More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1852 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  63.94 
 
 		 855 aa  957    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  63.77 
 
 		 799 aa  956    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  100 
 
 		 804 aa  1584    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  93.38 
 
 		 803 aa  1366    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  63.23 
 
 		 803 aa  955    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  63.23 
 
 		 803 aa  967    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  70.03 
 
 		 807 aa  1044    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  67.47 
 
 		 806 aa  1034    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2869  MscS Mechanosensitive ion channel  41.74 
 
 		 815 aa  557  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266209  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  42.06 
 
 		 817 aa  546  1e-154  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  41.58 
 
 		 815 aa  538  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  41.35 
 
 		 814 aa  529  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  40.68 
 
 		 794 aa  530  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  41.65 
 
 		 832 aa  531  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  41.84 
 
 		 814 aa  527  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  42.4 
 
 		 814 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  42.13 
 
 		 820 aa  521  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  42.13 
 
 		 820 aa  521  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  41.7 
 
 		 816 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  39.43 
 
 		 817 aa  509  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  42.23 
 
 		 809 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  42.5 
 
 		 773 aa  498  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  42.23 
 
 		 809 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  42.23 
 
 		 808 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  42.1 
 
 		 809 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4029  putative mechanosensitive ion channel  41.88 
 
 		 832 aa  475  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  39.32 
 
 		 835 aa  469  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4139  MscS Mechanosensitive ion channel  39.62 
 
 		 815 aa  463  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  41.3 
 
 		 813 aa  462  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  38.4 
 
 		 856 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  37.92 
 
 		 840 aa  444  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  37.53 
 
 		 840 aa  437  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  36.05 
 
 		 820 aa  388  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  33.74 
 
 		 803 aa  369  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  31.74 
 
 		 809 aa  329  2.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  28.19 
 
 		 910 aa  246  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  27.12 
 
 		 866 aa  244  3e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  29.51 
 
 		 883 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  29.06 
 
 		 879 aa  241  5e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  29.27 
 
 		 832 aa  235  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  26.93 
 
 		 874 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  28.79 
 
 		 845 aa  233  1e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  29.32 
 
 		 853 aa  231  5e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  33.4 
 
 		 947 aa  224  6e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  33.4 
 
 		 909 aa  224  6e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  27.47 
 
 		 867 aa  220  7.999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 909 aa  216  9e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  26.86 
 
 		 825 aa  206  1e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  28.5 
 
 		 859 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  31.5 
 
 		 860 aa  201  3.9999999999999996e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  27.34 
 
 		 840 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 868 aa  182  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  34.95 
 
 		 830 aa  175  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  26.81 
 
 		 843 aa  167  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  31.01 
 
 		 825 aa  165  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  38.02 
 
 		 796 aa  164  7e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 844 aa  160  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  28.46 
 
 		 752 aa  150  6e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  34.21 
 
 		 1115 aa  150  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  34.49 
 
 		 849 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  35.18 
 
 		 847 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  35.18 
 
 		 847 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  33.94 
 
 		 1120 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  33.94 
 
 		 1120 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  33.94 
 
 		 1120 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  33.94 
 
 		 1120 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  33.94 
 
 		 1120 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  33.94 
 
 		 1120 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  33.94 
 
 		 1120 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  33.94 
 
 		 1118 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  33.94 
 
 		 1120 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  33.22 
 
 		 1117 aa  140  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  32.85 
 
 		 1120 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  32.85 
 
 		 1120 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  32.85 
 
 		 1118 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  32.85 
 
 		 1118 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  32.85 
 
 		 1118 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  32 
 
 		 637 aa  138  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  32.48 
 
 		 795 aa  137  9e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  32.28 
 
 		 1144 aa  137  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  30.85 
 
 		 299 aa  137  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  30.4 
 
 		 1110 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  30.77 
 
 		 891 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0445  potassium efflux protein KefA  36.02 
 
 		 1117 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  31.25 
 
 		 806 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 785 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  37.29 
 
 		 1134 aa  134  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  29.13 
 
 		 1235 aa  134  6e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  36.86 
 
 		 1134 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  32.79 
 
 		 1115 aa  134  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  33.33 
 
 		 1080 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  29.57 
 
 		 1133 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5759  potassium efflux protein KefA  37.61 
 
 		 1118 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738971  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66400  potassium efflux protein KefA  32.1 
 
 		 1118 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2389  MscS mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 		 429 aa  132  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  31.42 
 
 		 1120 aa  132  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  31.42 
 
 		 1120 aa  132  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  31.42 
 
 		 1120 aa  132  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  32.2 
 
 		 1128 aa  131  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  31.47 
 
 		 1072 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>