More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0255 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 239 aa  486  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  88.7 
 
 		 240 aa  427  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0288  30S ribosomal protein S3  90.18 
 
 		 240 aa  419  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2528  30S ribosomal protein S3  84.44 
 
 		 238 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  83.11 
 
 		 238 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  83.11 
 
 		 238 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0591  30S ribosomal protein S3  81.78 
 
 		 247 aa  395  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  70.76 
 
 		 236 aa  358  3e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  70.76 
 
 		 236 aa  358  4e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  70.76 
 
 		 236 aa  358  4e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  75.11 
 
 		 237 aa  357  9.999999999999999e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  73.25 
 
 		 243 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  73.25 
 
 		 243 aa  355  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  73.76 
 
 		 235 aa  354  6.999999999999999e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  70.31 
 
 		 252 aa  348  4e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  74.21 
 
 		 236 aa  348  5e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  70.74 
 
 		 235 aa  345  5e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  70.93 
 
 		 249 aa  344  8e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  71.62 
 
 		 232 aa  343  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  71.18 
 
 		 232 aa  342  2e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  69.41 
 
 		 236 aa  342  4e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  69.41 
 
 		 236 aa  342  4e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  71.95 
 
 		 236 aa  342  4e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  72.94 
 
 		 231 aa  341  5e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  71.49 
 
 		 223 aa  341  5e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  70.74 
 
 		 232 aa  340  9e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1846  30S ribosomal protein S3  75.71 
 
 		 226 aa  339  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00843492  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  72.02 
 
 		 231 aa  339  2.9999999999999998e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  71.17 
 
 		 241 aa  337  7e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  71.95 
 
 		 239 aa  337  8e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  70 
 
 		 248 aa  336  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  70 
 
 		 248 aa  336  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  70 
 
 		 248 aa  336  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  70.59 
 
 		 234 aa  335  5e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  68.78 
 
 		 252 aa  334  7.999999999999999e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  69.55 
 
 		 248 aa  334  9e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  70.51 
 
 		 235 aa  332  3e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  68.64 
 
 		 251 aa  330  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1347  30S ribosomal protein S3  68.61 
 
 		 231 aa  330  2e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  68.16 
 
 		 231 aa  328  6e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 		 225 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 		 225 aa  317  1e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  63.07 
 
 		 244 aa  308  4e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  61.41 
 
 		 244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  61.64 
 
 		 232 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  66.99 
 
 		 210 aa  301  6.000000000000001e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0343  ribosomal protein S3  62.95 
 
 		 227 aa  300  1e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000438385  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1848  SSU ribosomal protein S3P  62.95 
 
 		 227 aa  300  1e-80  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00165537  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  66.82 
 
 		 232 aa  298  5e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  67.31 
 
 		 233 aa  298  5e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  63 
 
 		 230 aa  298  5e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  67.31 
 
 		 233 aa  298  7e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  63.44 
 
 		 232 aa  298  7e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  63.44 
 
 		 232 aa  298  7e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  64.25 
 
 		 229 aa  298  7e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  63.44 
 
 		 232 aa  298  7e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  66.36 
 
 		 232 aa  297  1e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  63.44 
 
 		 232 aa  296  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  66.83 
 
 		 233 aa  294  7e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  66.83 
 
 		 233 aa  294  7e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  66.03 
 
 		 228 aa  293  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  66.03 
 
 		 220 aa  293  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3753  30S ribosomal protein S3  62.11 
 
 		 230 aa  293  2e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131663  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  62.83 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  61.67 
 
 		 230 aa  293  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4050  30S ribosomal protein S3  62.11 
 
 		 230 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000595874  unclonable  0.00000000000714498 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0206  30S ribosomal protein S3  62.11 
 
 		 230 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000455667  unclonable  0.00000997439 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4164  30S ribosomal protein S3  62.11 
 
 		 230 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278564  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  61.67 
 
 		 230 aa  293  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  61.67 
 
 		 230 aa  293  2e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  65.07 
 
 		 229 aa  293  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  62.11 
 
 		 230 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  61.67 
 
 		 230 aa  293  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  61.06 
 
 		 229 aa  292  4e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  61.06 
 
 		 229 aa  292  4e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  56.05 
 
 		 301 aa  292  4e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 228 aa  291  7e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  60.62 
 
 		 229 aa  291  8e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  61.47 
 
 		 229 aa  291  8e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  61.37 
 
 		 235 aa  290  1e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  62.44 
 
 		 261 aa  290  2e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  55.47 
 
 		 295 aa  290  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  62.28 
 
 		 230 aa  290  2e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 		 211 aa  289  3e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  62.73 
 
 		 228 aa  289  3e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>