More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4349 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 275 aa  538  9.999999999999999e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122787  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  80.08 
 
 		 302 aa  400  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3156  30S ribosomal protein S3  75.4 
 
 		 254 aa  372  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.65741 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0191  30S ribosomal protein S3  64.78 
 
 		 240 aa  328  6e-89  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.339095 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0608  ribosomal protein S3  73.95 
 
 		 285 aa  322  4e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0391  30S ribosomal protein S3  69.44 
 
 		 252 aa  322  6e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1153  30S ribosomal protein S3  69.16 
 
 		 246 aa  321  7e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000018962  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05745  putative 30S ribosomal protein S3  67.8 
 
 		 236 aa  314  8e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0959126  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  65.74 
 
 		 249 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1932  30S ribosomal protein S3  62.88 
 
 		 246 aa  308  4e-83  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1621  ribosomal protein S3  66.52 
 
 		 266 aa  287  1e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 218 aa  273  3e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  56.9 
 
 		 226 aa  272  4.0000000000000004e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 218 aa  271  7e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  61.17 
 
 		 218 aa  271  9e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  59.71 
 
 		 219 aa  268  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 220 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  56.05 
 
 		 228 aa  266  4e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  56.05 
 
 		 220 aa  266  4e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0111  30S ribosomal protein S3  59.71 
 
 		 219 aa  264  1e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000062196  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  52.61 
 
 		 239 aa  264  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0116  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000978645  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0116  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000111227  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0112  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.8436400000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0110  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135438  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0116  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000165133  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0147  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000084584  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5189  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000094199  unclonable  1.62141e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0137  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000151619  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0128  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.11451e-61 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1477  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 221 aa  262  4e-69  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000764619  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  58.57 
 
 		 219 aa  262  4.999999999999999e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  55.76 
 
 		 395 aa  262  4.999999999999999e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  55.71 
 
 		 210 aa  261  6.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  55.83 
 
 		 223 aa  261  8e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  57.97 
 
 		 221 aa  261  8.999999999999999e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  54.78 
 
 		 232 aa  261  8.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  54.78 
 
 		 232 aa  261  8.999999999999999e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  54.78 
 
 		 232 aa  261  8.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  58.45 
 
 		 230 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 219 aa  261  1e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  57.97 
 
 		 214 aa  261  1e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  261  1e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  53.25 
 
 		 235 aa  260  1e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  54.78 
 
 		 232 aa  260  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  260  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  54.19 
 
 		 233 aa  260  2e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  260  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  260  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  57.42 
 
 		 232 aa  259  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  57.97 
 
 		 229 aa  259  4e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  58.94 
 
 		 234 aa  259  4e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  55.14 
 
 		 232 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0297  30S ribosomal protein S3  55.5 
 
 		 222 aa  258  6e-68  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.5955900000000001e-28 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  57.42 
 
 		 232 aa  258  7e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 231 aa  257  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  51.61 
 
 		 256 aa  258  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  56.52 
 
 		 240 aa  258  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  53.81 
 
 		 235 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  58.45 
 
 		 229 aa  257  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 210 aa  256  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0288  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 240 aa  257  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 232 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  56.31 
 
 		 211 aa  256  3e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  56.94 
 
 		 235 aa  256  3e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1901  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 217 aa  256  3e-67  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.563087  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  56.31 
 
 		 211 aa  256  3e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1347  30S ribosomal protein S3  54.78 
 
 		 231 aa  255  4e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  55.5 
 
 		 230 aa  256  4e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  55.34 
 
 		 211 aa  255  5e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  60.39 
 
 		 221 aa  255  5e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000095133  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2271  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 217 aa  255  5e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000428524  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  56.25 
 
 		 232 aa  255  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2312  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 217 aa  255  5e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000168649  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 230 aa  255  6e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 220 aa  255  6e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 230 aa  255  6e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 230 aa  255  6e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2396  30S ribosomal protein S3  55.83 
 
 		 217 aa  255  6e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0132783  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 230 aa  255  6e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 229 aa  254  7e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  56.25 
 
 		 232 aa  255  7e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 228 aa  254  8e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 210 aa  254  8e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  55.66 
 
 		 225 aa  254  8e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>