258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1994 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2155  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  88.12 
 
 
471 aa  863    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00011339  normal  0.022313 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1994  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  100 
 
 
481 aa  972    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00859833  hitchhiker  0.00113965 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1981  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  98.54 
 
 
481 aa  960    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00156524  hitchhiker  0.000367008 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2081  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  97.3 
 
 
481 aa  948    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0834729  hitchhiker  0.000000228967 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2052  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  92.57 
 
 
471 aa  849    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0776  Zinc finger-domain-containing protein  58.52 
 
 
447 aa  559  1e-158  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0781581 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1391  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  61.3 
 
 
461 aa  555  1e-157  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4396  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  58.5 
 
 
444 aa  527  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4311  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  58.28 
 
 
444 aa  527  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4463  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  58.05 
 
 
444 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4394  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  58.28 
 
 
444 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0181186  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4282  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  58.05 
 
 
444 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.368763  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0657  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  39.37 
 
 
465 aa  339  8e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242235  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4014  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  36.91 
 
 
466 aa  328  9e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85917  normal  0.255078 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0701  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  37.19 
 
 
478 aa  326  6e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.657348  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0936  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  36.57 
 
 
478 aa  325  1e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3350  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  36.16 
 
 
477 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0162  Na+/galactoside symporter  37.02 
 
 
468 aa  319  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0167  Na+/galactoside symporter  36.81 
 
 
468 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774115  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0162  Na+/galactoside symporter  36.81 
 
 
468 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0170  Na+/galactoside symporter  36.81 
 
 
468 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.671323  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0163  Na+/galactoside symporter  36.81 
 
 
468 aa  317  4e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3732  sugar:cation symporter family protein  37.84 
 
 
443 aa  314  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1395  hypothetical protein  38.58 
 
 
443 aa  313  4.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525698 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3175  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  39.05 
 
 
442 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664881  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3708  sugar:cation symporter family protein  38.12 
 
 
442 aa  312  1e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1130  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  39.5 
 
 
441 aa  312  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1182  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  39.27 
 
 
441 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.020658  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1215  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  39.5 
 
 
441 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.525269  normal  0.0570071 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1315  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  36.77 
 
 
442 aa  302  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1401  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  37.08 
 
 
444 aa  292  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.738999  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0456  putative symporter YagG  35.57 
 
 
459 aa  286  4e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3967  putative transporter  35.13 
 
 
460 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.286007  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4076  putative transporter  35.13 
 
 
460 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591118  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4030  putative transporter  35.13 
 
 
460 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3957  putative transporter  35.24 
 
 
460 aa  283  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1146  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  37.21 
 
 
442 aa  282  9e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3868  putative transporter  34.36 
 
 
479 aa  281  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2608  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  35.65 
 
 
442 aa  282  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4161  putative transporter  34.36 
 
 
479 aa  281  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0048  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  34.51 
 
 
460 aa  281  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4000  putative transporter  34.51 
 
 
460 aa  281  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.947516  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0054  putative transporter  34.51 
 
 
460 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.320086 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  35.62 
 
 
460 aa  278  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736057  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4108  putative transporter  34.14 
 
 
479 aa  278  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03515  predicted transporter  34.29 
 
 
460 aa  276  6e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.371706  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5030  putative transporter  34.07 
 
 
460 aa  276  6e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03467  hypothetical protein  34.29 
 
 
460 aa  276  6e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.333065  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0070  putative transporter  34.36 
 
 
464 aa  275  2.0000000000000002e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.602143  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3697  sugar:cation symporter family protein  35.46 
 
 
467 aa  271  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.455392  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4954  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  34.42 
 
 
463 aa  263  6.999999999999999e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0843133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2284  putative cation symporter  32.02 
 
 
461 aa  248  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00974122 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2505  putative symporter YagG  32.28 
 
 
442 aa  241  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1614  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  30.91 
 
 
448 aa  236  6e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0329184  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3985  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  33.19 
 
 
476 aa  236  8e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.439786  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3908  sugar glycoside-pentoside-hexuronide family protein  34.83 
 
 
466 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.845629  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03437  putative permease  35.7 
 
 
466 aa  234  3e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03388  hypothetical protein  35.7 
 
 
466 aa  234  3e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4951  sugar transporter, glycoside-pentoside-hexuronide family  35.7 
 
 
466 aa  233  6e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.841107 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1269  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  32.66 
 
 
465 aa  231  1e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2993  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  30.8 
 
 
475 aa  231  2e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.624539  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1997  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  30.59 
 
 
477 aa  226  5.0000000000000005e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2992  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  32.17 
 
 
472 aa  224  4e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02748  cation symporter  32.89 
 
 
462 aa  216  5.9999999999999996e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5398  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  31.62 
 
 
471 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.243683  normal  0.179969 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4524  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  29.98 
 
 
465 aa  213  7.999999999999999e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3275  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  28.99 
 
 
513 aa  199  9e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0907  Na+/melibiose symporter and related transporters-like  37.46 
 
 
538 aa  198  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000225717  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03868  transport protein  28.01 
 
 
514 aa  194  4e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3869  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.4 
 
 
486 aa  194  4e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4313  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  30.02 
 
 
497 aa  193  7e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0453293  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2498  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  30.97 
 
 
480 aa  186  8e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.358109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2372  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  30.89 
 
 
457 aa  186  9e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.100315  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1026  ribosomal protein L9  29.18 
 
 
522 aa  181  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.814155  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0020  xylose-proton symporter  29.76 
 
 
457 aa  177  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000106497  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1406  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  28.54 
 
 
471 aa  176  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.455319  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1144  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  27.75 
 
 
468 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3707  sugar:cation symporter family protein  28.57 
 
 
511 aa  173  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0748  sodium:glactoside symporter family protein  30.89 
 
 
454 aa  172  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.329176  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0764  sugar glycoside-pentoside-hexuronide (GPH):cation symporter family protein  30.82 
 
 
454 aa  171  3e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00819234  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3565  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  31.41 
 
 
447 aa  169  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.117988  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3858  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  27.37 
 
 
469 aa  166  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.784369  normal  0.0678057 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  26.11 
 
 
476 aa  162  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0046  xylose-proton symporter  29.58 
 
 
457 aa  162  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00338984  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0047  xylose-proton symporter  29.58 
 
 
471 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245314  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0046  xylose-proton symporter  29.58 
 
 
471 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00152296  normal  0.141953 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2602  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  27.74 
 
 
475 aa  162  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.178809  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0047  xylose-proton symporter  29.58 
 
 
457 aa  162  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000774004  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4694  melibiose:sodium symporter  27.12 
 
 
476 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.772252  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4645  melibiose:sodium symporter  27.12 
 
 
476 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4645  melibiose:sodium symporter  27.12 
 
 
476 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.752392  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4563  melibiose:sodium symporter  27.12 
 
 
476 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4554  melibiose:sodium symporter  27.12 
 
 
476 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3314  glucuronide transporter  27.13 
 
 
457 aa  158  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0733  sodium:glactoside symporter family protein  28.54 
 
 
465 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.958172  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0781  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.26 
 
 
474 aa  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0195  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.26 
 
 
474 aa  153  8e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0477575 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0709  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.26 
 
 
474 aa  153  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002666  galactose permease  25.85 
 
 
462 aa  152  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03710  hypothetical protein  26.05 
 
 
467 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>