More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0292 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_0292  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 241 aa  487  1e-137  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00457089  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  77.29 
 
 		 237 aa  366  1e-100  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0065  30S ribosomal protein S3  72.38 
 
 		 233 aa  355  3.9999999999999996e-97  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00223028  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1027  30S ribosomal protein S3  73.91 
 
 		 232 aa  354  5.999999999999999e-97  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000269281  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1771  30S ribosomal protein S3  73.91 
 
 		 232 aa  353  1e-96  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000585037  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1869  30S ribosomal protein S3  71.55 
 
 		 233 aa  348  3e-95  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.437759  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1698  30S ribosomal protein S3  71.55 
 
 		 233 aa  348  3e-95  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000141955  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0040  30S ribosomal protein S3  73.91 
 
 		 232 aa  347  9e-95  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0666312  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2075  30S ribosomal protein S3  72.29 
 
 		 233 aa  344  6e-94  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000597186  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0090  30S ribosomal protein S3  74.89 
 
 		 231 aa  337  8e-92  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  60.94 
 
 		 235 aa  279  2e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 		 249 aa  278  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  61.26 
 
 		 223 aa  277  1e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  58.44 
 
 		 236 aa  277  1e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  62.17 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  61.74 
 
 		 233 aa  275  4e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  60.43 
 
 		 233 aa  275  4e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  59.15 
 
 		 232 aa  275  5e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  64.42 
 
 		 240 aa  275  5e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  61.74 
 
 		 233 aa  275  6e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  62.02 
 
 		 256 aa  275  6e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  61.74 
 
 		 233 aa  274  7e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  61.74 
 
 		 233 aa  274  7e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  61.3 
 
 		 232 aa  273  2.0000000000000002e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  61.3 
 
 		 232 aa  273  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  61.3 
 
 		 232 aa  273  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  61.3 
 
 		 232 aa  272  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  58.8 
 
 		 229 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0773  30S ribosomal protein S3  56.03 
 
 		 286 aa  272  4.0000000000000004e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000686898  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  58.8 
 
 		 229 aa  271  6e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  57.94 
 
 		 229 aa  270  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  62.86 
 
 		 220 aa  270  1e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  55.33 
 
 		 295 aa  270  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  57.51 
 
 		 229 aa  270  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  58.41 
 
 		 244 aa  270  2e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  63.81 
 
 		 210 aa  270  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  62.98 
 
 		 236 aa  269  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 236 aa  269  2.9999999999999997e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  62.02 
 
 		 237 aa  269  2.9999999999999997e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 236 aa  269  2.9999999999999997e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  57.81 
 
 		 235 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  62.68 
 
 		 210 aa  269  4e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  62.68 
 
 		 211 aa  268  5.9999999999999995e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  57.66 
 
 		 234 aa  268  7e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  54.47 
 
 		 301 aa  268  8e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  56.96 
 
 		 244 aa  267  8.999999999999999e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  62.68 
 
 		 211 aa  267  8.999999999999999e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  57.26 
 
 		 231 aa  267  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0334  ribosomal protein S3  61.54 
 
 		 233 aa  267  1e-70  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.385043  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 230 aa  267  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  62.2 
 
 		 222 aa  266  2e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  57.76 
 
 		 235 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  58.77 
 
 		 299 aa  266  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  61.9 
 
 		 210 aa  266  2e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  56.49 
 
 		 230 aa  266  2e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  56.77 
 
 		 230 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  57.14 
 
 		 252 aa  266  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  63.46 
 
 		 211 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  63.46 
 
 		 210 aa  265  2.9999999999999995e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  56.77 
 
 		 230 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  56.77 
 
 		 230 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  56.77 
 
 		 230 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  60.75 
 
 		 232 aa  265  4e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4164  30S ribosomal protein S3  56.77 
 
 		 230 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278564  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  61.06 
 
 		 241 aa  265  4e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0206  30S ribosomal protein S3  56.77 
 
 		 230 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000455667  unclonable  0.00000997439 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  57.83 
 
 		 232 aa  265  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4050  30S ribosomal protein S3  56.77 
 
 		 230 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000595874  unclonable  0.00000000000714498 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  56.77 
 
 		 230 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  57.83 
 
 		 232 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3013  30S ribosomal protein S3  57.85 
 
 		 264 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000335081  decreased coverage  0.002387 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2944  30S ribosomal protein S3  57.85 
 
 		 264 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.012288  decreased coverage  0.000000133007 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  62.98 
 
 		 211 aa  265  7e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3291  30S ribosomal protein S3  57.85 
 
 		 262 aa  265  7e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000159884  hitchhiker  0.00000252184 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  57.51 
 
 		 232 aa  265  7e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  60.58 
 
 		 221 aa  264  7e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  57.14 
 
 		 261 aa  264  8e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  61.54 
 
 		 235 aa  264  8e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3638  30S ribosomal protein S3  56.96 
 
 		 268 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000231617  hitchhiker  0.0000000000213568 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3753  30S ribosomal protein S3  56.77 
 
 		 230 aa  264  1e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131663  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  58.64 
 
 		 248 aa  264  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  57.39 
 
 		 232 aa  263  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0397  30S ribosomal protein S3  57.67 
 
 		 290 aa  264  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  62.02 
 
 		 219 aa  264  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  58.14 
 
 		 308 aa  263  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0344  30S ribosomal protein S3  58.14 
 
 		 293 aa  264  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.212701  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>