More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2389 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2389  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 564 aa  1130    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17550  protein-export membrane protein SecD  40.9 
 
 		 714 aa  414  1e-114  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.122587 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1996  protein-export membrane protein SecD  41.5 
 
 		 670 aa  410  1e-113  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.391205  normal  0.0633632 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6109  Preprotein translocase subunit SecD-like protein  43.36 
 
 		 581 aa  404  1e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1366  protein-export membrane protein SecD  41.25 
 
 		 620 aa  392  1e-107  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.25927 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1798  protein-export membrane protein SecD  41.91 
 
 		 606 aa  382  1e-105  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.427171  normal  0.154883 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2113  protein-export membrane protein SecD  41.67 
 
 		 584 aa  374  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0110466  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3051  protein-export membrane protein SecD  39.9 
 
 		 684 aa  368  1e-100  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1373  preprotein translocase subunit SecD  39.48 
 
 		 607 aa  356  5e-97  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.082287 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2299  preprotein translocase subunit SecD  38.62 
 
 		 585 aa  355  2e-96  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.844455  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3174  protein-export membrane protein SecD  42.19 
 
 		 566 aa  354  2e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.761403  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2029  preprotein translocase subunit SecD  38.58 
 
 		 585 aa  348  2e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000877869 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1670  protein-export membrane protein SecD  39.97 
 
 		 635 aa  346  7e-94  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15310  protein-export membrane protein SecD  39.52 
 
 		 640 aa  341  2e-92  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.540675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15100  protein-export membrane protein SecD  37.71 
 
 		 603 aa  338  9.999999999999999e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13980  protein-export membrane protein SecD  38.06 
 
 		 661 aa  332  9e-90  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2061  protein-export membrane protein SecD  40.26 
 
 		 547 aa  327  3e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.789489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12860  protein-export membrane protein SecD  38.04 
 
 		 620 aa  324  2e-87  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.258671  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1695  protein-export membrane protein SecD  38.46 
 
 		 632 aa  323  7e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2304  protein-export membrane protein SecD  38.21 
 
 		 550 aa  303  4.0000000000000003e-81  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1341  preprotein translocase subunit SecD  48.21 
 
 		 605 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.022847  normal  0.845506 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1942  protein-export membrane protein SecD  37.21 
 
 		 538 aa  284  3.0000000000000004e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0269026  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5142  preprotein translocase subunit SecD  44.44 
 
 		 680 aa  279  1e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75892  hitchhiker  0.00245204 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1802  protein-export membrane protein SecD  38.69 
 
 		 653 aa  259  9e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.414477  decreased coverage  0.00000714928 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1812  protein-export membrane protein SecD  43.91 
 
 		 666 aa  255  2.0000000000000002e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.279659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3824  protein-export membrane protein SecD  42.68 
 
 		 656 aa  248  3e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.221724  normal  0.729051 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2583  preprotein translocase subunit SecD  42.81 
 
 		 599 aa  239  1e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.321622  normal  0.917688 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3391  protein-export membrane protein SecD  45.94 
 
 		 649 aa  237  4e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000226578  hitchhiker  0.0000733205 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0945  protein-export membrane protein SecD  34.79 
 
 		 496 aa  237  5.0000000000000005e-61  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3816  preprotein translocase subunit SecD  43.12 
 
 		 617 aa  236  6e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.258625  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2315  preprotein translocase subunit SecD  43.75 
 
 		 598 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.534551  normal  0.509852 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2276  preprotein translocase subunit SecD  43.75 
 
 		 598 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2323  preprotein translocase subunit SecD  43.75 
 
 		 598 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.388488  normal  0.491542 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12607  preprotein translocase subunit SecD  43.48 
 
 		 573 aa  211  2e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.455392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  30.02 
 
 		 989 aa  187  4e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0984  protein-export membrane protein SecD  39.53 
 
 		 900 aa  181  4e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.583326 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  35.64 
 
 		 403 aa  170  8e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000290493  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0033  preprotein translocase subunit SecD  28.85 
 
