More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3999 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  100 
 
 		 223 aa  461  1e-129  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  79.81 
 
 		 224 aa  359  2e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  79.81 
 
 		 224 aa  359  2e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  78.77 
 
 		 224 aa  359  2e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  74.55 
 
 		 224 aa  351  5e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  71.63 
 
 		 211 aa  325  2.0000000000000001e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  71.09 
 
 		 211 aa  324  5e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  72.46 
 
 		 210 aa  324  7e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  70.62 
 
 		 211 aa  322  2e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  71.5 
 
 		 210 aa  322  3e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  70.19 
 
 		 211 aa  320  9.999999999999999e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  69.23 
 
 		 210 aa  318  6e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  70.19 
 
 		 210 aa  317  9e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  63.94 
 
 		 233 aa  295  5e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  61.84 
 
 		 210 aa  288  4e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  59.28 
 
 		 223 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  60.65 
 
 		 219 aa  283  2.0000000000000002e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  60.58 
 
 		 249 aa  279  3e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  61.35 
 
 		 225 aa  278  5e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  57.59 
 
 		 221 aa  277  1e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 219 aa  275  3e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1232  SSU ribosomal protein S3P  58.8 
 
 		 223 aa  273  1.0000000000000001e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855016 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 216 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  59.13 
 
 		 244 aa  271  4.0000000000000004e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  56.31 
 
 		 252 aa  272  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  58.33 
 
 		 220 aa  271  5.000000000000001e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 236 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  60.58 
 
 		 236 aa  270  1e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0200  SSU ribosomal protein S3P  59.13 
 
 		 229 aa  270  1e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0421793  normal  0.0820646 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 262 aa  269  2e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  55.41 
 
 		 256 aa  269  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  60.58 
 
 		 240 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  61.35 
 
 		 220 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  61.35 
 
 		 228 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  57.67 
 
 		 218 aa  268  2.9999999999999997e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 235 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  58.45 
 
 		 225 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  55 
 
 		 237 aa  268  4e-71  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 241 aa  268  4e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 232 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  59.33 
 
 		 214 aa  268  5e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 236 aa  267  7e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  55.81 
 
 		 218 aa  268  7e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 236 aa  267  7e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  59.13 
 
 		 235 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  55.51 
 
 		 231 aa  267  8.999999999999999e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 236 aa  267  8.999999999999999e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4020  ribosomal protein S3  54.34 
 
 		 260 aa  267  8.999999999999999e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.251089  hitchhiker  0.00000649383 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09940  SSU ribosomal protein S3P  56.73 
 
 		 235 aa  267  1e-70  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.257564  hitchhiker  0.00000258289 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  54.94 
 
 		 236 aa  267  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0773  30S ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 286 aa  267  1e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000686898  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  59.13 
 
 		 232 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  55.35 
 
 		 218 aa  266  2e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  59.33 
 
 		 220 aa  266  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  59.13 
 
 		 232 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 231 aa  266  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  56.25 
 
 		 243 aa  266  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  56.25 
 
 		 243 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  55.98 
 
 		 226 aa  265  4e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  55.41 
 
 		 239 aa  265  5e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  55.07 
 
 		 239 aa  265  5e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  59.24 
 
 		 223 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  56.94 
 
 		 222 aa  264  7e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000320467  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  55.77 
 
 		 236 aa  263  1e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 261 aa  263  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 234 aa  263  1e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  55.61 
 
 		 223 aa  263  1e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  56.36 
 
 		 248 aa  263  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 248 aa  264  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  56.36 
 
 		 248 aa  263  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  55.77 
 
 		 236 aa  263  1e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  59.13 
 
 		 299 aa  263  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  55.86 
 
 		 228 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  56.73 
 
 		 237 aa  263  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0297  30S ribosomal protein S3  56.36 
 
 		 222 aa  262  3e-69  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.5955900000000001e-28 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  60.58 
 
 		 226 aa  262  3e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3993  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 285 aa  262  4e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000371657 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2708  30S ribosomal protein S3  54.13 
 
 		 222 aa  261  4e-69  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2393  30S ribosomal protein S3  54.13 
 
 		 222 aa  261  4e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0427  30S ribosomal protein S3  56.89 
 
 		 232 aa  261  4.999999999999999e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159032  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2528  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 238 aa  261  4.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 248 aa  261  6e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0588  30S ribosomal protein S3  54.17 
 
 		 315 aa  261  8e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  56.73 
 
 		 234 aa  260  8.999999999999999e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1825  30S ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 217 aa  260  1e-68  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.652235  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  54.05 
 
 		 252 aa  260  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0288  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 240 aa  260  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  59.13 
 
 		 238 aa  260  1e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 251 aa  260  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0312  30S ribosomal protein S3  53.55 
 
 		 341 aa  260  1e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00243469 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 308 aa  260  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  59.13 
 
 		 238 aa  260  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  56.31 
 
 		 228 aa  259  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  55.34 
 
 		 278 aa  259  2e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  56.31 
 
 		 228 aa  259  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0329  ribosomal protein S3  58.22 
 
 		 224 aa  259  2e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000625588  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 221 aa  259  3e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000095133  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  55.41 
 
 		 233 aa  259  3e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  55.91 
 
 		 244 aa  259  3e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2312  30S ribosomal protein S3  53.81 
 
 		 217 aa  259  3e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000168649  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>