More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0992 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 237 aa  484  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  93.81 
 
 		 243 aa  441  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  94.25 
 
 		 243 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  86.08 
 
 		 236 aa  426  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  86.08 
 
 		 236 aa  426  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1846  30S ribosomal protein S3  94.91 
 
 		 226 aa  424  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00843492  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  85.65 
 
 		 236 aa  425  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  84.81 
 
 		 235 aa  419  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  81.36 
 
 		 236 aa  411  1e-114  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  81.36 
 
 		 236 aa  411  1e-114  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  78.06 
 
 		 235 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  80 
 
 		 232 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  77.25 
 
 		 236 aa  380  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  81.45 
 
 		 236 aa  380  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  79.56 
 
 		 232 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  79.11 
 
 		 232 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  78.03 
 
 		 252 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  78.12 
 
 		 239 aa  380  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  78.54 
 
 		 248 aa  374  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  76.79 
 
 		 241 aa  376  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  78.22 
 
 		 231 aa  376  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  77.33 
 
 		 231 aa  374  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  78.54 
 
 		 248 aa  374  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  79 
 
 		 248 aa  375  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  76.71 
 
 		 251 aa  367  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  76.02 
 
 		 252 aa  368  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  76.71 
 
 		 248 aa  368  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  75.45 
 
 		 240 aa  361  4e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  75.34 
 
 		 249 aa  360  9e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  72.03 
 
 		 239 aa  358  4e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  73.78 
 
 		 234 aa  358  5e-98  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  75.22 
 
 		 235 aa  357  7e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  74.32 
 
 		 238 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2528  30S ribosomal protein S3  74.32 
 
 		 238 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  74.32 
 
 		 238 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  73.89 
 
 		 223 aa  355  2.9999999999999997e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0288  30S ribosomal protein S3  74.66 
 
 		 240 aa  355  2.9999999999999997e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0591  30S ribosomal protein S3  70.2 
 
 		 247 aa  355  5e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1347  30S ribosomal protein S3  72.12 
 
 		 231 aa  353  1e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  72.44 
 
 		 225 aa  348  4e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  72.89 
 
 		 225 aa  348  5e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  72.57 
 
 		 231 aa  345  3e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  69.86 
 
 		 210 aa  312  3.9999999999999997e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  62.45 
 
 		 256 aa  303  1.0000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 211 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 		 210 aa  301  5.000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  65.07 
 
 		 229 aa  300  9e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  65.55 
 
 		 229 aa  300  9e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 211 aa  300  1e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  60.85 
 
 		 232 aa  300  1e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  64.93 
 
 		 210 aa  300  2e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  63.3 
 
 		 244 aa  299  3e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  298  4e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 275 aa  298  4e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000192317  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  298  7e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 		 210 aa  298  7e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 271 aa  298  7e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000000180668  hitchhiker  1.0517300000000001e-18 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 		 233 aa  296  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 		 233 aa  296  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 		 210 aa  296  2e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 		 230 aa  296  2e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3753  30S ribosomal protein S3  64.11 
 
 		 230 aa  296  2e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  64.11 
 
 		 230 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 211 aa  296  2e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 236 aa  296  2e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0206  30S ribosomal protein S3  64.11 
 
 		 230 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000455667  unclonable  0.00000997439 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 		 230 aa  296  2e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 		 230 aa  296  2e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4164  30S ribosomal protein S3  64.11 
 
 		 230 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278564  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4050  30S ribosomal protein S3  64.11 
 
 		 230 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000595874  unclonable  0.00000000000714498 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 		 230 aa  296  2e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  63.16 
 
 		 230 aa  296  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  60.27 
 
 		 244 aa  295  3e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 211 aa  295  4e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 		 232 aa  294  7e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 		 232 aa  294  7e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 		 232 aa  294  7e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 		 232 aa  294  7e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 		 228 aa  293  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 		 229 aa  292  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  64.19 
 
 		 232 aa  293  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 		 295 aa  292  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 228 aa  293  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 		 228 aa  291  5e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  64.9 
 
 		 228 aa  291  5e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>