More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0404 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0404  ribosomal protein S3  100 
 
 		 288 aa  574  1.0000000000000001e-163  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  65.7 
 
 		 278 aa  288  5.0000000000000004e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5130  ribosomal protein S3  65.53 
 
 		 268 aa  286  2e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.805435 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4315  ribosomal protein S3  65.05 
 
 		 272 aa  286  2e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1092  SSU ribosomal protein S3P  64.56 
 
 		 288 aa  285  8e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2640  30S ribosomal protein S3  65.05 
 
 		 270 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.659159  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0588  30S ribosomal protein S3  62.98 
 
 		 315 aa  284  1.0000000000000001e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6043  30S ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 325 aa  283  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.80949  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3429  ribosomal protein S3  64.59 
 
 		 268 aa  282  4.0000000000000003e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  64.11 
 
 		 275 aa  282  6.000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3917  ribosomal protein S3  62.16 
 
 		 288 aa  280  2e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4309  ribosomal protein S3  62.16 
 
 		 288 aa  280  2e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395435  hitchhiker  0.00385634 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0312  30S ribosomal protein S3  62.98 
 
 		 341 aa  280  3e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00243469 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0937  30S ribosomal protein S3  62.04 
 
 		 292 aa  278  5e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0855011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04040  SSU ribosomal protein S3P  62.2 
 
 		 286 aa  278  8e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10721  30S ribosomal protein S3  63.16 
 
 		 274 aa  275  5e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.680794  normal  0.235718 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1046  30S ribosomal protein S3  63.16 
 
 		 287 aa  275  6e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1019  30S ribosomal protein S3  63.16 
 
 		 287 aa  275  6e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5043  30S ribosomal protein S3  63.16 
 
 		 278 aa  275  6e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.084323  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3899  30S ribosomal protein S3  62.32 
 
 		 278 aa  275  6e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1036  30S ribosomal protein S3  63.16 
 
 		 287 aa  275  6e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.261714  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3752  ribosomal protein S3  62.68 
 
 		 272 aa  275  6e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.40456  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  62.2 
 
 		 279 aa  275  8e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4501  ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 308 aa  275  9e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1311  30S ribosomal protein S3  62.68 
 
 		 280 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119681 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3137  ribosomal protein S3  57.45 
 
 		 258 aa  271  7e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0694  ribosomal protein S3  53.26 
 
 		 282 aa  271  7e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29680  SSU ribosomal protein S3P  57.89 
 
 		 276 aa  270  1e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.778759 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4020  ribosomal protein S3  57.14 
 
 		 260 aa  268  1e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.251089  hitchhiker  0.00000649383 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2681  ribosomal protein S3  56.12 
 
 		 276 aa  266  4e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  55.51 
 
 		 262 aa  265  5.999999999999999e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17100  SSU ribosomal protein S3P  60.09 
 
 		 272 aa  265  8.999999999999999e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0525637  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  56.58 
 
 		 244 aa  263  2e-69  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  54.19 
 
 		 224 aa  263  2e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2969  SSU ribosomal protein S3P  55.46 
 
 		 277 aa  263  2e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.530475  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20810  SSU ribosomal protein S3P  57.78 
 
 		 276 aa  263  4e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0593  ribosomal protein S3  55.51 
 
 		 271 aa  262  4e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.122908  normal  0.632593 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0633  ribosomal protein S3  55.6 
 
 		 279 aa  261  8.999999999999999e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  59.28 
 
 		 228 aa  261  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  59.28 
 
 		 228 aa  259  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  54.82 
 
 		 237 aa  260  2e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 211 aa  259  3e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 224 aa  259  4e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3018  ribosomal protein S3  53.12 
 
 		 241 aa  259  4e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0195481  hitchhiker  0.00883263 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 224 aa  259  4e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  57.69 
 
 		 210 aa  259  5.0000000000000005e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  61.24 
 
 		 228 aa  258  6e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  61.24 
 
 		 228 aa  258  6e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23750  SSU ribosomal protein S3P  55.51 
 
 		 280 aa  258  8e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.167158  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  52.86 
 
 		 224 aa  258  8e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 232 aa  258  8e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  56.19 
 
 		 221 aa  258  9e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2653  ribosomal protein S3  56.19 
 
 		 276 aa  256  2e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  58.82 
 
 		 228 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1713  30S ribosomal protein S3  55.8 
 
 		 267 aa  257  2e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  58.82 
 
 		 228 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  58.82 
 
 		 228 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 211 aa  257  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 210 aa  257  2e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  54.84 
 
 		 222 aa  257  2e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  58.82 
 
 		 228 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  56.22 
 
 		 236 aa  256  3e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  56.22 
 
 		 236 aa  256  3e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1155  ribosomal protein S3  59.15 
 
 		 236 aa  256  3e-67  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000113812  hitchhiker  0.0000354115 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  59.81 
 
 		 218 aa  256  3e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 228 aa  256  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 228 aa  256  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 228 aa  256  4e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  256  4e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  57.47 
 
 		 233 aa  255  6e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  55.3 
 
 		 236 aa  254  9e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  57.47 
 
 		 233 aa  254  9e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  55.3 
 
 		 236 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  55.3 
 
 		 236 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  55.91 
 
 		 228 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  55.98 
 
 		 210 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1191  30S ribosomal protein S3  57.56 
 
 		 265 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  52.23 
 
 		 223 aa  254  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  54.07 
 
 		 210 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  55.02 
 
 		 211 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  55.02 
 
 		 211 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2768  30S ribosomal protein S3  56.94 
 
 		 212 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000286487  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 210 aa  253  3e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0260  ribosomal protein S3  55.16 
 
 		 272 aa  253  3e-66  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  56.48 
 
 		 218 aa  253  3e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  53.54 
 
 		 221 aa  252  4.0000000000000004e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000095133  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  55.5 
 
 		 219 aa  252  4.0000000000000004e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  54.84 
 
 		 237 aa  252  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  55.98 
 
 		 219 aa  252  5.000000000000001e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0966  30S ribosomal protein S3  60.29 
 
 		 224 aa  252  5.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0153824  hitchhiker  0.00000134918 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  59.52 
 
 		 226 aa  252  5.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  57.01 
 
 		 233 aa  252  6e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  57.01 
 
 		 233 aa  252  6e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  56.7 
 
 		 230 aa  252  6e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  57.01 
 
 		 233 aa  251  7e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  57.01 
 
 		 233 aa  251  7e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  57.01 
 
 		 233 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  57.01 
 
 		 233 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  57.01 
 
 		 233 aa  251  7e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  57.01 
 
 		 233 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>