More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3547 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3547  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 311 aa  639    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.570181  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3321  helix-turn-helix, Fis-type  88.42 
 
 		 311 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  60.26 
 
 		 311 aa  388  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03530  transcriptional regulator  50.64 
 
 		 310 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0369459  hitchhiker  0.0000000000000400126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4519  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 312 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.624104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1897  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 295 aa  132  7.999999999999999e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0520736  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  26.4 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  28.67 
 
 		 302 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  31.8 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00136  transcriptional regulator, LysR family protein  26.45 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.262446  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0138  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.080069 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06240  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.144211  normal  0.0778984 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 326 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0583  putative transcriptional regulator  27.72 
 
 		 321 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 333 aa  116  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 310 aa  115  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.72 
 
 		 309 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  28.57 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  27.24 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  26.23 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0383  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  25.25 
 
 		 319 aa  112  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 312 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 332 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1145  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.610214  normal  0.415034 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 326 aa  109  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 317 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 327 aa  109  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  25.97 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>