65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1874 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1776  major facilitator transporter  74.11 
 
 
519 aa  759    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0516559  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2336  major facilitator transporter  74.95 
 
 
551 aa  792    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1874  major facilitator transporter  100 
 
 
524 aa  1065    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322942  normal  0.129685 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2452  major facilitator transporter  75.14 
 
 
551 aa  795    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2347  major facilitator transporter  74.95 
 
 
551 aa  793    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1657  major facilitator transporter  70.93 
 
 
518 aa  754    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2202  major facilitator transporter  73.51 
 
 
551 aa  800    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000401875 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1925  major facilitator transporter  76.1 
 
 
531 aa  785    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2108  major facilitator transporter  75.7 
 
 
531 aa  779    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.753085 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1870  major facilitator transporter  75.7 
 
 
531 aa  781    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2011  major facilitator superfamily MFS_1  75.14 
 
 
551 aa  795    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000990966  hitchhiker  0.000202625 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2003  major facilitator transporter  69.85 
 
 
530 aa  742    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2458  transporter, putative  74.41 
 
 
529 aa  778    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2187  major facilitator transporter  61.6 
 
 
502 aa  619  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1403  major facilitator transporter  59.72 
 
 
505 aa  608  1e-173  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.206645  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05075  putative sugar transporter  58.28 
 
 
507 aa  587  1e-166  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0544446  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0599  transporter, putative  60.92 
 
 
501 aa  582  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870524  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1021  major facilitator superfamily MFS_1  58.85 
 
 
495 aa  548  1e-154  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1015  major facilitator transporter  54.21 
 
 
502 aa  535  1e-150  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.134636 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4087  major facilitator transporter  61.23 
 
 
514 aa  513  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2738  major facilitator transporter  53.71 
 
 
510 aa  510  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.934726  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1886  major facilitator transporter  50.72 
 
 
501 aa  482  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.156331  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0596  major facilitator transporter  50.63 
 
 
500 aa  426  1e-118  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.377823  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0975  hypothetical protein  38.71 
 
 
498 aa  348  1e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.798408  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01889  sugar transporter  38.31 
 
 
493 aa  341  2e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.660327  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1089  major facilitator superfamily MFS_1  38.89 
 
 
509 aa  339  8e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.339374  normal  0.270172 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5086  major facilitator superfamily MFS_1  54.81 
 
 
457 aa  267  4e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0501179  normal  0.911731 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1500  major facilitator transporter  59.91 
 
 
448 aa  263  6e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.21091 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0864  major facilitator transporter  55.86 
 
 
441 aa  256  9e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0994  major facilitator superfamily permease  31.96 
 
 
450 aa  232  1e-59  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.211502  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0893  major facilitator superfamily permease  31.76 
 
 
450 aa  229  6e-59  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02413  sugar transporter  32.29 
 
 
443 aa  217  4e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0832  major facilitator superfamily permease  31.48 
 
 
453 aa  184  3e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000561592  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01240  sugar transporter  45.85 
 
 
428 aa  176  7e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.686511  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0053  major facilitator transporter  41.3 
 
 
449 aa  176  9.999999999999999e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000090495  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1877  major facilitator transporter  40.95 
 
 
458 aa  167  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2441  transporter, putative  36.84 
 
 
453 aa  167  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0973262  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0087  major facilitator transporter  37.65 
 
 
457 aa  167  5.9999999999999996e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000315537  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3953  major facilitator superfamily MFS_1  41.55 
 
 
457 aa  162  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.210656 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0041  major facilitator superfamily permease  34.98 
 
 
471 aa  160  5e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000141077  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1614  major facilitator transporter  37.27 
 
 
448 aa  160  6e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000115723  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0084  major facilitator transporter  34.69 
 
 
461 aa  158  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000380135  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0898  major facilitator superfamily permease  36.52 
 
 
454 aa  155  1e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.880726  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG01510  conserved hypothetical protein  29.76 
 
 
459 aa  72  0.00000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02289  sucrose transporter, putative (Eurofung)  27.59 
 
 
635 aa  70.9  0.00000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1599  major facilitator transporter  27.52 
 
 
421 aa  60.1  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0454  major facilitator superfamily MFS_1  32.38 
 
 
404 aa  50.4  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.1922  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0523  major facilitator transporter  26.5 
 
 
416 aa  49.3  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2049  Na+/melibiose symporter and related transporters-like protein  31.53 
 
 
469 aa  48.1  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.962314  normal  0.648168 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0200  major facilitator superfamily MFS_1  23.77 
 
 
415 aa  48.1  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0290  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.51 
 
 
472 aa  47.8  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000222424  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0034  major facilitator superfamily MFS_1  31.65 
 
 
435 aa  47.4  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1610  major facilitator transporter  28.33 
 
 
404 aa  47.8  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH01690  conserved hypothetical protein  20.18 
 
 
674 aa  47.4  0.0007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.887535  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0248  major facilitator transporter  34.85 
 
 
486 aa  47  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.135747  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0575  major facilitator transporter  29.85 
 
 
461 aa  46.6  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4221  major facilitator transporter  25.12 
 
 
472 aa  45.4  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.218171  normal  0.657626 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0427  major facilitator superfamily MFS_1  29.2 
 
 
426 aa  45.8  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02710  Major Facilitator Superfamily transporter  25.82 
 
 
428 aa  45.8  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.199882  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0846  glycoside-Pentoside-hexuronide (GPH):cation symporter family protein  26.83 
 
 
416 aa  45.4  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2955  major facilitator superfamily MFS_1  29.41 
 
 
405 aa  44.3  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0748  sodium:glactoside symporter family protein  30.51 
 
 
454 aa  43.9  0.007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.329176  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4702  general substrate transporter  25.78 
 
 
461 aa  43.5  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.57172  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5087  general substrate transporter  25.78 
 
 
461 aa  43.5  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.829473 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4788  general substrate transporter  25.78 
 
 
461 aa  43.5  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>