More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0260 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0260  ribosomal protein S3  100 
 
 		 272 aa  546  1e-154  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1713  30S ribosomal protein S3  98.21 
 
 		 267 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29680  SSU ribosomal protein S3P  75.72 
 
 		 276 aa  370  1e-101  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.778759 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3137  ribosomal protein S3  75.53 
 
 		 258 aa  364  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0593  ribosomal protein S3  76.35 
 
 		 271 aa  363  2e-99  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.122908  normal  0.632593 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2653  ribosomal protein S3  76.11 
 
 		 276 aa  363  2e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0694  ribosomal protein S3  66.91 
 
 		 282 aa  362  3e-99  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0633  ribosomal protein S3  75.11 
 
 		 279 aa  360  1e-98  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2969  SSU ribosomal protein S3P  72.69 
 
 		 277 aa  353  1e-96  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.530475  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2681  ribosomal protein S3  71.07 
 
 		 276 aa  351  8.999999999999999e-96  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23750  SSU ribosomal protein S3P  71.73 
 
 		 280 aa  340  2e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.167158  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17100  SSU ribosomal protein S3P  76.42 
 
 		 272 aa  337  9.999999999999999e-92  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0525637  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20810  SSU ribosomal protein S3P  72.85 
 
 		 276 aa  337  9.999999999999999e-92  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0312  30S ribosomal protein S3  71.7 
 
 		 341 aa  322  3e-87  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00243469 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6043  30S ribosomal protein S3  70.27 
 
 		 325 aa  322  6e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.80949  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  64.08 
 
 		 279 aa  321  9.999999999999999e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0588  30S ribosomal protein S3  69.78 
 
 		 315 aa  321  9.999999999999999e-87  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5130  ribosomal protein S3  70.95 
 
 		 268 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.805435 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3917  ribosomal protein S3  67.36 
 
 		 288 aa  318  7.999999999999999e-86  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2640  30S ribosomal protein S3  71.43 
 
 		 270 aa  317  1e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.659159  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3899  30S ribosomal protein S3  71.56 
 
 		 278 aa  317  1e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  71.09 
 
 		 278 aa  317  2e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4309  ribosomal protein S3  66.94 
 
 		 288 aa  316  2e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395435  hitchhiker  0.00385634 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3429  ribosomal protein S3  73.24 
 
 		 268 aa  317  2e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4315  ribosomal protein S3  71.9 
 
 		 272 aa  317  2e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4501  ribosomal protein S3  70.89 
 
 		 308 aa  317  2e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0937  30S ribosomal protein S3  71.23 
 
 		 292 aa  315  3e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0855011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04040  SSU ribosomal protein S3P  72.17 
 
 		 286 aa  315  7e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  61.73 
 
 		 275 aa  314  8e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3752  ribosomal protein S3  72.77 
 
 		 272 aa  314  9e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.40456  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1092  SSU ribosomal protein S3P  69.52 
 
 		 288 aa  310  2e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1019  30S ribosomal protein S3  65.2 
 
 		 287 aa  307  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10721  30S ribosomal protein S3  66.53 
 
 		 274 aa  307  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.680794  normal  0.235718 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1036  30S ribosomal protein S3  65.2 
 
 		 287 aa  307  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.261714  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1046  30S ribosomal protein S3  65.2 
 
 		 287 aa  307  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5043  30S ribosomal protein S3  63.14 
 
 		 278 aa  306  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.084323  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1311  30S ribosomal protein S3  62.6 
 
 		 280 aa  306  3e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119681 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1191  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 		 265 aa  285  5e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  58.29 
 
 		 221 aa  254  9e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  58.77 
 
 		 220 aa  253  3e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0292  30S ribosomal protein S3  52.02 
 
 		 241 aa  250  2e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00457089  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 220 aa  249  2e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  52.16 
 
 		 228 aa  249  4e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  52.74 
 
 		 236 aa  248  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  52.5 
 
 		 235 aa  248  6e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  54.88 
 
 		 210 aa  248  6e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  55.31 
 
 		 218 aa  248  6e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  52.74 
 
 		 236 aa  248  7e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  52.74 
 
 		 236 aa  248  7e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  51.23 
 
 		 302 aa  247  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  56.4 
 
 		 219 aa  248  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  52.32 
 
 		 235 aa  248  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  52.61 
 
 		 243 aa  246  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  52.61 
 
 		 243 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  58.02 
 
 		 222 aa  246  3e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  51.25 
 
 		 239 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  54.42 
 
 		 237 aa  245  6.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  55.35 
 
 		 240 aa  244  9e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 214 aa  244  9.999999999999999e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0404  ribosomal protein S3  48.72 
 
 		 288 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 237 aa  243  1.9999999999999999e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  55.35 
 
 		 223 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  51.67 
 
 		 232 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  54.88 
 
 		 236 aa  243  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  51.69 
 
 		 224 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 224 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  51.67 
 
 		 232 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 224 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  55.91 
 
 		 218 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  53.6 
 
 		 262 aa  242  5e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  55.35 
 
 		 249 aa  242  5e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  51.25 
 
 		 232 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  52.81 
 
 		 229 aa  242  6e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  53.6 
 
 		 228 aa  240  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  53.6 
 
 		 228 aa  240  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  52.34 
 
 		 233 aa  241  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  51.25 
 
 		 231 aa  240  1e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  53.6 
 
 		 228 aa  240  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  53.15 
 
 		 228 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  52.34 
 
 		 233 aa  241  1e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  53.6 
 
 		 228 aa  240  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  47.41 
 
 		 299 aa  240  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4020  ribosomal protein S3  53.15 
 
 		 260 aa  240  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.251089  hitchhiker  0.00000649383 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  54.03 
 
 		 395 aa  239  2.9999999999999997e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  51.91 
 
 		 233 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  52.81 
 
 		 229 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  52.81 
 
 		 229 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  51.29 
 
 		 230 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  51.16 
 
 		 236 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  51.16 
 
 		 236 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  51.91 
 
 		 233 aa  239  4e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  51.72 
 
 		 230 aa  239  4e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  52.38 
 
 		 229 aa  239  4e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  51.25 
 
 		 231 aa  239  4e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  51.72 
 
 		 230 aa  239  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  51.11 
 
 		 221 aa  239  4e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000095133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>