More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MmarC5_0174 on replicon NC_009135
Organism: Methanococcus maripaludis C5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009135  MmarC5_0174  30S ribosomal protein S3P  100 
 
 		 211 aa  427  1e-119  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.000147825  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0649  30S ribosomal protein S3P  97.16 
 
 		 211 aa  417  1e-116  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0000037377  hitchhiker  0.000300079 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1269  30S ribosomal protein S3P  96.68 
 
 		 211 aa  416  9.999999999999999e-116  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000000296825  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0715  30S ribosomal protein S3P  85.78 
 
 		 211 aa  377  1e-104  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0204211  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1389  30S ribosomal protein S3P  78.87 
 
 		 208 aa  325  3e-88  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0570  30S ribosomal protein S3P  49.25 
 
 		 234 aa  222  4e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.172392  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1515  ribosomal protein S3  50.23 
 
 		 237 aa  219  3e-56  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  6.05815e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0538  30S ribosomal protein S3P  47.24 
 
 		 231 aa  216  2e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172805  normal  0.860345 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0087  30S ribosomal protein S3P  48.19 
 
 		 231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.370765 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2298  30S ribosomal protein S3P  47.85 
 
 		 326 aa  212  3.9999999999999995e-54  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0448  30S ribosomal protein S3P  47.18 
 
 		 234 aa  210  1e-53  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0404742  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2247  30S ribosomal protein S3P  46.5 
 
 		 237 aa  207  9e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000824007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1834  30S ribosomal protein S3P  46.8 
 
 		 317 aa  206  3e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.42538 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1722  30S ribosomal protein S3P  47.67 
 
 		 276 aa  202  2e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0104  30S ribosomal protein S3P  44.79 
 
 		 311 aa  199  3e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0216  ribosomal protein S3  46.35 
 
 		 335 aa  198  3.9999999999999996e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0007  30S ribosomal protein S3P  43.65 
 
 		 304 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000452289  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2443  30S ribosomal protein S3P  43.96 
 
 		 312 aa  195  5.000000000000001e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2224  ribosomal protein S3  45.83 
 
 		 317 aa  194  1e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0488  ribosomal protein S3  47.78 
 
 		 187 aa  180  1e-44  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1772  ribosomal protein S3  38.86 
 
 		 229 aa  161  6e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0097  30S ribosomal protein S3P  37.82 
 
 		 240 aa  158  7e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000179661  unclonable  0.000000500549 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0804  30S ribosomal protein S3  36.36 
 
 		 251 aa  150  1e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5079 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0553  30S ribosomal protein S3P  40.21 
 
 		 220 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0769  30S ribosomal protein S3P  39.68 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1729  30S ribosomal protein S3P  38.62 
 
 		 217 aa  144  1e-33  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0747  30S ribosomal protein S3P  38.62 
 
 		 224 aa  141  6e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.641836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0907  30S ribosomal protein S3P  32.69 
 
 		 236 aa  123  2e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04087  hypothetical protein similar to 40s ribosomal protein s3 (Eurofung)  32.02 
 
 		 264 aa  118  6e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.110828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82366  predicted protein  31.68 
 
 		 242 aa  117  9.999999999999999e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0437402 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49305  Ribosomal protein S3, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  30.54 
 
 		 231 aa  108  7.000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0399938  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA01060  ribosomal protein S3, putative  30.69 
 
 		 252 aa  107  1e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.229597  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  34.76 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  34.76 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  34.76 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  34.36 
 
 		 249 aa  99.8  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  36 
 
 		 228 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  36 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  36 
 
 		 228 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  36.42 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1178  ribosomal protein S3  32.22 
 
 		 223 aa  96.7  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000314343  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  36.42 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  36.42 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  35.79 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  36.42 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33660  predicted protein  27.8 
 
 		 253 aa  96.3  3e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.83302  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0284  30S ribosomal protein S3  32.97 
 
 		 288 aa  95.9  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128971  hitchhiker  0.0000000454249 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0279  30S ribosomal protein S3  32.97 
 
 		 288 aa  95.9  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000626052  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  34.57 
 
 		 228 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2901  ribosomal protein S3  35.97 
 
 		 250 aa  95.5  5e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  32.96 
 
 		 210 aa  94.7  9e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  31.35 
 
 		 308 aa  94  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0495  30S ribosomal protein S3  33.71 
 
 		 242 aa  94  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000115275  hitchhiker  0.00400345 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  31.55 
 
 		 226 aa  93.6  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0490  30S ribosomal protein S3  33.71 
 
 		 242 aa  93.6  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000127993  normal  0.0282319 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1270  30S ribosomal protein S3  33.51 
 
 		 294 aa  93.6  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00251085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0432  30S ribosomal protein S3  32.02 
 
 		 247 aa  93.2  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000392005  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  34.39 
 
 		 210 aa  93.6  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0397  30S ribosomal protein S3  31.89 
 
 		 290 aa  93.2  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  35.8 
 
 		 218 aa  93.2  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2613  30S ribosomal protein S3  36.5 
 
 		 253 aa  92.8  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00358822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  31.87 
 
 		 213 aa  92.4  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  32.78 
 
 		 211 aa  92  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  33.52 
 
 		 234 aa  92  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  31.35 
 
 		 301 aa  91.7  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  91.7  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1568  ribosomal protein S3  33.33 
 
 		 238 aa  91.3  9e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000461215  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  32 
 
 		 211 aa  90.9  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3789  30S ribosomal protein S3  30.27 
 
 		 298 aa  90.9  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.461405  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0966  30S ribosomal protein S3  31.43 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0153824  hitchhiker  0.00000134918 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3993  30S ribosomal protein S3  29.8 
 
 		 285 aa  90.9  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000371657 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  32 
 
 		 211 aa  90.9  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  35.75 
 
 		 214 aa  90.9  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  33.53 
 
 		 232 aa  90.9  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  90.9  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0344  30S ribosomal protein S3  31.35 
 
 		 293 aa  90.5  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.212701  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  33.15 
 
 		 222 aa  90.1  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  32.57 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0271  ribosomal protein S3  31.46 
 
 		 231 aa  90.1  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000386927  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  34.09 
 
 		 232 aa  90.1  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  34.66 
 
 		 233 aa  90.1  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 		 229 aa  89.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  34.09 
 
 		 232 aa  90.1  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  33.53 
 
 		 232 aa  90.1  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>