More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3513 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
322 aa  613  9.999999999999999e-175  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  57 
 
 
320 aa  275  8e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  48.43 
 
 
318 aa  252  7e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.78 
 
 
313 aa  248  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
333 aa  229  4e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.73 
 
 
327 aa  227  2e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  44.79 
 
 
318 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.65 
 
 
317 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.53 
 
 
327 aa  216  4e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  43.96 
 
 
332 aa  216  5e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.01 
 
 
317 aa  211  9e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  41.69 
 
 
317 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.69 
 
 
317 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.72 
 
 
316 aa  205  9e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  43.22 
 
 
322 aa  204  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  44.41 
 
 
317 aa  202  5e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.16 
 
 
318 aa  202  5e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.2 
 
 
332 aa  199  6e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.93 
 
 
319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.55 
 
 
317 aa  195  9e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.52 
 
 
327 aa  194  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.07 
 
 
317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.96 
 
 
324 aa  189  7e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.17 
 
 
318 aa  189  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.51 
 
 
313 aa  189  8e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.74 
 
 
324 aa  186  4e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  42.44 
 
 
322 aa  186  7e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.46 
 
 
335 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  42.77 
 
 
360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.44 
 
 
329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.05 
 
 
325 aa  179  5.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.8 
 
 
335 aa  179  8e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.4 
 
 
334 aa  177  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.78 
 
 
314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.14 
 
 
325 aa  172  6.999999999999999e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.87 
 
 
336 aa  171  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  41.49 
 
 
337 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.12 
 
 
320 aa  168  1e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.64 
 
 
320 aa  167  2e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
319 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.68 
 
 
320 aa  165  9e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.55 
 
 
334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.88 
 
 
327 aa  162  6e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  40.85 
 
 
327 aa  162  9e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  37.62 
 
 
332 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  42.68 
 
 
238 aa  155  6e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.14 
 
 
334 aa  154  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.13 
 
 
320 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.62 
 
 
324 aa  150  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.14 
 
 
339 aa  150  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.87 
 
 
337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.7 
 
 
339 aa  143  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.26 
 
 
326 aa  142  5e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.58 
 
 
322 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  35.99 
 
 
318 aa  128  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.61 
 
 
317 aa  125  7e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.84 
 
 
339 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.42 
 
 
337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.7 
 
 
321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.28 
 
 
319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  33.13 
 
 
316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  37.02 
 
 
322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.65 
 
 
324 aa  110  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.83 
 
 
332 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.23 
 
 
317 aa  106  6e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 
333 aa  105  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  35.22 
 
 
323 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33 
 
 
326 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  28.5 
 
 
320 aa  94  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  28.5 
 
 
320 aa  94  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  37.13 
 
 
323 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.55 
 
 
328 aa  92.8  7e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.61 
 
 
333 aa  92  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  28.04 
 
 
320 aa  90.1  5e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  27.57 
 
 
320 aa  89  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  27.57 
 
 
320 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  32.86 
 
 
228 aa  87.8  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.49 
 
 
228 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  31.76 
 
 
226 aa  83.2  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.77 
 
 
242 aa  83.2  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  31.53 
 
 
233 aa  83.2  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 
233 aa  83.2  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.04 
 
 
232 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.91 
 
 
229 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.06 
 
 
299 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  31.53 
 
 
233 aa  81.3  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.97 
 
 
240 aa  80.5  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.13 
 
 
242 aa  79.3  0.00000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  30.3 
 
 
230 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  28.7 
 
 
230 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.56 
 
 
232 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.18 
 
 
321 aa  79  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  30.3 
 
 
230 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  25.66 
 
 
229 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  30.3 
 
 
230 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  25.23 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  24.08 
 
 
311 aa  78.2  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.56 
 
 
232 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.9 
 
 
336 aa  77.4  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>