More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_0132 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  100 
 
 
206 aa  412  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3718  PAS domain-containing protein  35.18 
 
 
211 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.243172 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  31.98 
 
 
199 aa  98.2  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5109  PAS fold-3 domain protein  31.64 
 
 
197 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.924849 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.11 
 
 
551 aa  80.5  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1198  PAS fold-3 domain protein  28.89 
 
 
187 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.767323 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  31.82 
 
 
202 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  33.53 
 
 
186 aa  72  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4878  PAS domain-containing protein  31.33 
 
 
155 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 
547 aa  71.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6284  PAS domain-containing protein  31.87 
 
 
223 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.81 
 
 
845 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.23 
 
 
1215 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  32.08 
 
 
202 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  31.03 
 
 
847 aa  68.2  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
810 aa  68.2  0.00000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.93 
 
 
767 aa  67.8  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 
2693 aa  67.8  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.48 
 
 
689 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 
759 aa  65.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  29.22 
 
 
1225 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.22 
 
 
1225 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
674 aa  65.5  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
943 aa  65.1  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1982  PAS fold-3 domain protein  27.54 
 
 
174 aa  63.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.282752  normal  0.0152652 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2325  PAS domain-containing protein  35.78 
 
 
204 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.347641  normal  0.764067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1018  PAS domain-containing protein  29.65 
 
 
195 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.011057  normal  0.147153 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.86 
 
 
695 aa  62.8  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
793 aa  62.4  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 
779 aa  62.4  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 
1171 aa  62  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1795  PAS fold-3 domain protein  30.83 
 
 
162 aa  61.6  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.591789  normal  0.0452866 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  32.38 
 
 
691 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 
789 aa  61.2  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.23 
 
 
673 aa  60.1  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
977 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 
1068 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 
1532 aa  60.1  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 
986 aa  59.7  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.52 
 
 
686 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3578  hypothetical protein  29.82 
 
 
188 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.21296  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  27.93 
 
 
685 aa  59.3  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  26.52 
 
 
938 aa  58.9  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 
601 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0150  putative PAS/PAC sensor protein  32 
 
 
1969 aa  58.9  0.00000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3028  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.57 
 
 
1426 aa  58.5  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.514624  normal  0.437775 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 
890 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0390  ligand-binding sensor domain-containing protein  28.81 
 
 
1275 aa  58.5  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 
3706 aa  58.2  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  30.7 
 
 
2303 aa  58.2  0.00000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
1118 aa  57.8  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.41 
 
 
883 aa  57.4  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
519 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
582 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1313  PAS sensor protein  30.97 
 
 
242 aa  57.4  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 
1013 aa  57.8  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 
888 aa  57  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  29.81 
 
 
691 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  27.19 
 
 
2272 aa  56.6  0.0000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3739  diguanylate cyclase  27.19 
 
 
407 aa  57.4  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.864188  hitchhiker  0.0000559302 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2537  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.31 
 
 
675 aa  57  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.97 
 
 
998 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.36 
 
 
812 aa  57  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  30.43 
 
 
2279 aa  57  0.0000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.51 
 
 
766 aa  57  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
806 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.48 
 
 
830 aa  57  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.46 
 
 
1808 aa  57  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10770  putative sensor/response regulator hybrid  31.19 
 
 
1417 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.903284 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.31 
 
 
721 aa  57  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  30.58 
 
 
1560 aa  56.6  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  29.91 
 
 
338 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.14 
 
 
1273 aa  56.6  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2084  sensor for ctr capsule biosynthesis; sensor histidine kinase  26.55 
 
 
660 aa  56.2  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4390  PAS domain-containing protein  31.25 
 
 
200 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000850983  normal  0.838012 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 
875 aa  56.2  0.0000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.81 
 
 
1009 aa  55.8  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3818  signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
333 aa  55.8  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.883776  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
674 aa  55.5  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  31.15 
 
 
920 aa  55.5  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.97 
 
 
1224 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 
1501 aa  55.5  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.84 
 
 
1103 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  26.55 
 
 
1654 aa  55.5  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.72 
 
 
958 aa  55.5  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  30.84 
 
 
1092 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
987 aa  55.5  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0632  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.61 
 
 
965 aa  55.1  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0919464 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  26.96 
 
 
1626 aa  55.1  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
1093 aa  55.1  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
1093 aa  55.1  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  28.97 
 
 
512 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.41 
 
 
1122 aa  54.7  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.16 
 
 
1010 aa  54.3  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.21 
 
 
912 aa  54.3  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 
958 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.651687  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2153  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.14 
 
 
645 aa  54.3  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1683  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.27 
 
 
1659 aa  54.3  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0981  putative sensor/response regulator hybrid  30.28 
 
 
1418 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195382  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3640  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  29.2 
 
 
1303 aa  54.3  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.581797 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>