183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_5109 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_5109  PAS fold-3 domain protein  100 
 
 
197 aa  400  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.924849 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1198  PAS fold-3 domain protein  65.41 
 
 
187 aa  241  5e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.767323 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4878  PAS domain-containing protein  74.19 
 
 
155 aa  232  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  39.33 
 
 
202 aa  92.4  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3718  PAS domain-containing protein  34.05 
 
 
211 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.243172 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 
582 aa  88.2  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  44.25 
 
 
759 aa  84.7  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  35.67 
 
 
202 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  31.64 
 
 
206 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  30.9 
 
 
199 aa  81.6  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4390  PAS domain-containing protein  35.38 
 
 
200 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000850983  normal  0.838012 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
845 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
810 aa  74.3  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  26.8 
 
 
186 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2325  PAS domain-containing protein  33.77 
 
 
204 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.347641  normal  0.764067 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 
767 aa  69.7  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 
938 aa  70.1  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 
1532 aa  70.5  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  30.6 
 
 
847 aa  68.6  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
1215 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.85 
 
 
977 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
674 aa  67.8  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 
883 aa  65.1  0.0000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
689 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.56 
 
 
1224 aa  64.7  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  40 
 
 
1225 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 
789 aa  63.2  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
1225 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
793 aa  62.8  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 
943 aa  62.8  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6284  PAS domain-containing protein  29.83 
 
 
223 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1018  PAS domain-containing protein  31.72 
 
 
195 aa  62  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.011057  normal  0.147153 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  24.18 
 
 
956 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.86 
 
 
1103 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  29.86 
 
 
1092 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  24.18 
 
 
827 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  28.31 
 
 
2279 aa  60.1  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.63 
 
 
998 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  33.33 
 
 
691 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
1009 aa  58.9  0.00000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.12 
 
 
686 aa  58.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2084  sensor for ctr capsule biosynthesis; sensor histidine kinase  29.45 
 
 
660 aa  58.5  0.00000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
674 aa  57.8  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  26.51 
 
 
2272 aa  58.2  0.00000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
1171 aa  57.4  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.19 
 
 
922 aa  57.4  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  30.77 
 
 
691 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3578  hypothetical protein  29.03 
 
 
188 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.21296  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
806 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3664  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
708 aa  55.8  0.0000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4695  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 
526 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.756017  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  30.08 
 
 
2303 aa  55.8  0.0000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
519 aa  54.7  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
850 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 
494 aa  53.9  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.91 
 
 
858 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  27.33 
 
 
945 aa  53.5  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 
721 aa  53.1  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.32 
 
 
1044 aa  52.4  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227424  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 
603 aa  52.4  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.09 
 
 
1432 aa  52.4  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
3706 aa  52  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 
830 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  29.87 
 
 
840 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.16 
 
 
817 aa  51.6  0.000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.194507 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.52 
 
 
1148 aa  51.6  0.000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 
989 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 
814 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 
1289 aa  50.8  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1982  PAS fold-3 domain protein  31.07 
 
 
174 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.282752  normal  0.0152652 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1654  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.95 
 
 
1115 aa  50.1  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  32.54 
 
 
449 aa  50.1  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.99 
 
 
568 aa  49.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
527 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
812 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
1676 aa  49.7  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 
888 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1795  PAS fold-3 domain protein  32.08 
 
 
162 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.591789  normal  0.0452866 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  25.47 
 
 
641 aa  49.7  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.35 
 
 
1009 aa  48.5  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3869  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.11 
 
 
616 aa  48.5  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 
1562 aa  48.1  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.62 
 
 
1064 aa  48.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 
1057 aa  48.5  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.86 
 
 
766 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.35 
 
 
1009 aa  48.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2070  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.13 
 
 
645 aa  47.4  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000789609 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
515 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  24.14 
 
 
1654 aa  47.4  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.36 
 
 
1273 aa  47.4  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0810  multi-PAS sensor  35.53 
 
 
1116 aa  47.8  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.915221  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.74 
 
 
987 aa  47.4  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.67 
 
 
1808 aa  47.4  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  33.33 
 
 
512 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3467  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.97 
 
 
865 aa  47  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  23.93 
 
 
1099 aa  47  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
514 aa  47  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.9 
 
 
823 aa  46.6  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.31 
 
 
1018 aa  46.6  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  25.83 
 
 
2693 aa  46.6  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>