More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3752 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3752  ribosomal protein S3  100 
 
 		 272 aa  545  1e-154  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.40456  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1046  30S ribosomal protein S3  92.16 
 
 		 287 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1019  30S ribosomal protein S3  92.16 
 
 		 287 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1036  30S ribosomal protein S3  92.16 
 
 		 287 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.261714  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10721  30S ribosomal protein S3  93.31 
 
 		 274 aa  457  1e-127  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.680794  normal  0.235718 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5043  30S ribosomal protein S3  93.31 
 
 		 278 aa  456  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.084323  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1311  30S ribosomal protein S3  92.49 
 
 		 280 aa  448  1e-125  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119681 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3429  ribosomal protein S3  84.06 
 
 		 268 aa  441  1e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  85.04 
 
 		 275 aa  421  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  78.34 
 
 		 279 aa  410  1e-113  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4501  ribosomal protein S3  82.21 
 
 		 308 aa  408  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04040  SSU ribosomal protein S3P  88.57 
 
 		 286 aa  396  1e-109  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3917  ribosomal protein S3  72.57 
 
 		 288 aa  392  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4309  ribosomal protein S3  77.78 
 
 		 288 aa  390  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395435  hitchhiker  0.00385634 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4315  ribosomal protein S3  89.32 
 
 		 272 aa  377  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6043  30S ribosomal protein S3  77.55 
 
 		 325 aa  371  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.80949  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0694  ribosomal protein S3  71.12 
 
 		 282 aa  368  1e-101  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2640  30S ribosomal protein S3  85.44 
 
 		 270 aa  367  1e-101  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.659159  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0937  30S ribosomal protein S3  80.53 
 
 		 292 aa  369  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0855011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0588  30S ribosomal protein S3  77.14 
 
 		 315 aa  368  1e-101  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  70.25 
 
 		 278 aa  368  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0312  30S ribosomal protein S3  81.48 
 
 		 341 aa  369  1e-101  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00243469 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1092  SSU ribosomal protein S3P  86.41 
 
 		 288 aa  368  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5130  ribosomal protein S3  83.98 
 
 		 268 aa  367  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.805435 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2681  ribosomal protein S3  77.82 
 
 		 276 aa  366  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3899  30S ribosomal protein S3  70.61 
 
 		 278 aa  367  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2969  SSU ribosomal protein S3P  77.08 
 
 		 277 aa  363  2e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.530475  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29680  SSU ribosomal protein S3P  75.41 
 
 		 276 aa  360  2e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.778759 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0633  ribosomal protein S3  78.21 
 
 		 279 aa  359  2e-98  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0593  ribosomal protein S3  76.64 
 
 		 271 aa  358  4e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.122908  normal  0.632593 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20810  SSU ribosomal protein S3P  80.62 
 
 		 276 aa  357  9.999999999999999e-98  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3137  ribosomal protein S3  77.12 
 
 		 258 aa  355  5.999999999999999e-97  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2653  ribosomal protein S3  79.2 
 
 		 276 aa  353  1e-96  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17100  SSU ribosomal protein S3P  81.13 
 
 		 272 aa  353  2e-96  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0525637  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1191  30S ribosomal protein S3  70.16 
 
 		 265 aa  352  2.9999999999999997e-96  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23750  SSU ribosomal protein S3P  77.93 
 
 		 280 aa  342  5e-93  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.167158  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1713  30S ribosomal protein S3  73.24 
 
 		 267 aa  317  2e-85  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0260  ribosomal protein S3  72.77 
 
 		 272 aa  315  5e-85  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  59.91 
 
 		 237 aa  274  1.0000000000000001e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  61.9 
 
 		 244 aa  271  7e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  58.02 
 
 		 219 aa  269  2.9999999999999997e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 224 aa  266  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 224 aa  266  2e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  57.21 
 
 		 224 aa  266  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 221 aa  265  5.999999999999999e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  60.1 
 
 		 219 aa  263  3e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4921  ribosomal protein S3  58.26 
 
 		 230 aa  262  3e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0969238  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  52.3 
 
 		 262 aa  262  4e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0404  ribosomal protein S3  54.14 
 
 		 288 aa  262  4.999999999999999e-69  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  56.4 
 
 		 210 aa  262  6e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  55.77 
 
 		 210 aa  261  6.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  58.14 
 
 		 216 aa  261  8.999999999999999e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  56.6 
 
 		 211 aa  261  1e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  57.08 
 
 		 211 aa  261  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  56.25 
 
 		 224 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 220 aa  260  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  56.4 
 
 		 210 aa  260  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 395 aa  259  3e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 210 aa  259  3e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  55.66 
 
 		 211 aa  259  4e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  55.66 
 
 		 211 aa  259  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 243 aa  258  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1155  ribosomal protein S3  60.28 
 
 		 236 aa  258  6e-68  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000113812  hitchhiker  0.0000354115 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  58.85 
 
 		 220 aa  258  6e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09940  SSU ribosomal protein S3P  57.08 
 
 		 235 aa  258  7e-68  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.257564  hitchhiker  0.00000258289 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 243 aa  258  8e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4020  ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 260 aa  258  8e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.251089  hitchhiker  0.00000649383 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 237 aa  256  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 218 aa  256  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  56.31 
 
 		 228 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  56.31 
 
 		 228 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  54.81 
 
 		 231 aa  255  5e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  54.17 
 
 		 232 aa  255  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  55.98 
 
 		 214 aa  255  5e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  57.42 
 
 		 236 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  57.42 
 
 		 236 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  53.75 
 
 		 232 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  56.42 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 218 aa  254  1.0000000000000001e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  53.09 
 
 		 235 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  55.77 
 
 		 210 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  57.42 
 
 		 236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  53.75 
 
 		 232 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  54.33 
 
 		 223 aa  253  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0064  30S ribosomal protein S3  55.19 
 
 		 217 aa  253  3e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00697995  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  51.95 
 
 		 223 aa  253  3e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 275 aa  252  4.0000000000000004e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122787  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  55.02 
 
 		 231 aa  252  4.0000000000000004e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  55.86 
 
 		 228 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  55.86 
 
 		 228 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  55.86 
 
 		 228 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  55.86 
 
 		 228 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  55.86 
 
 		 228 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  52.56 
 
 		 229 aa  251  6e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  52.79 
 
 		 249 aa  252  6e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0427  30S ribosomal protein S3  54.15 
 
 		 232 aa  251  6e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159032  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  56.94 
 
 		 236 aa  251  7e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  55.77 
 
 		 218 aa  251  7e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 219 aa  251  7e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0200  SSU ribosomal protein S3P  54.81 
 
 		 229 aa  251  8.000000000000001e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0421793  normal  0.0820646 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>