More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mthe_1722 on replicon NC_008553
Organism: Methanosaeta thermophila PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008553  Mthe_1722  30S ribosomal protein S3P  100 
 
 
276 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0007  30S ribosomal protein S3P  65.61 
 
 
304 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000452289  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0104  30S ribosomal protein S3P  66.67 
 
 
311 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190261  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0087  30S ribosomal protein S3P  64.62 
 
 
231 aa  278  8e-74  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.370765 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2443  30S ribosomal protein S3P  59.36 
 
 
312 aa  276  3e-73  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2247  30S ribosomal protein S3P  64.47 
 
 
237 aa  275  4e-73  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000824007  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0570  30S ribosomal protein S3P  57.75 
 
 
234 aa  267  1e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.172392  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0538  30S ribosomal protein S3P  62.05 
 
 
231 aa  267  1e-70  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172805  normal  0.860345 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2224  ribosomal protein S3  60.85 
 
 
317 aa  267  1e-70  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0216  ribosomal protein S3  60.85 
 
 
335 aa  267  1e-70  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0448  30S ribosomal protein S3P  62.05 
 
 
234 aa  267  2e-70  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0404742  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1834  30S ribosomal protein S3P  62.56 
 
 
317 aa  265  5e-70  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.42538 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2298  30S ribosomal protein S3P  63.59 
 
 
326 aa  261  8.999999999999999e-69  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1515  ribosomal protein S3  48.44 
 
 
237 aa  210  2e-53  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  6.05815e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1389  30S ribosomal protein S3P  47.34 
 
 
208 aa  209  4e-53  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0649  30S ribosomal protein S3P  48.19 
 
 
211 aa  203  2e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0000037377  hitchhiker  0.000300079 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1269  30S ribosomal protein S3P  48.19 
 
 
211 aa  202  4e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000000296825  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0174  30S ribosomal protein S3P  47.67 
 
 
211 aa  202  5e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.000147825  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0715  30S ribosomal protein S3P  47.15 
 
 
211 aa  196  3e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0204211  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0097  30S ribosomal protein S3P  44.81 
 
 
240 aa  176  4e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000179661  unclonable  0.000000500549 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1772  ribosomal protein S3  40.55 
 
 
229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0488  ribosomal protein S3  47.22 
 
 
187 aa  160  2e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0804  30S ribosomal protein S3  35.19 
 
 
251 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5079 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0907  30S ribosomal protein S3P  33.94 
 
 
236 aa  133  1.9999999999999998e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0747  30S ribosomal protein S3P  35.92 
 
 
224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.641836  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1729  30S ribosomal protein S3P  35.44 
 
 
217 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0553  30S ribosomal protein S3P  35.44 
 
 
220 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0769  30S ribosomal protein S3P  34.95 
 
 
222 aa  125  5e-28  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01060  ribosomal protein S3, putative  33.8 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.229597  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04087  hypothetical protein similar to 40s ribosomal protein s3 (Eurofung)  32.11 
 
 
264 aa  113  3e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.110828  normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49305  Ribosomal protein S3, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  33.5 
 
 
231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0399938  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82366  predicted protein  31.22 
 
 
242 aa  107  2e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0437402 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33660  predicted protein  30.16 
 
 
253 aa  102  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.83302  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1568  ribosomal protein S3  36.22 
 
 
238 aa  94  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000461215  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2613  30S ribosomal protein S3  34.52 
 
 
253 aa  91.3  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00358822  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2901  ribosomal protein S3  33.52 
 
 
250 aa  90.9  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  32.42 
 
 
249 aa  86.3  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2708  30S ribosomal protein S3  32.02 
 
 
222 aa  85.9  6e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2393  30S ribosomal protein S3  32.02 
 
 
222 aa  85.9  6e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  34.13 
 
 
223 aa  84  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1861  30S ribosomal protein S3  30.69 
 
 
248 aa  84.7  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.10507  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  33.16 
 
 
221 aa  83.2  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000095133  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0432  30S ribosomal protein S3  30.81 
 
