More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1846 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1846  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 226 aa  462  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00843492  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  94.86 
 
 		 237 aa  420  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  92.56 
 
 		 243 aa  417  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  92.09 
 
 		 243 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  84.51 
 
 		 236 aa  404  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  84.96 
 
 		 236 aa  405  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  84.96 
 
 		 236 aa  405  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  83.19 
 
 		 235 aa  395  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  79.11 
 
 		 236 aa  386  1e-106  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  79.11 
 
 		 236 aa  386  1e-106  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  82.86 
 
 		 236 aa  367  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  76.55 
 
 		 235 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  77.93 
 
 		 252 aa  362  4e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  76.11 
 
 		 232 aa  361  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  75.68 
 
 		 236 aa  360  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  78.77 
 
 		 239 aa  359  2e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  75.66 
 
 		 232 aa  359  2e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  78.3 
 
 		 241 aa  358  3e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  74.34 
 
 		 231 aa  358  4e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  75.22 
 
 		 232 aa  357  8e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  78.85 
 
 		 248 aa  356  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  78.37 
 
 		 248 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  78.37 
 
 		 248 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  73.01 
 
 		 231 aa  353  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  76.92 
 
 		 248 aa  350  8e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  75.71 
 
 		 252 aa  348  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  76.44 
 
 		 251 aa  347  7e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  75.81 
 
 		 235 aa  343  2e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  76.33 
 
 		 249 aa  342  2.9999999999999997e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  72.89 
 
 		 239 aa  341  5.999999999999999e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  74.88 
 
 		 240 aa  341  7e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  73.61 
 
 		 238 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  73.61 
 
 		 238 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0288  30S ribosomal protein S3  75.24 
 
 		 240 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1347  30S ribosomal protein S3  73.02 
 
 		 231 aa  338  4e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2528  30S ribosomal protein S3  73.15 
 
 		 238 aa  338  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  73.56 
 
 		 223 aa  333  1e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  72.43 
 
 		 234 aa  333  1e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  72.43 
 
 		 225 aa  330  1e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0591  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 		 247 aa  330  2e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  72.43 
 
 		 225 aa  328  5.0000000000000004e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  72.09 
 
 		 231 aa  328  5.0000000000000004e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  68.69 
 
 		 210 aa  292  3e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  60.63 
 
 		 244 aa  287  1e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  64.73 
 
 		 244 aa  287  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  63.81 
 
 		 256 aa  284  8e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 211 aa  281  8.000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  280  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  280  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  62.02 
 
 		 232 aa  279  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  64.14 
 
 		 229 aa  279  2e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 210 aa  279  2e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  64.47 
 
 		 211 aa  278  4e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  58.64 
 
 		 236 aa  278  4e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  62.63 
 
 		 229 aa  278  4e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  64.47 
 
 		 233 aa  278  6e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  64.47 
 
 		 233 aa  278  6e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  63.13 
 
 		 230 aa  278  7e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  63.13 
 
 		 230 aa  278  7e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  63.13 
 
 		 230 aa  278  7e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  63.13 
 
 		 230 aa  278  7e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  63.96 
 
 		 232 aa  276  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 210 aa  276  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  62.63 
 
 		 229 aa  276  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  59.38 
 
 		 232 aa  276  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  62.12 
 
 		 230 aa  276  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  63.96 
 
 		 232 aa  276  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  62.94 
 
 		 210 aa  275  3e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  61.81 
 
 		 223 aa  275  3e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  63.96 
 
 		 232 aa  276  3e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  63.96 
 
 		 232 aa  276  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  62.44 
 
 		 231 aa  275  4e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  62.63 
 
 		 229 aa  275  5e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  62.94 
 
 		 211 aa  274  6e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  62.12 
 
 		 229 aa  274  8e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  64.97 
 
 		 210 aa  274  8e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  62.63 
 
 		 229 aa  274  8e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3753  30S ribosomal protein S3  61.62 
 
 		 230 aa  274  9e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  61.62 
 
 		 230 aa  274  9e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4050  30S ribosomal protein S3  61.62 
 
 		 230 aa  274  9e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000595874  unclonable  0.00000000000714498 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0206  30S ribosomal protein S3  61.62 
 
 		 230 aa  274  9e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000455667  unclonable  0.00000997439 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4164  30S ribosomal protein S3  61.62 
 
 		 230 aa  274  9e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278564  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  62.94 
 
 		 211 aa  274  9e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0334  ribosomal protein S3  60.66 
 
 		 233 aa  274  9e-73  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.385043  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  64.47 
 
 		 226 aa  273  1.0000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>