More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_1620 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 249 aa  499  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  77.63 
 
 		 252 aa  370  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  72.65 
 
 		 235 aa  364  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  73.08 
 
 		 236 aa  363  2e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  73.08 
 
 		 236 aa  363  2e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  78.18 
 
 		 232 aa  362  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  76.79 
 
 		 235 aa  362  2e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  73.08 
 
 		 236 aa  363  2e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  76.58 
 
 		 239 aa  362  3e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  75.34 
 
 		 237 aa  360  1e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  77.73 
 
 		 232 aa  360  1e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  73.33 
 
 		 236 aa  360  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  77.27 
 
 		 232 aa  358  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  74.77 
 
 		 243 aa  356  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  74.77 
 
 		 243 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  76.82 
 
 		 231 aa  357  9.999999999999999e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  75.45 
 
 		 241 aa  357  9.999999999999999e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  76.82 
 
 		 231 aa  356  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  74.03 
 
 		 240 aa  354  5.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  77.98 
 
 		 223 aa  353  2e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  74.31 
 
 		 248 aa  352  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 		 236 aa  352  4e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  74.31 
 
 		 248 aa  352  4e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 		 236 aa  352  4e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  74.31 
 
 		 248 aa  352  4e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  74.77 
 
 		 248 aa  351  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  75.23 
 
 		 236 aa  351  5.9999999999999994e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  70.29 
 
 		 239 aa  350  1e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  72.52 
 
 		 252 aa  349  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  73.85 
 
 		 251 aa  349  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  74.31 
 
 		 238 aa  344  6e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  74.31 
 
 		 238 aa  344  6e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  69.96 
 
 		 234 aa  342  2e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2528  30S ribosomal protein S3  73.39 
 
 		 238 aa  342  5e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  75.11 
 
 		 225 aa  341  5.999999999999999e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1846  30S ribosomal protein S3  75 
 
 		 226 aa  341  7e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00843492  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0288  30S ribosomal protein S3  70.91 
 
 		 240 aa  340  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  74.67 
 
 		 225 aa  338  2.9999999999999998e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0591  30S ribosomal protein S3  66.53 
 
 		 247 aa  334  5.999999999999999e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  66.67 
 
 		 235 aa  331  6e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1347  30S ribosomal protein S3  67.4 
 
 		 231 aa  323  1e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  66.96 
 
 		 231 aa  319  1.9999999999999998e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  63.31 
 
 		 244 aa  317  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  70.67 
 
 		 211 aa  311  4.999999999999999e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  69.86 
 
 		 210 aa  310  1e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  62.6 
 
 		 244 aa  310  2e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 		 211 aa  308  5.9999999999999995e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  68.75 
 
 		 211 aa  307  9e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  68.75 
 
 		 210 aa  306  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  67.3 
 
 		 210 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  68.75 
 
 		 211 aa  306  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 		 210 aa  305  5.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  67.31 
 
 		 210 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  67.62 
 
 		 223 aa  296  1e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  63.76 
 
 		 256 aa  295  6e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  65.58 
 
 		 226 aa  292  4e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  63.55 
 
 		 224 aa  291  6e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  63.55 
 
 		 224 aa  291  6e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  61.04 
 
 		 237 aa  291  6e-78  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  63.55 
 
 		 224 aa  290  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 236 aa  290  2e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  66.83 
 
 		 226 aa  288  5.0000000000000004e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  61.33 
 
 		 224 aa  288  5.0000000000000004e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0329  ribosomal protein S3  66.82 
 
 		 224 aa  288  6e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000625588  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 221 aa  288  6e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2075  30S ribosomal protein S3  63.72 
 
 		 233 aa  288  8e-77  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000597186  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  58.61 
 
 		 295 aa  286  2e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1869  30S ribosomal protein S3  60.41 
 
 		 233 aa  286  2e-76  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.437759  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1698  30S ribosomal protein S3  60.41 
 
 		 233 aa  286  2e-76  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000141955  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  64.02 
 
 		 228 aa  286  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1848  SSU ribosomal protein S3P  64.49 
 
 		 227 aa  286  2.9999999999999996e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00165537  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0320  30S ribosomal protein S3  59.56 
 
 		 268 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000941491  decreased coverage  0.00272793 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0343  ribosomal protein S3  64.49 
 
 		 227 aa  286  2.9999999999999996e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000438385  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  64.06 
 
 		 229 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  62.98 
 
 		 275 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000192317  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  62.98 
 
 		 271 aa  285  4e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000000180668  hitchhiker  1.0517300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3453  30S ribosomal protein S3  59.11 
 
 		 266 aa  285  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000212964  decreased coverage  0.00445176 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0333  30S ribosomal protein S3  59.11 
 
 		 266 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000255455  normal  0.0226177 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2753  30S ribosomal protein S3  59.11 
 
 		 266 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000356119  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0282  30S ribosomal protein S3  59.11 
 
 		 266 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000274054  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0273  30S ribosomal protein S3  59.11 
 
 		 266 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00291944  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0354  30S ribosomal protein S3  59.11 
 
 		 266 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000020511  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  66.51 
 
 		 228 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3638  30S ribosomal protein S3  59.11 
 
 		 268 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000231617  hitchhiker  0.0000000000213568 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0773  30S ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 286 aa  284  7e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000686898  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  66.51 
 
 		 220 aa  284  7e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  63.08 
 
 		 219 aa  284  8e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 		 233 aa  284  9e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3291  30S ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 262 aa  284  9e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000159884  hitchhiker  0.00000252184 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0065  30S ribosomal protein S3  58.78 
 
 		 233 aa  284  1.0000000000000001e-75  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00223028  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  61.88 
 
 		 223 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3013  30S ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 264 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000335081  decreased coverage  0.002387 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2944  30S ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 264 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.012288  decreased coverage  0.000000133007 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 228 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3311  30S ribosomal protein S3  63.46 
 
 		 265 aa  283  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000058787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2834  30S ribosomal protein S3  59.11 
 
 		 264 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000988121  normal  0.306449 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 		 233 aa  283  1.0000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 		 230 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  65.55 
 
 		 229 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  62.02 
 
 		 234 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>