More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2285 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  100 
 
 		 372 aa  720    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  86.29 
 
 		 372 aa  607  9.999999999999999e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  75.34 
 
 		 372 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  74.25 
 
 		 378 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  73.91 
 
 		 422 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  73.3 
 
 		 378 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  69.05 
 
 		 372 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  57.77 
 
 		 383 aa  383  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  58.97 
 
 		 378 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  57.65 
 
 		 380 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  54.01 
 
 		 388 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  58.04 
 
 		 380 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  56.13 
 
 		 383 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  53.07 
 
 		 393 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  57.4 
 
 		 391 aa  363  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  52.87 
 
 		 397 aa  360  2e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  52.62 
 
 		 397 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  52.27 
 
 		 393 aa  356  3.9999999999999996e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  55.46 
 
 		 372 aa  352  5e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  56.27 
 
 		 391 aa  350  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  53.47 
 
 		 403 aa  348  8e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  55.89 
 
 		 378 aa  348  9e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  50.38 
 
 		 397 aa  346  4e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  48.28 
 
 		 396 aa  344  2e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  51.63 
 
 		 374 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  47 
 
 		 429 aa  332  9e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  46.06 
 
 		 422 aa  310  2e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  50.14 
 
 		 366 aa  306  4.0000000000000004e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  54.08 
 
 		 592 aa  293  3e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  46.74 
 
 		 387 aa  286  4e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  48.78 
 
 		 373 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  46.56 
 
 		 360 aa  276  4e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  47.14 
 
 		 402 aa  271  1e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  45.45 
 
 		 375 aa  269  5e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  45.18 
 
 		 382 aa  269  5e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  49.33 
 
 		 369 aa  269  5e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  37.97 
 
 		 374 aa  262  8e-69  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  50.67 
 
 		 372 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  45.45 
 
 		 379 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  37.7 
 
 		 375 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  50.13 
 
 		 372 aa  247  3e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  40.48 
 
 		 362 aa  239  5e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  43.6 
 
 		 395 aa  236  3e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  36.27 
 
 		 378 aa  231  1e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 418 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  35.97 
 
 		 377 aa  219  6e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  35.39 
 
 		 362 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  38.63 
 
 		 365 aa  213  3.9999999999999995e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  39.89 
 
 		 379 aa  211  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  47.55 
 
 		 366 aa  210  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  40.55 
 
 		 389 aa  210  4e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  40.72 
 
 		 365 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  40.51 
 
 		 359 aa  209  5e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  40 
 
 		 365 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  39.46 
 
 		 364 aa  207  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  41.35 
 
 		 388 aa  207  3e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  40.93 
 
 		 364 aa  206  5e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  40.11 
 
 		 377 aa  206  5e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  39.12 
 
 		 389 aa  206  8e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  39.73 
 
 		 371 aa  205  9e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  42.3 
 
 		 386 aa  205  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  35.57 
 
 		 409 aa  204  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  39.56 
 
 		 368 aa  203  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  38.01 
 
 		 385 aa  204  3e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  40.83 
 
 		 365 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  42.91 
 
 		 336 aa  202  5e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  43.09 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  43.98 
 
 		 358 aa  202  9e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  38.75 
 
 		 401 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  45.59 
 
 		 366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  39.11 
 
 		 374 aa  199  5e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  40.47 
 
 		 425 aa  199  7e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  40.19 
 
 		 389 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  43.25 
 
 		 365 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  37.77 
 
 		 375 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  51.85 
 
 		 373 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1985  DNA protecting protein DprA  37.94 
 
 		 364 aa  196  7e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435802  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  42.63 
 
 		 394 aa  195  9e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  37.78 
 
 		 358 aa  195  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  40.74 
 
 		 373 aa  195  1e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  32.71 
 
 		 370 aa  195  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  39.03 
 
 		 356 aa  194  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  34.43 
 
 		 399 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  38.35 
 
 		 422 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  38.95 
 
 		 382 aa  194  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  39.46 
 
 		 384 aa  193  3e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  38.03 
 
 		 365 aa  194  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  38.03 
 
 		 365 aa  194  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  42.95 
 
 		 399 aa  192  5e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  39.07 
 
 		 475 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  41.43 
 
 		 308 aa  192  6e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  39.24 
 
 		 374 aa  192  7e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  43.05 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  43.6 
 
 		 448 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  38.52 
 
 		 408 aa  192  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  39.23 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  38.82 
 
 		 475 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  37.74 
 
 		 395 aa  191  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  39.94 
 
 		 338 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  52.61 
 
 		 362 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>