More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_23750 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_23750  SSU ribosomal protein S3P  100 
 
 		 280 aa  558  1e-158  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.167158  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0694  ribosomal protein S3  75.27 
 
 		 282 aa  415  9.999999999999999e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3137  ribosomal protein S3  84.36 
 
 		 258 aa  413  1e-114  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29680  SSU ribosomal protein S3P  83.81 
 
 		 276 aa  412  1e-114  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.778759 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2681  ribosomal protein S3  83.83 
 
 		 276 aa  405  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0633  ribosomal protein S3  84.98 
 
 		 279 aa  403  1e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2969  SSU ribosomal protein S3P  81.93 
 
 		 277 aa  400  9.999999999999999e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.530475  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20810  SSU ribosomal protein S3P  86.1 
 
 		 276 aa  395  1e-109  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0593  ribosomal protein S3  83.53 
 
 		 271 aa  397  1e-109  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.122908  normal  0.632593 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2653  ribosomal protein S3  85.02 
 
 		 276 aa  395  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17100  SSU ribosomal protein S3P  83.96 
 
 		 272 aa  378  1e-104  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0525637  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4501  ribosomal protein S3  84.51 
 
 		 308 aa  373  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0937  30S ribosomal protein S3  80.09 
 
 		 292 aa  365  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0855011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0312  30S ribosomal protein S3  76.76 
 
 		 341 aa  367  1e-100  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00243469 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3899  30S ribosomal protein S3  70 
 
 		 278 aa  366  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  70.4 
 
 		 279 aa  361  7.0000000000000005e-99  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4315  ribosomal protein S3  80.95 
 
 		 272 aa  360  2e-98  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6043  30S ribosomal protein S3  79.72 
 
 		 325 aa  357  9.999999999999999e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.80949  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  65.85 
 
 		 278 aa  355  3.9999999999999996e-97  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0588  30S ribosomal protein S3  78.77 
 
 		 315 aa  354  1e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5130  ribosomal protein S3  77.46 
 
 		 268 aa  353  2e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.805435 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2640  30S ribosomal protein S3  79.52 
 
 		 270 aa  352  2.9999999999999997e-96  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.659159  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3917  ribosomal protein S3  73.02 
 
 		 288 aa  352  2.9999999999999997e-96  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4309  ribosomal protein S3  72.62 
 
 		 288 aa  351  7e-96  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395435  hitchhiker  0.00385634 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1092  SSU ribosomal protein S3P  80 
 
 		 288 aa  351  8.999999999999999e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1713  30S ribosomal protein S3  75.11 
 
 		 267 aa  348  7e-95  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1046  30S ribosomal protein S3  66.79 
 
 		 287 aa  346  3e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0260  ribosomal protein S3  74.21 
 
 		 272 aa  346  3e-94  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1019  30S ribosomal protein S3  66.79 
 
 		 287 aa  346  3e-94  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1036  30S ribosomal protein S3  66.79 
 
 		 287 aa  346  3e-94  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.261714  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  70.75 
 
 		 275 aa  345  5e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3752  ribosomal protein S3  77.93 
 
 		 272 aa  345  6e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.40456  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3429  ribosomal protein S3  76.92 
 
 		 268 aa  343  1e-93  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04040  SSU ribosomal protein S3P  77.83 
 
 		 286 aa  343  2e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10721  30S ribosomal protein S3  69.84 
 
 		 274 aa  341  1e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.680794  normal  0.235718 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5043  30S ribosomal protein S3  66.67 
 
 		 278 aa  340  2e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.084323  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1311  30S ribosomal protein S3  76.06 
 
 		 280 aa  338  7e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119681 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1191  30S ribosomal protein S3  71.36 
 
 		 265 aa  320  1.9999999999999998e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  57.78 
 
 		 221 aa  268  5.9999999999999995e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  55.71 
 
 		 219 aa  260  2e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  54.51 
 
 		 243 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  54.51 
 
 		 243 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  57.14 
 
 		 237 aa  259  2e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  58.82 
 
 		 222 aa  258  1e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  54.22 
 
 		 220 aa  258  1e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 211 aa  256  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  53.48 
 
 		 224 aa  256  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  58.29 
 
 		 244 aa  256  2e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  53.48 
 
 		 224 aa  256  2e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 237 aa  256  3e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  53.28 
 
 		 249 aa  255  5e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  53.49 
 
 		 210 aa  255  6e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  53.88 
 
 		 229 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 211 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  53.04 
 
 		 224 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  56.89 
 
 		 220 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  53.88 
 
 		 229 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 219 aa  253  2.0000000000000002e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  56.4 
 
 		 218 aa  253  2.0000000000000002e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  51.49 
 
 		 236 aa  253  3e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  51.49 
 
 		 236 aa  253  3e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  53.48 
 
 		 224 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  55.87 
 
 		 210 aa  253  3e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 210 aa  253  3e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  51.49 
 
 		 236 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  52.38 
 
 		 235 aa  252  4.0000000000000004e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  52.42 
 
 		 228 aa  251  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  52.42 
 
 		 228 aa  251  7e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  55 
 
 		 236 aa  251  9.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  53.45 
 
 		 229 aa  251  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  52.42 
 
 		 228 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  52.42 
 
 		 228 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 211 aa  250  2e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  52.42 
 
 		 228 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 211 aa  250  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  52.42 
 
 		 228 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1477  30S ribosomal protein S3  55.45 
 
 		 221 aa  249  3e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000764619  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  53.02 
 
 		 229 aa  249  4e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  50.65 
 
 		 228 aa  249  5e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  51.09 
 
 		 236 aa  249  5e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  51.09 
 
 		 236 aa  249  5e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 210 aa  248  6e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 214 aa  248  7e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  55 
 
 		 218 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  55.76 
 
 		 216 aa  247  1e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  54.03 
 
 		 226 aa  247  1e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  51.54 
 
 		 228 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  51.98 
 
 		 228 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  51.98 
 
 		 228 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  53.08 
 
 		 222 aa  246  2e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000320467  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  51.98 
 
 		 228 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  51.87 
 
 		 237 aa  247  2e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  55.45 
 
 		 395 aa  246  2e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  53.08 
 
 		 226 aa  246  3e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  53.95 
 
 		 210 aa  246  4e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3661  ribosomal protein S3  53.55 
 
 		 219 aa  245  4.9999999999999997e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178065  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  52.12 
 
 		 232 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  54.03 
 
 		 262 aa  244  8e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  52.77 
 
 		 240 aa  245  8e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  52.14 
 
 		 235 aa  244  9e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>