 		 619 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  35.31 
 
 		 410 aa  166  9e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  27.63 
 
 		 470 aa  166  1.0000000000000001e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  36.81 
 
 		 594 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  36.81 
 
 		 594 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  35.67 
 
 		 464 aa  163  9e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  35.03 
 
 		 461 aa  163  1e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12600  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  36.82 
 
 		 977 aa  162  2e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1123  preprotein translocase subunit SecD  32.65 
 
 		 416 aa  162  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000301062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  29.38 
 
 		 530 aa  162  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  34.96 
 
 		 474 aa  159  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0026  preprotein translocase subunit SecD  28.34 
 
 		 638 aa  159  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.943233  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0067  protein-export membrane protein SecD  37.12 
 
 		 465 aa  157  4e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0067  protein-export membrane protein SecD  37.32 
 
 		 465 aa  157  4e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  35.27 
 
 		 406 aa  157  7e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  30.74 
 
 		 622 aa  156  8e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  35.23 
 
 		 470 aa  156  9e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  35.23 
 
 		 470 aa  156  9e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.67 
 
 		 849 aa  156  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  29.18 
 
 		 594 aa  156  1e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0013  preprotein translocase subunit SecD  29.57 
 
 		 624 aa  156  1e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.295061  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2197  preprotein translocase subunit SecD  35.27 
 
 		 419 aa  155  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1908  preprotein translocase subunit SecD  35.27 
 
 		 419 aa  155  2e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.154062  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1028  preprotein translocase subunit SecD  37.8 
 
 		 471 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  36.07 
 
 		 532 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0870  preprotein translocase subunit SecD  35.61 
 
 		 489 aa  154  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.451271  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1691  protein-export membrane protein SecD  33.33 
 
 		 461 aa  154  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0199339  normal  0.405053 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  38.43 
 
 		 530 aa  154  5e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  37 
 
 		 735 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09311  preprotein translocase subunit SecD  35.38 
 
 		 489 aa  153  7e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.483137  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  36.07 
 
 		 533 aa  153  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0625  preprotein translocase subunit SecD  35.94 
 
 		 415 aa  152  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000418015  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5128  preprotein translocase subunit SecD  41.03 
 
 		 464 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.473691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1191  preprotein translocase subunit SecD  32.67 
 
 		 493 aa  152  2e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07200  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  37.65 
 
 		 855 aa  152  2e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  36.07 
 
 		 533 aa  152  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16221  preprotein translocase subunit SecD  31.56 
 
 		 495 aa  151  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.130277 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.54 
 
 		 848 aa  151  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0011  preprotein translocase subunit SecD  29.74 
 
 		 605 aa  150  7e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  37.26 
 
 		 533 aa  150  7e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09521  preprotein translocase subunit SecD  25.99 
 
 		 496 aa  150  7e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.1601 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10121  preprotein translocase subunit SecD  32.72 
 
 		 486 aa  150  8e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09291  preprotein translocase subunit SecD  34.53 
 
 		 487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1279  preprotein translocase subunit SecD  33.33 
 
 		 495 aa  149  1.0000000000000001e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.221382  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  36.76 
 
 		 413 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000293049  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  31.23 
 
 		 530 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  36.43 
 
 		 534 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0904  protein-export membrane protein SecD  32.67 
 
 		 445 aa  149  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000019832  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  28.33 
 
 		 533 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1272  preprotein translocase subunit SecD  33.45 
 
 		 411 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  40 
 
 		 533 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  35 
 
 		 532 aa  147  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0536  protein-export membrane protein SecD  35.36 
 
 		 441 aa  147  5e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000245038  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  30.1 
 
 		 1029 aa  147  7.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.56 
 
 		 853 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  38.46 
 
 		 533 aa  146  9e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0282  preprotein translocase subunit SecD  31.49 
 
 		 496 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.621699  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  33.92 
 
 		 532 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4072  protein-export membrane protein SecD  26.67 
 
 		 885 aa  145  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  35.63 
 
 		 512 aa  145  2e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  37.02 
 
 		 533 aa  145  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  33.83 
 
 		 532 aa  145  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  34.64 
 
 		 531 aa  144  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>