 
247 aa  82.8  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000392005  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  32.09 
 
 
226 aa  82.4  0.000000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3013  30S ribosomal protein S3  28.95 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000335081  decreased coverage  0.002387 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  33.71 
 
 
218 aa  82.4  0.000000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3291  30S ribosomal protein S3  28.95 
 
 
262 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000159884  hitchhiker  0.00000252184 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2944  30S ribosomal protein S3  28.95 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.012288  decreased coverage  0.000000133007 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3661  ribosomal protein S3  31.58 
 
 
219 aa  82  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178065  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  34.09 
 
 
210 aa  81.6  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  32.97 
 
 
219 aa  81.6  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  31.58 
 
 
236 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3311  30S ribosomal protein S3  29.57 
 
 
265 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000058787  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  32.34 
 
 
256 aa  81.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0320  30S ribosomal protein S3  29.13 
 
 
268 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000941491  decreased coverage  0.00272793 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  32.95 
 
 
214 aa  80.1  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  30.68 
 
 
221 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1178  ribosomal protein S3  35.15 
 
 
223 aa  79.7  0.00000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000314343  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2149  SSU ribosomal protein S3P  33.73 
 
 
218 aa  79.7  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0519385  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0333  30S ribosomal protein S3  28.64 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000255455  normal  0.0226177 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3453  30S ribosomal protein S3  28.64 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000212964  decreased coverage  0.00445176 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2753  30S ribosomal protein S3  28.64 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000356119  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0282  30S ribosomal protein S3  28.64 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000274054  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0273  30S ribosomal protein S3  28.64 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00291944  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0354  30S ribosomal protein S3  28.64 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000020511  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  32.2 
 
 
213 aa  79  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3173  30S ribosomal protein S3  30.54 
 
 
264 aa  79  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000329373  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  29.05 
 
 
395 aa  78.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  29.35 
 
 
301 aa  78.6  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  30.29 
 
 
220 aa  77.4  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0809  30S ribosomal protein S3  31.14 
 
 
224 aa  77.8  0.0000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.232608  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  32.57 
 
 
218 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2626  30S ribosomal protein S3  28.16 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0741143  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0495  30S ribosomal protein S3  31.72 
 
 
242 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000115275  hitchhiker  0.00400345 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3163  30S ribosomal protein S3  28.16 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000161585  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3770  30S ribosomal protein S3  28.16 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000624926  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1930  30S ribosomal protein S3  28.16 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000560778  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0292  30S ribosomal protein S3  31.55 
 
 
241 aa  77.8  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00457089  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3062  30S ribosomal protein S3  27.67 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000122398  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3789  30S ribosomal protein S3  31.55 
 
 
298 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.461405  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3484  30S ribosomal protein S3  28.16 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00131963  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  30.54 
 
 
295 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3798  30S ribosomal protein S3  28.16 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3740  30S ribosomal protein S3  28.16 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  32.34 
 
 
223 aa  77  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0490  30S ribosomal protein S3  31.72 
 
 
242 aa  77  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000127993  normal  0.0282319 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3638  30S ribosomal protein S3  28.16 
 
 
268 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000231617  hitchhiker  0.0000000000213568 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  31.91 
 
 
226 aa  76.3  0.0000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0255  30S ribosomal protein S3  28.16 
 
 
266 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0132359  normal  0.0208099 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  29.34 
 
 
261 aa  76.3  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  31.43 
 
 
219 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2834  30S ribosomal protein S3  28.16 
 
 
264 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000988121  normal  0.306449 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  30.35 
 
 
224 aa  75.9  0.0000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  30.35 
 
 
224 aa  75.9  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0773  30S ribosomal protein S3  31.14 
 
 
286 aa  75.9  0.0000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000686898  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  30.95 
 
 
299 aa  75.5  0.0000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  29.95 
 
 
224 aa  75.5  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0200  SSU ribosomal protein S3P  32.39 
 
 
229 aa  75.9  0.0000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0421793  normal  0.0820646 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  31.74 
 
 
234 aa  75.1  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  32.34 
 
 
244 aa  75.1  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>