More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pisl_1729 on replicon NC_008701
Organism: Pyrobaculum islandicum DSM 4184



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008701  Pisl_1729  30S ribosomal protein S3P  100 
 
 
217 aa  431  1e-120  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0747  30S ribosomal protein S3P  95.39 
 
 
224 aa  416  9.999999999999999e-116  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.641836  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0553  30S ribosomal protein S3P  89.81 
 
 
220 aa  400  1e-111  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0769  30S ribosomal protein S3P  92.92 
 
 
222 aa  399  9.999999999999999e-111  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0907  30S ribosomal protein S3P  51.69 
 
 
236 aa  215  4e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1772  ribosomal protein S3  43.78 
 
 
229 aa  160  1e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0488  ribosomal protein S3  44.63 
 
 
187 aa  160  2e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0097  30S ribosomal protein S3P  44.09 
 
 
240 aa  152  2.9999999999999998e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000179661  unclonable  0.000000500549 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1389  30S ribosomal protein S3P  38.07 
 
 
208 aa  144  8.000000000000001e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0174  30S ribosomal protein S3P  38.62 
 
 
211 aa  144  1e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.000147825  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0715  30S ribosomal protein S3P  39.38 
 
 
211 aa  143  2e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0204211  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1269  30S ribosomal protein S3P  38.1 
 
 
211 aa  143  2e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000000296825  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0649  30S ribosomal protein S3P  38.1 
 
 
211 aa  143  2e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0000037377  hitchhiker  0.000300079 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1515  ribosomal protein S3  39.41 
 
 
237 aa  142  5e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  6.05815e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1834  30S ribosomal protein S3P  34.83 
 
 
317 aa  139  3e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.42538 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2298  30S ribosomal protein S3P  34.5 
 
 
326 aa  139  3.9999999999999997e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0804  30S ribosomal protein S3  36.02 
 
 
251 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5079 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0216  ribosomal protein S3  34 
 
 
335 aa  136  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2224  ribosomal protein S3  34 
 
 
317 aa  135  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0448  30S ribosomal protein S3P  35.24 
 
 
234 aa  135  7.000000000000001e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0404742  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0538  30S ribosomal protein S3P  33.33 
 
 
231 aa  132  5e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172805  normal  0.860345 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2443  30S ribosomal protein S3P  33.51 
 
 
312 aa  131  7.999999999999999e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2247  30S ribosomal protein S3P  31.68 
 
 
237 aa  129  3e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000824007  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0087  30S ribosomal protein S3P  31.31 
 
 
231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.370765 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1722  30S ribosomal protein S3P  34.67 
 
 
276 aa  126  3e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0570  30S ribosomal protein S3P  30.85 
 
 
234 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.172392  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0104  30S ribosomal protein S3P  32.52 
 
 
311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190261  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0007  30S ribosomal protein S3P  33.17 
 
 
304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000452289  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82366  predicted protein  30.77 
 
 
242 aa  88.6  7e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0437402 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01060  ribosomal protein S3, putative  31.67 
 
 
252 aa  84.3  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.229597  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33660  predicted protein  28.4 
 
 
253 aa  82  0.000000000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.83302  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04087  hypothetical protein similar to 40s ribosomal protein s3 (Eurofung)  29.06 
 
 
264 aa  80.1  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.110828  normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49305  Ribosomal protein S3, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  27.81 
 
 
231 aa  78.2  0.00000000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0399938  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  37.41 
 
 
226 aa  77  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  34.51 
 
 
229 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  34.51 
 
 
229 aa  72  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  33.8 
 
 
229 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  33.81 
 
 
228 aa  69.7  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  33.81 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  33.81 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  33.81 
 
 
228 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  33.81 
 
 
228 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  33.81 
 
 
228 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  34.06 
 
 
228 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  34.06 
 
 
228 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  34.06 
 
 
228 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  34.06 
 
 
228 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  33.09 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  33.57 
 
 
229 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  34.53 
 
 
231 aa  66.6  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3753  30S ribosomal protein S3  34.75 
 
 
230 aa  67  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131663  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0206  30S ribosomal protein S3  34.75 
 
 
230 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000455667  unclonable  0.00000997439 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4164  30S ribosomal protein S3  34.75 
 
 
230 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278564  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1845  30S ribosomal protein S3  35.1 
 
 
253 aa  67.4  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.478423  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  34.75 
 
 
230 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4050  30S ribosomal protein S3  34.75 
 
 
230 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000595874  unclonable  0.00000000000714498 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1861  30S ribosomal protein S3  28.95 
 
 
248 aa  67.4  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.10507  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0397  30S ribosomal protein S3  32.86 
 
 
290 aa  67  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26331  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  34.53 
 
 
235 aa  67  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  33.8 
 
 
229 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  32.89 
 
 
216 aa  67.4  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  34.62 
 
 
210 aa  67  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2417  30S ribosomal protein S3  35.1 
 
 
250 aa  67.4  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000000314718  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  33.55 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  34.75 
 
 
230 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  34.04 
 
 
230 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0187  30S ribosomal protein S3  34.93 
 
 
252 aa  66.2  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.0000114695  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  34.53 
 
 
232 aa  66.2  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  34.04 
 
 
230 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  34.04 
 
 
230 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  34.04 
 
 
230 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  33.09 
 
 
228 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  33.99 
 
 
236 aa  65.9  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  33.8 
 
 
229 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2223  30S ribosomal protein S3  35.1 
 
 
251 aa  65.9  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000780693  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2058  30S ribosomal protein S3  34.44 
 
 
251 aa  65.9  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00124748  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  33.81 
 
 
232 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  33.99 
 
 
236 aa  65.9  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  33.99 
 
 
236 aa  65.9  0.0000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  33.81 
 
 
232 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  33.81 
 
 
232 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0344  30S ribosomal protein S3  32.86 
 
 
293 aa  65.9  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.212701  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  32.67 
 
 
226 aa  65.1  0.0000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1155  ribosomal protein S3  33.33 
 
 
236 aa  64.7  0.0000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000113812  hitchhiker  0.0000354115 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  33.09 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0279  30S ribosomal protein S3  32.14 
 
 
288 aa  64.3  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000626052  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  32.37 
 
 
226 aa  64.3  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  33.09 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  33.09 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  33.09 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  33.09 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  30.32 
 
 
231 aa  64.3  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  33.09 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1270  30S ribosomal protein S3  32.37 
 
 
294 aa  64.7  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00251085  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  33.09 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  33.09 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  33.09 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  32.37 
 
 
230 aa  64.3  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  33.09 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0284  30S ribosomal protein S3  32.14 
 
 
288 aa  64.3  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128971  hitchhiker  0.0000000454249 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>