More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2768 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_2768  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 212 aa  424  1e-118  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000286487  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2251  30S ribosomal protein S3  78.95 
 
 		 213 aa  340  1e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000614716  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  74.64 
 
 		 213 aa  335  2.9999999999999997e-91  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0666  30S ribosomal protein S3  76.53 
 
 		 213 aa  333  1e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00146093  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0085  30S ribosomal protein S3  76.56 
 
 		 213 aa  329  2e-89  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0561951 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1759  30S ribosomal protein S3  75.12 
 
 		 212 aa  327  5.0000000000000004e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.341094  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  65.7 
 
 		 233 aa  286  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  63.16 
 
 		 210 aa  285  2.9999999999999996e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  62.98 
 
 		 210 aa  278  4e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  62.02 
 
 		 211 aa  278  5e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  62.02 
 
 		 211 aa  278  6e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  63.68 
 
 		 224 aa  277  9e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  62.8 
 
 		 223 aa  276  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  62.32 
 
 		 210 aa  275  3e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  61.84 
 
 		 211 aa  275  4e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  60.39 
 
 		 211 aa  272  3e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 210 aa  272  3e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  62.68 
 
 		 224 aa  271  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  62.68 
 
 		 224 aa  271  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  62.68 
 
 		 224 aa  271  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1232  SSU ribosomal protein S3P  62.02 
 
 		 223 aa  271  6e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855016 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  60.39 
 
 		 210 aa  270  8.000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 216 aa  269  2.9999999999999997e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  61.72 
 
 		 244 aa  266  2e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  59.33 
 
 		 225 aa  264  5.999999999999999e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 219 aa  264  7e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  60.1 
 
 		 243 aa  263  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  57.42 
 
 		 219 aa  262  2e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  60.1 
 
 		 243 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  58.57 
 
 		 221 aa  262  3e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  60.29 
 
 		 244 aa  262  3e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  58.85 
 
 		 225 aa  261  4.999999999999999e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  61.54 
 
 		 236 aa  261  6e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  60.39 
 
 		 220 aa  261  6e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  60.39 
 
 		 228 aa  261  6e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  60.1 
 
 		 237 aa  261  6.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 236 aa  259  2e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 249 aa  259  3e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0852  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 228 aa  258  7e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0966  30S ribosomal protein S3  58.96 
 
 		 224 aa  257  9e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0153824  hitchhiker  0.00000134918 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0464  30S ribosomal protein S3  58.57 
 
 		 226 aa  257  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 236 aa  255  3e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 236 aa  255  3e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  55.19 
 
 		 308 aa  255  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 236 aa  255  4e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 236 aa  254  5e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 236 aa  254  5e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0279  30S ribosomal protein S3  55.19 
 
 		 288 aa  254  7e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000626052  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  56.52 
 
 		 223 aa  254  7e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  59.13 
 
 		 228 aa  254  7e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  59.13 
 
 		 228 aa  254  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0284  30S ribosomal protein S3  55.19 
 
 		 288 aa  254  7e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128971  hitchhiker  0.0000000454249 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 235 aa  254  8e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  58.45 
 
 		 237 aa  254  9e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  59.24 
 
 		 222 aa  253  1.0000000000000001e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  58.65 
 
 		 244 aa  253  1.0000000000000001e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  58.96 
 
 		 228 aa  253  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 234 aa  253  1.0000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  56.67 
 
 		 220 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  57.69 
 
 		 240 aa  253  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 262 aa  253  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 252 aa  253  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  58.1 
 
 		 218 aa  252  2.0000000000000002e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0329  ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 224 aa  253  2.0000000000000002e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000625588  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  57.82 
 
 		 228 aa  252  2.0000000000000002e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  55.71 
 
 		 299 aa  252  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3789  30S ribosomal protein S3  54.72 
 
 		 298 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.461405  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 239 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  56.19 
 
 		 220 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5130  ribosomal protein S3  57.07 
 
 		 268 aa  252  2.0000000000000002e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.805435 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  59.13 
 
 		 237 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 228 aa  252  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 241 aa  252  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  56.25 
 
 		 256 aa  252  3e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 232 aa  252  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3638  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 268 aa  252  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000231617  hitchhiker  0.0000000000213568 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  55.77 
 
 		 275 aa  252  3e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2626  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 266 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0741143  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0090  30S ribosomal protein S3  58.57 
 
 		 231 aa  251  4.0000000000000004e-66  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3740  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 266 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3770  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 266 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000624926  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3798  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 266 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 232 aa  251  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3484  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 266 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00131963  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1930  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 266 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000560778  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3163  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 266 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000161585  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2834  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 264 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000988121  normal  0.306449 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 248 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0282  30S ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 266 aa  251  6e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000274054  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 248 aa  251  6e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  55.5 
 
 		 261 aa  251  6e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3453  30S ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 266 aa  251  6e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000212964  decreased coverage  0.00445176 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0333  30S ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 266 aa  251  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000255455  normal  0.0226177 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2753  30S ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 266 aa  251  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000356119  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 248 aa  251  6e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  55.34 
 
 		 279 aa  251  6e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0273  30S ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 266 aa  251  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00291944  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0354  30S ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 266 aa  251  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000020511  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 238 aa  251  7e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 232 aa  251  7e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>