More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0588 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0588  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 315 aa  627  1e-179  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6043  30S ribosomal protein S3  84.72 
 
 		 325 aa  462  1e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.80949  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4501  ribosomal protein S3  82.28 
 
 		 308 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3917  ribosomal protein S3  79.76 
 
 		 288 aa  394  1e-109  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4309  ribosomal protein S3  79.37 
 
 		 288 aa  392  1e-108  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395435  hitchhiker  0.00385634 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  76.59 
 
 		 275 aa  387  1e-107  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4315  ribosomal protein S3  86.45 
 
 		 272 aa  389  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0312  30S ribosomal protein S3  80.08 
 
 		 341 aa  388  1e-107  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00243469 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  88.83 
 
 		 278 aa  387  1e-106  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1092  SSU ribosomal protein S3P  88.29 
 
 		 288 aa  384  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5130  ribosomal protein S3  85.85 
 
 		 268 aa  380  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.805435 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  70.93 
 
 		 279 aa  380  1e-104  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10721  30S ribosomal protein S3  76.77 
 
 		 274 aa  379  1e-104  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.680794  normal  0.235718 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2640  30S ribosomal protein S3  85.85 
 
 		 270 aa  376  1e-103  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.659159  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1046  30S ribosomal protein S3  75.69 
 
 		 287 aa  376  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1019  30S ribosomal protein S3  75.69 
 
 		 287 aa  376  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3899  30S ribosomal protein S3  84.95 
 
 		 278 aa  375  1e-103  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1036  30S ribosomal protein S3  75.69 
 
 		 287 aa  376  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.261714  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04040  SSU ribosomal protein S3P  83.65 
 
 		 286 aa  372  1e-102  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5043  30S ribosomal protein S3  75.59 
 
 		 278 aa  374  1e-102  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.084323  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1311  30S ribosomal protein S3  74.13 
 
 		 280 aa  372  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119681 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0694  ribosomal protein S3  77.27 
 
 		 282 aa  370  1e-101  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3752  ribosomal protein S3  76.83 
 
 		 272 aa  369  1e-101  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.40456  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3429  ribosomal protein S3  76.19 
 
 		 268 aa  368  1e-101  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0937  30S ribosomal protein S3  80.28 
 
 		 292 aa  365  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0855011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2681  ribosomal protein S3  72.84 
 
 		 276 aa  362  4e-99  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2969  SSU ribosomal protein S3P  75.66 
 
 		 277 aa  358  6e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.530475  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3137  ribosomal protein S3  74.89 
 
 		 258 aa  357  9.999999999999999e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29680  SSU ribosomal protein S3P  75.21 
 
 		 276 aa  357  9.999999999999999e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.778759 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20810  SSU ribosomal protein S3P  75.22 
 
 		 276 aa  353  2e-96  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0593  ribosomal protein S3  73.03 
 
 		 271 aa  352  4e-96  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.122908  normal  0.632593 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23750  SSU ribosomal protein S3P  78.77 
 
 		 280 aa  351  8e-96  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.167158  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0633  ribosomal protein S3  76.68 
 
 		 279 aa  350  2e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17100  SSU ribosomal protein S3P  77.25 
 
 		 272 aa  348  5e-95  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0525637  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2653  ribosomal protein S3  76.26 
 
 		 276 aa  348  6e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1191  30S ribosomal protein S3  69.69 
 
 		 265 aa  340  2e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1713  30S ribosomal protein S3  70.22 
 
 		 267 aa  324  1e-87  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0260  ribosomal protein S3  69.78 
 
 		 272 aa  322  5e-87  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  60.1 
 
 		 221 aa  276  3e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  59.72 
 
 		 219 aa  273  2.0000000000000002e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  60.39 
 
 		 237 aa  272  5.000000000000001e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  57.94 
 
 		 224 aa  272  6e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  57.94 
 
 		 224 aa  272  6e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  57.62 
 
 		 219 aa  271  7e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  57.97 
 
 		 224 aa  271  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  56.19 
 
 		 211 aa  271  1e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  59.53 
 
 		 218 aa  270  2e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  56.19 
 
 		 210 aa  270  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 214 aa  270  2e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  56.19 
 
 		 211 aa  271  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 211 aa  269  4e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0404  ribosomal protein S3  62.98 
 
 		 288 aa  269  5e-71  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  60.39 
 
 		 244 aa  269  5e-71  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 220 aa  269  5.9999999999999995e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 211 aa  268  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 210 aa  266  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  56.56 
 
 		 243 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  56.56 
 
 		 243 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  54.29 
 
 		 210 aa  266  2.9999999999999995e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 210 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  58.77 
 
 		 220 aa  265  7e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 222 aa  265  8e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  56.52 
 
 		 224 aa  264  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 210 aa  264  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  58.22 
 
 		 228 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  58.22 
 
 		 228 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4020  ribosomal protein S3  55.34 
 
 		 260 aa  262  4e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.251089  hitchhiker  0.00000649383 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  54.17 
 
 		 223 aa  263  4e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  55.29 
 
 		 222 aa  262  6e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000320467  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 236 aa  261  1e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  54.85 
 
 		 262 aa  261  1e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  55.41 
 
 		 237 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 236 aa  261  1e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1155  ribosomal protein S3  60.58 
 
 		 236 aa  261  2e-68  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000113812  hitchhiker  0.0000354115 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  55.98 
 
 		 236 aa  260  2e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  56.07 
 
 		 218 aa  260  3e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  56.19 
 
 		 236 aa  260  3e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 		 228 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4921  ribosomal protein S3  53.22 
 
 		 230 aa  259  5.0000000000000005e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0969238  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 		 228 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0292  30S ribosomal protein S3  53.97 
 
 		 241 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00457089  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 		 228 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 228 aa  259  5.0000000000000005e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 		 228 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1477  30S ribosomal protein S3  52.53 
 
 		 221 aa  259  6e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000764619  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  53.25 
 
 		 232 aa  259  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  57 
 
 		 395 aa  259  6e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  55.5 
 
 		 249 aa  258  9e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 228 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 228 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 228 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  52.81 
 
 		 232 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  55.02 
 
 		 241 aa  258  1e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1232  SSU ribosomal protein S3P  54.13 
 
 		 223 aa  257  1e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855016 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 236 aa  258  1e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 236 aa  258  1e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  52.81 
 
 		 232 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  56.81 
 
 		 228 aa  257  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  55.98 
 
 		 231 aa  256  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  56.67 
 
 		 302 aa  256  3e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>