More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2972 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 225 aa  453  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  89.33 
 
 		 225 aa  420  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  78.73 
 
 		 223 aa  365  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  77.48 
 
 		 252 aa  359  2e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  79.55 
 
 		 231 aa  358  3e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  78.73 
 
 		 232 aa  358  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  78.73 
 
 		 232 aa  358  5e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  77.93 
 
 		 235 aa  357  7e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  78.28 
 
 		 236 aa  357  8e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  78.28 
 
 		 232 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  77.83 
 
 		 236 aa  356  1.9999999999999998e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  78.18 
 
 		 231 aa  354  7.999999999999999e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  75.23 
 
 		 239 aa  352  2e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  73.78 
 
 		 236 aa  352  2.9999999999999997e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  75.11 
 
 		 241 aa  352  4e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  73.33 
 
 		 236 aa  351  4e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  73.33 
 
 		 236 aa  351  4e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  75.23 
 
 		 252 aa  352  4e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  72.89 
 
 		 237 aa  349  2e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  76.26 
 
 		 251 aa  349  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  75.8 
 
 		 248 aa  348  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  75.34 
 
 		 248 aa  348  3e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  75.34 
 
 		 248 aa  348  3e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  74.89 
 
 		 248 aa  348  4e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  73.54 
 
 		 235 aa  345  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  72 
 
 		 243 aa  344  8e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  75.11 
 
 		 249 aa  343  1e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  72 
 
 		 243 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  70.78 
 
 		 236 aa  339  2e-92  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  70.78 
 
 		 236 aa  339  2e-92  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1347  30S ribosomal protein S3  71.95 
 
 		 231 aa  332  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  69.47 
 
 		 234 aa  330  8e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  73.73 
 
 		 235 aa  330  1e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1846  30S ribosomal protein S3  72.43 
 
 		 226 aa  327  6e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00843492  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  71.95 
 
 		 240 aa  324  5e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  71.95 
 
 		 231 aa  324  7e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 		 239 aa  317  9e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 		 238 aa  316  2e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 		 238 aa  316  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2528  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 		 238 aa  315  4e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0288  30S ribosomal protein S3  68.33 
 
 		 240 aa  313  9.999999999999999e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0591  30S ribosomal protein S3  65.24 
 
 		 247 aa  306  2.0000000000000002e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  66.67 
 
 		 211 aa  305  3e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  64.76 
 
 		 210 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  65.7 
 
 		 211 aa  303  1.0000000000000001e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  63.29 
 
 		 210 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 		 210 aa  301  6.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 211 aa  300  1e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 211 aa  299  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  67.15 
 
 		 210 aa  299  2e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  61.64 
 
 		 256 aa  297  9e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  64.25 
 
 		 210 aa  297  1e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  62.39 
 
 		 244 aa  294  6e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  64.29 
 
 		 236 aa  292  3e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  65.7 
 
 		 228 aa  290  9e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  65.7 
 
 		 220 aa  290  1e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  62.39 
 
 		 230 aa  289  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  66.83 
 
 		 223 aa  288  4e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0773  30S ribosomal protein S3  61.71 
 
 		 286 aa  288  5.0000000000000004e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000686898  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  62.39 
 
 		 244 aa  288  6e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  63.51 
 
 		 295 aa  286  2e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  62.62 
 
 		 219 aa  285  4e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  62.91 
 
 		 308 aa  285  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3993  30S ribosomal protein S3  63.81 
 
 		 285 aa  285  5.999999999999999e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000371657 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0343  ribosomal protein S3  61.33 
 
 		 227 aa  284  5.999999999999999e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000438385  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1848  SSU ribosomal protein S3P  61.33 
 
 		 227 aa  284  5.999999999999999e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00165537  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  63.23 
 
 		 226 aa  284  7e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  62.39 
 
 		 229 aa  284  9e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3753  30S ribosomal protein S3  62.83 
 
 		 230 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131663  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  59.91 
 
 		 224 aa  283  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  62.39 
 
 		 230 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  60.99 
 
 		 261 aa  283  1.0000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 275 aa  284  1.0000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000192317  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  64.73 
 
 		 219 aa  283  1.0000000000000001e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 		 301 aa  283  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  59.91 
 
 		 224 aa  283  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 271 aa  283  1.0000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000000180668  hitchhiker  1.0517300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  62.1 
 
 		 232 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  62.39 
 
 		 230 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  62.39 
 
 		 230 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0464  30S ribosomal protein S3  63.56 
 
 		 226 aa  283  1.0000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  62.39 
 
 		 230 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0206  30S ribosomal protein S3  62.83 
 
 		 230 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000455667  unclonable  0.00000997439 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4050  30S ribosomal protein S3  62.83 
 
 		 230 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000595874  unclonable  0.00000000000714498 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  61.71 
 
 		 234 aa  282  2.0000000000000002e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  59.91 
 
 		 224 aa  283  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  61.95 
 
 		 229 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  63.81 
 
 		 299 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4164  30S ribosomal protein S3  62.83 
 
 		 230 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278564  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  62.83 
 
 		 230 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0279  30S ribosomal protein S3  62.44 
 
 		 288 aa  282  3.0000000000000004e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000626052  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0284  30S ribosomal protein S3  62.44 
 
 		 288 aa  282  3.0000000000000004e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128971  hitchhiker  0.0000000454249 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1270  30S ribosomal protein S3  62.91 
 
 		 294 aa  281  5.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00251085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  58.9 
 
 		 224 aa  281  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0397  30S ribosomal protein S3  62.44 
 
 		 290 aa  281  8.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3789  30S ribosomal protein S3  62.44 
 
 		 298 aa  280  1e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.461405  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0320  30S ribosomal protein S3  59.47 
 
 		 268 aa  280  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000941491  decreased coverage  0.00272793 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0344  30S ribosomal protein S3  61.97 
 
 		 293 aa  279  2e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.212701  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  60.62 
 
 		 230 aa  280  2e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 		 233 aa  280  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>