110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_00073 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_00073  RpfD regulatory protein  100 
 
 		 304 aa  600  1e-170  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.133671  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1822  response regulator receiver protein  52.61 
 
 		 300 aa  287  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.332263  normal  0.137599 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3622  response regulator receiver protein  41.2 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3422  response regulator receiver domain-containing protein  34.29 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00728631 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01349  regulatory protein  27.07 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0319179  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3052  response regulator receiver protein  32.58 
 
 		 286 aa  105  7e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.995859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3964  hypothetical protein  31.6 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2206  response regulator receiver protein  31.51 
 
 		 267 aa  77  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0547033  normal  0.44527 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  38.78 
 
 		 268 aa  72.8  0.000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  38.32 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  33.02 
 
 		 268 aa  66.2  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  35.29 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4004  response regulator receiver domain-containing protein  26.56 
 
 		 269 aa  62.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.174802  normal  0.249031 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  33.64 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.99 
 
 		 251 aa  61.6  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  37.08 
 
 		 272 aa  60.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2966  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  31.58 
 
 		 275 aa  58.9  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  27.05 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.88 
 
 		 257 aa  57  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.61 
 
 		 246 aa  56.6  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  33.33 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1744  response regulator receiver protein  30.63 
 
 		 262 aa  55.8  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0469005  normal  0.152737 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  37.37 
 
 		 255 aa  54.7  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  32.79 
 
 		 231 aa  55.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  28.04 
 
 		 265 aa  53.5  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  31.68 
 
 		 268 aa  53.5  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  32.94 
 
 		 275 aa  53.1  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  36.7 
 
 		 249 aa  52.8  0.000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  27.72 
 
 		 244 aa  51.6  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 252 aa  50.8  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  36.46 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  30.28 
 
 		 266 aa  50.8  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  26.35 
 
 		 243 aa  49.7  0.00006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  36.9 
 
 		 250 aa  49.7  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 244 aa  48.9  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2784  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.28 
 
 		 358 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  31.11 
 
 		 253 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5211  LytTR family two component transcriptional regulator  28.89 
 
 		 238 aa  47.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.546332  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 245 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.24 
 
 		 252 aa  48.1  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.87 
 
 		 266 aa  47.8  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 240 aa  47.4  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1621  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 245 aa  47.4  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  22.7 
 
 		 246 aa  47.4  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  30.36 
 
 		 254 aa  47.8  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2342  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.52 
 
 		 240 aa  47.4  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0697143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.04 
 
 		 238 aa  47  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.5 
 
 		 237 aa  47  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  28.24 
 
 		 239 aa  46.6  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1191  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 518 aa  46.6  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0504  response regulator receiver protein  27.72 
 
 		 139 aa  46.6  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.5 
 
 		 265 aa  46.2  0.0006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  26.55 
 
 		 246 aa  46.2  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0116  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.63 
 
 		 233 aa  46.2  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0975218 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.12 
 
 		 268 aa  46.2  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  30.56 
 
 		 237 aa  46.2  0.0007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  27.93 
 
 		 238 aa  46.2  0.0007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 260 aa  46.2  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.83 
 
 		 237 aa  45.8  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.44 
 
 		 258 aa  45.8  0.0009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  30 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5546  response regulator, putative  26.67 
 
 		 238 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.183398  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5270  response regulator  26.67 
 
 		 238 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.246846  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5097  response regulator  26.67 
 
 		 238 aa  45.4  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.047582  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5114  response regulator  26.67 
 
 		 238 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.603206  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5667  response regulator  26.67 
 
 		 238 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000414392  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  30 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  30 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  30 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  30 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5597  putative response regulator  26.67 
 
 		 238 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0176672  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5512  putative response regulator  26.67 
 
 		 238 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  30 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  25.97 
 
 		 242 aa  45.4  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1153  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.99 
 
 		 299 aa  45.4  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  28.89 
 
 		 248 aa  45.1  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  27.42 
 
 		 250 aa  44.3  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  30 
 
 		 239 aa  45.1  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  30 
 
 		 239 aa  44.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5541  putative response regulator  25 
 
 		 238 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0307727  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5410  putative response regulator  25 
 
 		 238 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0150801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3200  two component transcriptional regulator, LytTR family  18.4 
 
 		 256 aa  44.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000259787 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.63 
 
 		 240 aa  44.3  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  31.52 
 
 		 280 aa  43.9  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 261 aa  44.3  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0421  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 266 aa  44.3  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0478257  normal  0.0270964 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2221  response regulator receiver protein  28 
 
 		 309 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.728261 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1569  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 240 aa  43.9  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000531282 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.14 
 
 		 231 aa  43.9  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3167  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.88 
 
 		 285 aa  43.9  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616861  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 255 aa  43.5  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  29.76 
 
 		 237 aa  43.9  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 254 aa  43.5  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>