More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0593 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0593  ribosomal protein S3  100 
 
 		 271 aa  543  1e-153  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.122908  normal  0.632593 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29680  SSU ribosomal protein S3P  93.5 
 
 		 276 aa  454  1e-127  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.778759 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0633  ribosomal protein S3  94.35 
 
 		 279 aa  438  9.999999999999999e-123  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2653  ribosomal protein S3  82.97 
 
 		 276 aa  430  1e-119  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3137  ribosomal protein S3  88.8 
 
 		 258 aa  426  1e-118  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0694  ribosomal protein S3  78.62 
 
 		 282 aa  414  9.999999999999999e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2969  SSU ribosomal protein S3P  84.39 
 
 		 277 aa  406  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.530475  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23750  SSU ribosomal protein S3P  83.13 
 
 		 280 aa  395  1e-109  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.167158  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2681  ribosomal protein S3  83.47 
 
 		 276 aa  397  1e-109  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20810  SSU ribosomal protein S3P  84.07 
 
 		 276 aa  388  1e-107  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17100  SSU ribosomal protein S3P  83.49 
 
 		 272 aa  372  1e-102  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0525637  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0260  ribosomal protein S3  78.48 
 
 		 272 aa  368  1e-101  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1713  30S ribosomal protein S3  78.92 
 
 		 267 aa  369  1e-101  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3917  ribosomal protein S3  74.41 
 
 		 288 aa  368  1e-101  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4501  ribosomal protein S3  84.04 
 
 		 308 aa  367  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4309  ribosomal protein S3  74.02 
 
 		 288 aa  367  1e-100  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395435  hitchhiker  0.00385634 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0937  30S ribosomal protein S3  76.69 
 
 		 292 aa  365  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0855011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0312  30S ribosomal protein S3  71.81 
 
 		 341 aa  363  2e-99  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00243469 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4315  ribosomal protein S3  81.9 
 
 		 272 aa  361  8e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  81.52 
 
 		 278 aa  360  1e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3899  30S ribosomal protein S3  66.78 
 
 		 278 aa  360  1e-98  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3752  ribosomal protein S3  82.63 
 
 		 272 aa  358  5e-98  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.40456  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2640  30S ribosomal protein S3  81.43 
 
 		 270 aa  357  8e-98  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.659159  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5130  ribosomal protein S3  79.52 
 
 		 268 aa  357  9e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.805435 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  74.19 
 
 		 275 aa  355  2.9999999999999997e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6043  30S ribosomal protein S3  78.03 
 
 		 325 aa  355  3.9999999999999996e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.80949  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  71.91 
 
 		 279 aa  354  6.999999999999999e-97  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1092  SSU ribosomal protein S3P  81.43 
 
 		 288 aa  354  8.999999999999999e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0588  30S ribosomal protein S3  76.89 
 
 		 315 aa  353  2e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3429  ribosomal protein S3  79.81 
 
 		 268 aa  349  3e-95  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1046  30S ribosomal protein S3  70.66 
 
 		 287 aa  347  9e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1019  30S ribosomal protein S3  70.66 
 
 		 287 aa  347  9e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1036  30S ribosomal protein S3  70.66 
 
 		 287 aa  347  9e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.261714  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04040  SSU ribosomal protein S3P  79.72 
 
 		 286 aa  347  1e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10721  30S ribosomal protein S3  73.55 
 
 		 274 aa  347  2e-94  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.680794  normal  0.235718 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5043  30S ribosomal protein S3  73.14 
 
 		 278 aa  345  5e-94  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.084323  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1311  30S ribosomal protein S3  78.4 
 
 		 280 aa  342  4e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119681 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1191  30S ribosomal protein S3  77.51 
 
 		 265 aa  325  5e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  58.29 
 
 		 221 aa  259  3e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0404  ribosomal protein S3  53.76 
 
 		 288 aa  258  7e-68  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  55.71 
 
 		 219 aa  256  3e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  53.81 
 
 		 237 aa  255  5e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  57.92 
 
 		 222 aa  254  7e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 220 aa  254  8e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  58.29 
 
 		 244 aa  254  1.0000000000000001e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  55.45 
 
 		 214 aa  253  2.0000000000000002e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  54.19 
 
 		 262 aa  253  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4020  ribosomal protein S3  53.78 
 
 		 260 aa  252  3e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.251089  hitchhiker  0.00000649383 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  51.95 
 
 		 228 aa  253  3e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  53.04 
 
 		 224 aa  252  4.0000000000000004e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  53.04 
 
 		 224 aa  252  4.0000000000000004e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  53.04 
 
 		 224 aa  252  5.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  53.51 
 
 		 395 aa  252  6e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 219 aa  252  6e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  53.12 
 
 		 224 aa  250  2e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  52.12 
 
 		 243 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  52.12 
 
 		 243 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  52.56 
 
 		 210 aa  249  4e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  56.4 
 
 		 220 aa  249  5e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  54.88 
 
 		 237 aa  248  8e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  52.19 
 
 		 249 aa  247  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4921  ribosomal protein S3  52.99 
 
 		 230 aa  246  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0969238  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  51.93 
 
 		 229 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 211 aa  245  6e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 218 aa  245  6e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  51.5 
 
 		 229 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1232  SSU ribosomal protein S3P  55.45 
 
 		 223 aa  244  9.999999999999999e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855016 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  53.55 
 
 		 228 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  51.53 
 
 		 228 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  51.53 
 
 		 228 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 211 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  51.53 
 
 		 228 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  53.55 
 
 		 226 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  51.53 
 
 		 228 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  51.88 
 
 		 235 aa  243  1.9999999999999999e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  52.83 
 
 		 228 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2396  30S ribosomal protein S3  53.08 
 
 		 217 aa  243  3e-63  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0132783  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  52.83 
 
 		 228 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1477  30S ribosomal protein S3  51.12 
 
 		 221 aa  243  3e-63  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000764619  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  53.08 
 
 		 210 aa  243  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  51.5 
 
 		 229 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0064  30S ribosomal protein S3  53.55 
 
 		 217 aa  242  3.9999999999999997e-63  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00697995  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  53.48 
 
 		 226 aa  242  3.9999999999999997e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  50.85 
 
 		 235 aa  242  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3018  ribosomal protein S3  48.35 
 
 		 241 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0195481  hitchhiker  0.00883263 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  52.27 
 
 		 236 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  51.52 
 
 		 229 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  51.05 
 
 		 235 aa  242  5e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1155  ribosomal protein S3  58.22 
 
 		 236 aa  242  5e-63  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000113812  hitchhiker  0.0000354115 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  50.64 
 
 		 234 aa  242  5e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  55.14 
 
 		 302 aa  242  6e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0464  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 226 aa  242  6e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  51.82 
 
 		 236 aa  241  7e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  51.82 
 
 		 236 aa  241  7e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  49.34 
 
 		 223 aa  241  7e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  54.03 
 
 		 221 aa  241  7.999999999999999e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000095133  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0987  ribosomal protein S3  53.1 
 
 		 245 aa  241  7.999999999999999e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.499926  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  51.09 
 
 		 228 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  51.09 
 
 		 228 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  51.09 
 
 		 228 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>