More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_23410 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  100 
 
 
244 aa  488  1e-137  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  87.95 
 
 
237 aa  407  1e-113  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09940  SSU ribosomal protein S3P  81.9 
 
 
235 aa  382  1e-105  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.257564  hitchhiker  0.00000258289 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1155  ribosomal protein S3  76.79 
 
 
236 aa  351  5e-96  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000113812  hitchhiker  0.0000354115 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
210 aa  288  5.0000000000000004e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  66.82 
 
 
211 aa  287  1e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  66.82 
 
 
211 aa  285  2.9999999999999996e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  65.07 
 
 
210 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  66.03 
 
 
210 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  65.4 
 
 
211 aa  281  7.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  64.56 
 
 
278 aa  280  1e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1092  SSU ribosomal protein S3P  65.37 
 
 
288 aa  280  1e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  65.4 
 
 
211 aa  280  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4315  ribosomal protein S3  64.39 
 
 
272 aa  279  2e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2640  30S ribosomal protein S3  63.9 
 
 
270 aa  278  4e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.659159  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0694  ribosomal protein S3  56.22 
 
 
282 aa  277  1e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5130  ribosomal protein S3  63.9 
 
 
268 aa  277  1e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.805435 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  58.2 
 
 
275 aa  277  1e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  60.28 
 
 
219 aa  275  5e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3899  30S ribosomal protein S3  63.59 
 
 
278 aa  274  1.0000000000000001e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  63.46 
 
 
210 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0312  30S ribosomal protein S3  61.24 
 
 
341 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00243469 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  59.57 
 
 
230 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  58.41 
 
 
224 aa  272  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  58.48 
 
 
224 aa  273  3e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  58.48 
 
 
224 aa  273  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  55.95 
 
 
223 aa  272  3e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3429  ribosomal protein S3  62.86 
 
 
268 aa  272  4.0000000000000004e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  60.7 
 
 
232 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3917  ribosomal protein S3  58.02 
 
 
288 aa  271  5.000000000000001e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4309  ribosomal protein S3  58.02 
 
 
288 aa  271  6e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395435  hitchhiker  0.00385634 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6043  30S ribosomal protein S3  61.84 
 
 
325 aa  271  6e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.80949  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  60.26 
 
 
232 aa  271  9e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3752  ribosomal protein S3  61.9 
 
 
272 aa  270  1e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.40456  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4501  ribosomal protein S3  60.73 
 
 
308 aa  270  1e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  62.33 
 
 
248 aa  270  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  63.46 
 
 
233 aa  270  1e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  61.54 
 
 
219 aa  270  2e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  60.26 
 
 
232 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  58.77 
 
 
231 aa  269  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10721  30S ribosomal protein S3  60.95 
 
 
274 aa  269  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.680794  normal  0.235718 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5043  30S ribosomal protein S3  61.79 
 
 
278 aa  269  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.084323  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  62.33 
 
 
252 aa  268  4e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  59.05 
 
 
235 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  62.14 
 
 
279 aa  268  5e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  61.86 
 
 
251 aa  268  5e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04040  SSU ribosomal protein S3P  60 
 
 
286 aa  268  5.9999999999999995e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1046  30S ribosomal protein S3  58.7 
 
 
287 aa  268  8e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1019  30S ribosomal protein S3  58.7 
 
 
287 aa  268  8e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  62.33 
 
 
239 aa  268  8e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1036  30S ribosomal protein S3  58.7 
 
 
287 aa  268  8e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.261714  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  57.59 
 
 
224 aa  268  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  61.4 
 
 
236 aa  267  8.999999999999999e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2681  ribosomal protein S3  56.07 
 
 
276 aa  268  8.999999999999999e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0588  30S ribosomal protein S3  60.39 
 
 
315 aa  267  1e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  59.65 
 
 
231 aa  267  1e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1311  30S ribosomal protein S3  60.95 
 
 
280 aa  267  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.119681 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29680  SSU ribosomal protein S3P  55.28 
 
 
276 aa  266  2e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.778759 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3137  ribosomal protein S3  60.66 
 
 
258 aa  266  2e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  59.81 
 
 
223 aa  266  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  60.93 
 
 
248 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  60.93 
 
 
241 aa  266  2.9999999999999995e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  60.93 
 
 
248 aa  265  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  60.93 
 
 
248 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  55.41 
 
 
236 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  60.87 
 
 
210 aa  265  2.9999999999999995e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  55.41 
 
 
236 aa  265  4e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  55.41 
 
 
236 aa  265  4e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  62.02 
 
 
236 aa  265  4e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  60.47 
 
 
252 aa  265  5e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  58.7 
 
 
230 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4164  30S ribosomal protein S3  58.7 
 
 
230 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278564  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0206  30S ribosomal protein S3  58.7 
 
 
230 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000455667  unclonable  0.00000997439 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4050  30S ribosomal protein S3  58.7 
 
 
230 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000595874  unclonable  0.00000000000714498 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3753  30S ribosomal protein S3  58.7 
 
 
230 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131663  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  58.11 
 
 
223 aa  264  8e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  60.73 
 
 
229 aa  264  1e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  56.6 
 
 
244 aa  263  3e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  60.93 
 
 
229 aa  262  3e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  56.89 
 
 
225 aa  262  3e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  56.47 
 
 
232 aa  262  4e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  56.47 
 
 
232 aa  262  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  56.47 
 
 
232 aa  262  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  57.39 
 
 
230 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  52.56 
 
 
236 aa  262  4.999999999999999e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  52.56 
 
 
236 aa  262  4.999999999999999e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  57.39 
 
 
230 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  57.39 
 
 
230 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  61.06 
 
 
249 aa  262  4.999999999999999e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  57.39 
 
 
230 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  56.44 
 
 
225 aa  261  6e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  56.12 
 
 
233 aa  261  6e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0666  30S ribosomal protein S3  60.39 
 
 
213 aa  261  6e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00146093  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0937  30S ribosomal protein S3  60.19 
 
 
292 aa  261  6e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0855011  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  56.12 
 
 
233 aa  261  6e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  55.7 
 
 
233 aa  261  6.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  56.47 
 
 
232 aa  261  6.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  61.43 
 
 
229 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  55.7 
 
 
233 aa  261  8.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1232  SSU ribosomal protein S3P  57.66 
 
 
223 aa  261  8.999999999999999e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855016 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>