More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3479 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 280 aa  556  1e-157  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  27.65 
 
 		 278 aa  85.9  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  22.3 
 
 		 287 aa  85.5  8e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  22.42 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  20.3 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  20.6 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  27.8 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  23.75 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 313 aa  68.9  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  24.52 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  22.99 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  16.96 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 309 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  24.14 
 
 		 310 aa  67  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  25.72 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  27.83 
 
 		 279 aa  65.1  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  21.15 
 
 		 286 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 280 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  25.27 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  27.52 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 314 aa  62  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  25.66 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  25 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  24.7 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  29.13 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  26.15 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 316 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3318  iron transport system regulatory protein FitR  24.28 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0873687 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4338  iron transport system regulatory protein FitR  24.28 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  24.3 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2753  transcriptional regulator, RpiR family  29.95 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  22.93 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  22.56 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  22.93 
 
 		 375 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  20.41 
 
 		 279 aa  59.3  0.00000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  28.11 
 
 		 327 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0717  transcriptional regulator protein  24.55 
 
 		 298 aa  58.9  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  21.67 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 307 aa  58.9  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  20.41 
 
 		 279 aa  58.9  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 286 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  22.93 
 
 		 285 aa  58.9  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  22.88 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  23.43 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0183  helix-turn-helix protein RpiR  21.69 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0178  RpiR family transcriptional regulator  21.69 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  22.05 
 
 		 277 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  27.08 
 
 		 297 aa  57  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 358 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 314 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  20.91 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 299 aa  57  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  24.68 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4675  RpiR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 336 aa  56.2  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0109313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 284 aa  56.2  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4651  RpiR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0360971  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3437  RpiR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.470052 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.22 
 
 		 334 aa  55.8  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 278 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  18.15 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.29 
 
 		 288 aa  55.5  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  25.6 
 
 		 290 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 299 aa  55.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>