More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mboo_0538 on replicon NC_009712
Organism: Candidatus Methanoregula boonei 6A8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009712  Mboo_0538  30S ribosomal protein S3P  100 
 
 		 231 aa  471  1e-132  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172805  normal  0.860345 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0448  30S ribosomal protein S3P  75.55 
 
 		 234 aa  353  2e-96  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0404742  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0570  30S ribosomal protein S3P  81.46 
 
 		 234 aa  352  2.9999999999999997e-96  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.172392  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2247  30S ribosomal protein S3P  69.2 
 
 		 237 aa  334  5.999999999999999e-91  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000824007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0087  30S ribosomal protein S3P  80.51 
 
 		 231 aa  334  7e-91  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.370765 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1722  30S ribosomal protein S3P  62.05 
 
 		 276 aa  267  8.999999999999999e-71  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0104  30S ribosomal protein S3P  52.04 
 
 		 311 aa  256  2e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0007  30S ribosomal protein S3P  55 
 
 		 304 aa  255  5e-67  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000452289  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2443  30S ribosomal protein S3P  55.05 
 
 		 312 aa  253  2.0000000000000002e-66  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1834  30S ribosomal protein S3P  53.54 
 
 		 317 aa  249  2e-65  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.42538 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2298  30S ribosomal protein S3P  54.55 
 
 		 326 aa  248  5e-65  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0216  ribosomal protein S3  54.31 
 
 		 335 aa  244  9.999999999999999e-64  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2224  ribosomal protein S3  53.54 
 
 		 317 aa  243  9.999999999999999e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1389  30S ribosomal protein S3P  49.53 
 
 		 208 aa  222  3e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1515  ribosomal protein S3  53.37 
 
 		 237 aa  219  3e-56  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  6.05815e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0174  30S ribosomal protein S3P  47.24 
 
 		 211 aa  216  2e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.000147825  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0649  30S ribosomal protein S3P  46.73 
 
 		 211 aa  214  9.999999999999999e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0000037377  hitchhiker  0.000300079 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1269  30S ribosomal protein S3P  46.73 
 
 		 211 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000000296825  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0715  30S ribosomal protein S3P  45.73 
 
 		 211 aa  202  3e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0204211  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1772  ribosomal protein S3  41.67 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0097  30S ribosomal protein S3P  41.11 
 
 		 240 aa  161  1e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000179661  unclonable  0.000000500549 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0488  ribosomal protein S3  43.02 
 
 		 187 aa  151  1e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0804  30S ribosomal protein S3  34.59 
 
 		 251 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5079 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0553  30S ribosomal protein S3P  33.33 
 
 		 220 aa  132  6e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1729  30S ribosomal protein S3P  33.33 
 
 		 217 aa  132  6e-30  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0747  30S ribosomal protein S3P  33.33 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.641836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0769  30S ribosomal protein S3P  32.83 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0907  30S ribosomal protein S3P  32.46 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82366  predicted protein  31.65 
 
 		 242 aa  118  9.999999999999999e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0437402 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01060  ribosomal protein S3, putative  32.84 
 
 		 252 aa  114  8.999999999999998e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.229597  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04087  hypothetical protein similar to 40s ribosomal protein s3 (Eurofung)  30.48 
 
 		 264 aa  112  5e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.110828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33660  predicted protein  34.03 
 
 		 253 aa  108  8.000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.83302  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49305  Ribosomal protein S3, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  31.08 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0399938  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  34.25 
 
 		 223 aa  99  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2901  ribosomal protein S3  34.12 
 
 		 250 aa  98.2  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  33.66 
 
 		 244 aa  97.1  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2708  30S ribosomal protein S3  35.09 
 
 		 222 aa  96.3  4e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2393  30S ribosomal protein S3  35.09 
 
 		 222 aa  96.3  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  32 
 
 		 261 aa  94.4  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3661  ribosomal protein S3  35.88 
 
 		 219 aa  94.7  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178065  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1861  30S ribosomal protein S3  34.91 
 
 		 248 aa  93.6  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.10507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  32.28 
 
 		 308 aa  94  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  33.51 
 
 		 244 aa  93.2  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  34.36 
 
 		 228 aa  93.2  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  36.84 
 
 		 232 aa  93.2  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2613  30S ribosomal protein S3  32.35 
 
 		 253 aa  93.2  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00358822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  33.9 
 
 		 226 aa  92.8  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0282  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92.8  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000274054  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3453  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92.8  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000212964  decreased coverage  0.00445176 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0333  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000255455  normal  0.0226177 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2753  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000356119  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3638  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 268 aa  92.8  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000231617  hitchhiker  0.0000000000213568 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0273  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92.8  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00291944  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0354  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000020511  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3062  30S ribosomal protein S3  33.16 
 
 		 266 aa  92.4  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000122398  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1930  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000560778  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3740  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2626  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92  7e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0741143  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3770  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000624926  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3798  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3163  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92  7e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000161585  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3484  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  92  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00131963  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  33.51 
 
 		 234 aa  92  8e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2834  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 264 aa  91.7  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000988121  normal  0.306449 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3013  30S ribosomal protein S3  31.61 
 
 		 264 aa  91.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000335081  decreased coverage  0.002387 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  31.22 
 
 		 299 aa  91.3  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  36.84 
 
 		 233 aa  90.9  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  33.14 
 
 		 222 aa  90.9  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  33.7 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2944  30S ribosomal protein S3  31.61 
 
 		 264 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.012288  decreased coverage  0.000000133007 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  36.84 
 
 		 233 aa  90.9  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0320  30S ribosomal protein S3  32.12 
 
 		 268 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000941491  decreased coverage  0.00272793 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3311  30S ribosomal protein S3  31.61 
 
 		 265 aa  90.9  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000058787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0255  30S ribosomal protein S3  32.64 
 
 		 266 aa  91.3  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0132359  normal  0.0208099 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  36.26 
 
 		 228 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3291  30S ribosomal protein S3  31.61 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000159884  hitchhiker  0.00000252184 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  36.26 
 
 		 228 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  31.22 
 
 		 295 aa  90.9  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  36.26 
 
 		 228 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1568  ribosomal protein S3  35.29 
 
 		 238 aa  90.5  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000461215  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3173  30S ribosomal protein S3  31.61 
 
 		 264 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000329373  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3789  30S ribosomal protein S3  30.69 
 
 		 298 aa  90.5  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.461405  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  31.22 
 
 		 301 aa  90.1  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 218 aa  90.1  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0284  30S ribosomal protein S3  31.75 
 
 		 288 aa  90.1  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128971  hitchhiker  0.0000000454249 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  32.78 
 
 		 210 aa  89.7  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  32.99 
 
 		 229 aa  90.1  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0279  30S ribosomal protein S3  31.75 
 
 		 288 aa  90.1  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000626052  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  32.75 
 
 		 256 aa  89.7  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1178  ribosomal protein S3  34.12 
 
 		 223 aa  89.4  4e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000314343  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  35.67 
 
 		 240 aa  89.4  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 228 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 228 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 228 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 228 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  33.92 
 
 		 214 aa  89  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3993  30S ribosomal protein S3  32.8 
 
 		 285 aa  89  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000371657 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  36.26 
 
 		 233 aa  89  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 228 aa  89  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  36.26 
 
 		 233 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>