More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2149 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2149  SSU ribosomal protein S3P  100 
 
 		 218 aa  439  9.999999999999999e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0519385  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  63.03 
 
 		 395 aa  266  2e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  60.66 
 
 		 219 aa  259  3e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6043  30S ribosomal protein S3  57.82 
 
 		 325 aa  254  7e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.80949  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  57.82 
 
 		 278 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  58.96 
 
 		 214 aa  252  2.0000000000000002e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2640  30S ribosomal protein S3  58.29 
 
 		 270 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.659159  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0588  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 315 aa  252  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1092  SSU ribosomal protein S3P  57.35 
 
 		 288 aa  251  8.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4315  ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 272 aa  251  8.000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5130  ribosomal protein S3  58.29 
 
 		 268 aa  250  9.000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.805435 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  58.02 
 
 		 221 aa  248  4e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3899  30S ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 278 aa  247  1e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 237 aa  246  2e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  57.55 
 
 		 275 aa  246  2e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1477  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 221 aa  246  3e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000764619  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 219 aa  245  3e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0200  SSU ribosomal protein S3P  57.82 
 
 		 229 aa  243  9.999999999999999e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0421793  normal  0.0820646 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04040  SSU ribosomal protein S3P  57.08 
 
 		 286 aa  243  9.999999999999999e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10721  30S ribosomal protein S3  58.02 
 
 		 274 aa  243  9.999999999999999e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.680794  normal  0.235718 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5043  30S ribosomal protein S3  57.55 
 
 		 278 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.084323  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  53.77 
 
 		 210 aa  243  1.9999999999999999e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0312  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 341 aa  242  3e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00243469 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  56.4 
 
 		 218 aa  241  7.999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  56.4 
 
 		 244 aa  240  1e-62  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 210 aa  240  1e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1311  30S ribosomal protein S3  57.08 
 
 		 280 aa  240  1e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119681 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3429  ribosomal protein S3  57.55 
 
 		 268 aa  239  2e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09940  SSU ribosomal protein S3P  55.45 
 
 		 235 aa  239  2e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.257564  hitchhiker  0.00000258289 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1019  30S ribosomal protein S3  57.08 
 
 		 287 aa  239  2e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  55.66 
 
 		 279 aa  239  2e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1046  30S ribosomal protein S3  57.08 
 
 		 287 aa  239  2e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1036  30S ribosomal protein S3  57.08 
 
 		 287 aa  239  2e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.261714  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 218 aa  239  2e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  55.45 
 
 		 211 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  55.45 
 
 		 211 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  54.25 
 
 		 220 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  54.03 
 
 		 210 aa  238  4e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3752  ribosomal protein S3  57.08 
 
 		 272 aa  238  4e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.40456  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 210 aa  238  4e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0297  30S ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 222 aa  238  4e-62  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.5955900000000001e-28 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 211 aa  238  5.999999999999999e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20810  SSU ribosomal protein S3P  54.95 
 
 		 276 aa  238  5.999999999999999e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0694  ribosomal protein S3  53.15 
 
 		 282 aa  237  9e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1191  30S ribosomal protein S3  55.25 
 
 		 265 aa  236  1e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 211 aa  236  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0937  30S ribosomal protein S3  55.45 
 
 		 292 aa  236  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0855011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  55.45 
 
 		 210 aa  236  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  55.19 
 
 		 221 aa  236  3e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000095133  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4501  ribosomal protein S3  55.19 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3137  ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 258 aa  236  3e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2969  SSU ribosomal protein S3P  54.5 
 
 		 277 aa  234  8e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.530475  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17100  SSU ribosomal protein S3P  55.56 
 
 		 272 aa  234  1.0000000000000001e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0525637  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2681  ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 276 aa  233  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0137  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000151619  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0116  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000978645  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 224 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0116  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000111227  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0112  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.8436400000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0110  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135438  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5189  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000094199  unclonable  1.62141e-25 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 224 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0116  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000165133  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  54.98 
 
 		 224 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0128  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.11451e-61 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  55.19 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0147  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000084584  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0111  30S ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 219 aa  232  3e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000062196  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  54.72 
 
 		 218 aa  232  4.0000000000000004e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  54.72 
 
 		 220 aa  231  5e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  54.03 
 
 		 219 aa  231  5e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4309  ribosomal protein S3  54.25 
 
 		 288 aa  231  6e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395435  hitchhiker  0.00385634 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3917  ribosomal protein S3  54.25 
 
 		 288 aa  231  7.000000000000001e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0987  ribosomal protein S3  53.77 
 
 		 245 aa  231  8.000000000000001e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.499926  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  54.03 
 
 		 249 aa  231  9e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29680  SSU ribosomal protein S3P  52.7 
 
 		 276 aa  230  1e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.778759 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1901  30S ribosomal protein S3  53.08 
 
 		 217 aa  230  1e-59  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.563087  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3661  ribosomal protein S3  51.18 
 
 		 219 aa  229  2e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178065  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1155  ribosomal protein S3  55.61 
 
 		 236 aa  229  3e-59  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000113812  hitchhiker  0.0000354115 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 222 aa  229  3e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2271  30S ribosomal protein S3  53.08 
 
 		 217 aa  228  7e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000428524  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2312  30S ribosomal protein S3  53.08 
 
 		 217 aa  228  7e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000168649  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2327  30S ribosomal protein S3  54.03 
 
 		 227 aa  228  7e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000359117  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1825  30S ribosomal protein S3  52.61 
 
 		 217 aa  228  8e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.652235  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0593  ribosomal protein S3  53.15 
 
 		 271 aa  227  9e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.122908  normal  0.632593 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  53.55 
 
 		 224 aa  227  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0064  30S ribosomal protein S3  52.13 
 
 		 217 aa  226  2e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00697995  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  52.13 
 
 		 223 aa  226  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  53.08 
 
 		 223 aa  226  2e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2396  30S ribosomal protein S3  52.61 
 
 		 217 aa  226  2e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0132783  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0633  ribosomal protein S3  52.7 
 
 		 279 aa  225  5.0000000000000005e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  53.08 
 
 		 220 aa  224  9e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  50.47 
 
 		 226 aa  223  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  53.55 
 
 		 233 aa  224  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  53.08 
 
 		 228 aa  223  1e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  51.89 
 
 		 223 aa  223  2e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  52.83 
 
 		 244 aa  223  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  50.24 
 
 		 275 aa  222  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122787  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  52.61 
 
 		 225 aa  222  3e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  53.08 
 
 		 262 aa  222  4e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>