  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0070  putative transporter  44.13 
 
 
464 aa  155  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.602143  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1391  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  27.92 
 
 
461 aa  153  5.9999999999999996e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03515  predicted transporter  40.85 
 
 
460 aa  151  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.371706  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03467  hypothetical protein  40.85 
 
 
460 aa  151  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.333065  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3908  sugar glycoside-pentoside-hexuronide family protein  39.41 
 
 
466 aa  150  6e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.845629  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03437  putative permease  39.41 
 
 
466 aa  150  7e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0048  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  40.85 
 
 
460 aa  150  7e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4161  putative transporter  40.85 
 
 
479 aa  150  7e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0054  putative transporter  40.85 
 
 
460 aa  150  7e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.320086 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5030  putative transporter  40.85 
 
 
460 aa  150  7e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03388  hypothetical protein  39.41 
 
 
466 aa  150  7e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4108  putative transporter  40.85 
 
 
479 aa  150  7e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3868  putative transporter  40.85 
 
 
479 aa  150  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4000  putative transporter  40.38 
 
 
460 aa  149  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.947516  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3967  putative transporter  40.38 
 
 
460 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.286007  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4076  putative transporter  40.38 
 
 
460 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591118  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3957  putative transporter  40.38 
 
 
460 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4030  putative transporter  40.38 
 
 
460 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1583  glucuronide transporter  27.24 
 
 
457 aa  144  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4951  sugar transporter, glycoside-pentoside-hexuronide family  38.42 
 
 
466 aa  144  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.841107 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1824  glucuronide transporter  27.24 
 
 
457 aa  144  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01585  glucuronide transporter  27.24 
 
 
457 aa  143  6e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2327  glucuronide transporter  27.24 
 
 
457 aa  143  6e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01575  hypothetical protein  27.24 
 
 
457 aa  143  6e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.845658  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1691  glucuronide transporter  27.24 
 
 
457 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2026  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  27.05 
 
 
457 aa  139  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.232812  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4261  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter family protein  26.82 
 
 
467 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03761  predicted transporter  26.82 
 
 
467 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03710  hypothetical protein  26.82 
 
 
467 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5322  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter family protein  26.82 
 
 
467 aa  135  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.357419 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4110  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  26.82 
 
 
467 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4399  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter family protein  26.25 
 
 
467 aa  133  7.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1193  Na+/xyloside symporter or related transporter  26.47 
 
 
437 aa  132  2.0000000000000002e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.255847  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0046  xylose-proton symporter  36.63 
 
 
457 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00338984  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0047  xylose-proton symporter  36.63 
 
 
457 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000774004  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0047  xylose-proton symporter  36.63 
 
 
471 aa  131  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245314  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0046  xylose-proton symporter  36.63 
 
 
471 aa  131  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00152296  normal  0.141953 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2602  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.95 
 
 
475 aa  129  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.178809  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4293  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  26.64 
 
 
472 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0966548  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4405  glucuronide carrier protein  26.05 
 
 
473 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.196167  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>