161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_4634 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  100 
 
 		 273 aa  534  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5125  Rhomboid family protein  64.84 
 
 		 273 aa  330  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3232  rhomboid family protein  66.3 
 
 		 273 aa  321  6e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0778349  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2260  rhomboid family protein  60.3 
 
 		 274 aa  311  5.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  59.85 
 
 		 274 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2535  Rhomboid family protein  59.93 
 
 		 274 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0940  rhomboid family protein  36.57 
 
 		 265 aa  151  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  40.53 
 
 		 263 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  40.15 
 
 		 266 aa  145  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  35.11 
 
 		 253 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  35.11 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  39.41 
 
 		 263 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2202  hypothetical protein  36.86 
 
 		 263 aa  139  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5215  hypothetical protein  35.9 
 
 		 264 aa  132  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.593577  normal  0.0537832 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  35.14 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  34.36 
 
 		 226 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1648  rhomboid-like protein  34.73 
 
 		 262 aa  127  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1045  rhomboid family protein  36.78 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  34.62 
 
 		 256 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2653  rhomboid family protein  34.94 
 
 		 266 aa  112  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.541803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  34.23 
 
 		 279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3272  rhomboid-like protein  40.11 
 
 		 375 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00126234 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1320  rhomboid-like protein  32.28 
 
 		 264 aa  108  8.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  34.46 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0720  Rhomboid family protein  37.93 
 
 		 256 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  33.13 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  30.72 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  33.14 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  33.13 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  34.71 
 
 		 220 aa  72  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  32.75 
 
 		 239 aa  72  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  31.95 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  32.48 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  35.62 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  33.52 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  34.13 
 
 		 218 aa  68.6  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  33.12 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  32.08 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  30.22 
 
 		 246 aa  67  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  25.69 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  31.21 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  31.68 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  30.05 
 
 		 261 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  30.25 
 
 		 215 aa  65.5  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  32.92 
 
 		 265 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  31.21 
 
 		 227 aa  64.3  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  29.67 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  33.54 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  29.59 
 
 		 231 aa  62.4  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  29.67 
 
 		 249 aa  60.8  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  31.58 
 
 		 224 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  32.52 
 
 		 284 aa  60.5  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  29.11 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  30.46 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  27.69 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 253 aa  59.3  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  29.48 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  30.17 
 
 		 252 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  30 
 
 		 223 aa  57  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  30.36 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  30.18 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  27.88 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  29.59 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  26.19 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  27.84 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  30 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  31.95 
 
 		 252 aa  55.5  0.0000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  31.07 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  32.7 
 
 		 247 aa  55.1  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  29.41 
 
 		 236 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  32.69 
 
 		 211 aa  55.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  34.15 
 
 		 197 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  28.25 
 
 		 220 aa  55.5  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  30.91 
 
 		 197 aa  54.7  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  32.38 
 
 		 238 aa  54.3  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  26.38 
 
 		 223 aa  54.3  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3809  Rhomboid family protein  40.91 
 
 		 304 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.199592 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6620  Rhomboid family protein  38.37 
 
 		 292 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000794004  hitchhiker  0.00987109 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  25 
 
 		 245 aa  54.7  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  30.77 
 
 		 324 aa  54.3  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  26.14 
 
 		 234 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  29.59 
 
 		 225 aa  53.1  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  30.95 
 
 		 248 aa  53.1  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  31.76 
 
 		 273 aa  53.1  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  26.55 
 
 		 252 aa  52.8  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  25.26 
 
 		 264 aa  52.4  0.000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  26.86 
 
 		 444 aa  52  0.00001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  25.32 
 
 		 222 aa  51.6  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0440  rhomboid family protein  30.49 
 
 		 209 aa  51.6  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0337816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 360 aa  52  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  28.48 
 
 		 239 aa  50.8  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  28.75 
 
 		 279 aa  50.8  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0987  rhomboid-like protein  41.94 
 
 		 211 aa  50.8  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.769886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3678  rhomboid family protein  41.77 
 
 		 483 aa  51.2  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0309467  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  28.41 
 
 		 249 aa  50.4  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  25.84 
 
 		 231 aa  50.8  0.00003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  26.95 
 
 		 240 aa  49.7  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  35.63 
 
 		 234 aa  49.7  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  27.87 
 
 		 360 aa  49.7  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  27.87 
 
 		 360 aa  49.7  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>