287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0470 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  100 
 
 		 237 aa  481  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  91.56 
 
 		 237 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  64.14 
 
 		 235 aa  305  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.97 
 
 		 236 aa  294  9e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.13 
 
 		 236 aa  291  6e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.2 
 
 		 233 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.37 
 
 		 236 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.92 
 
 		 236 aa  275  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.16 
 
 		 240 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.34 
 
 		 235 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  40.1 
 
 		 233 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.8 
 
 		 236 aa  115  7.999999999999999e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  36.65 
 
 		 236 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  35.92 
 
 		 233 aa  101  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.16 
 
 		 205 aa  101  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.66 
 
 		 232 aa  97.1  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.74 
 
 		 209 aa  93.6  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  31.4 
 
 		 205 aa  86.7  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 232 aa  86.7  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.31 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.61 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  30.2 
 
 		 616 aa  74.3  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.74 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  31.67 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2584  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.01 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 198 aa  72  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  37 
 
 		 218 aa  72  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  35.51 
 
 		 220 aa  71.2  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.48 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.07 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  30.39 
 
 		 1390 aa  69.7  0.00000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  31.43 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  29.09 
 
 		 209 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  28.92 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  28.09 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.17 
 
 		 706 aa  66.6  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  23.94 
 
 		 1397 aa  65.9  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.53 
 
 		 659 aa  65.9  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.17 
 
 		 1367 aa  65.5  0.0000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.17 
 
 		 1367 aa  65.5  0.0000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.71 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  27.33 
 
 		 1449 aa  64.7  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  24.62 
 
 		 1465 aa  64.7  0.000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  30.77 
 
 		 208 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.81 
 
 		 203 aa  64.7  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  32.11 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.61 
 
 		 233 aa  63.9  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.31 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  26.74 
 
 		 1449 aa  62.8  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.41 
 
 		 864 aa  62.8  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  25.74 
 
 		 1432 aa  63.2  0.000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.88 
 
 		 719 aa  62.4  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.87 
 
 		 200 aa  62  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.13 
 
 		 239 aa  62  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  30.46 
 
 		 584 aa  62  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  26.05 
 
 		 729 aa  61.6  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  29.91 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  27.85 
 
 		 210 aa  61.6  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  26.6 
 
 		 695 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.6 
 
 		 695 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.7 
 
 		 228 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.7 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  24.61 
 
 		 1444 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  33.66 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  28.82 
 
 		 1402 aa  60.5  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.09 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.87 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.09 
 
 		 769 aa  60.1  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1636  hypothetical protein  27.87 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.696644  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.18 
 
 		 233 aa  60.1  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  25.29 
 
 		 1362 aa  60.1  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  23.96 
 
 		 1442 aa  59.7  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.79 
 
 		 252 aa  59.7  0.00000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.93 
 
 		 565 aa  59.7  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  24.86 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  26.22 
 
 		 1407 aa  59.3  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  26.71 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  26.63 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  26.98 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0766  CRISPR-associated endoribonuclease Cas2  28.42 
 
 		 359 aa  58.5  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0695815 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  22.54 
 
 		 1436 aa  58.2  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  26.04 
 
 		 1426 aa  58.2  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  28.35 
 
 		 200 aa  58.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  27.78 
 
 		 719 aa  58.2  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2465  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.21 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.37 
 
 		 695 aa  57.8  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  26.63 
 
 		 707 aa  58.5  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  24.6 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.96 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  25 
 
 		 584 aa  57.8  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.62 
 
 		 228 aa  57  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  24.04 
 
 		 1388 aa  55.8  0.0000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  34.55 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.71 
 
 		 952 aa  56.2  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  26.05 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  30.46 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  35.05 
 
 		 168 aa  55.8  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.12 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.62 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>