More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssol_1772 on replicon CP001800
Organism: Sulfolobus solfataricus 98/2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001800  Ssol_1772  ribosomal protein S3  100 
 
 
229 aa  455  1e-127  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0097  30S ribosomal protein S3P  65.38 
 
 
240 aa  313  1.9999999999999998e-84  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000179661  unclonable  0.000000500549 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0488  ribosomal protein S3  51.96 
 
 
187 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1834  30S ribosomal protein S3P  39.81 
 
 
317 aa  181  1e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.42538 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2443  30S ribosomal protein S3P  39 
 
 
312 aa  179  4.999999999999999e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1515  ribosomal protein S3  43.36 
 
 
237 aa  177  9e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  6.05815e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0007  30S ribosomal protein S3P  40.49 
 
 
304 aa  177  1e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000452289  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2247  30S ribosomal protein S3P  41.53 
 
 
237 aa  176  3e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000824007  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2298  30S ribosomal protein S3P  43.02 
 
 
326 aa  176  4e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0104  30S ribosomal protein S3P  43.72 
 
 
311 aa  175  5e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190261  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2224  ribosomal protein S3  42.86 
 
 
317 aa  175  6e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0087  30S ribosomal protein S3P  42.27 
 
 
231 aa  174  8e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.370765 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0216  ribosomal protein S3  41.03 
 
 
335 aa  172  3.9999999999999995e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1722  30S ribosomal protein S3P  43.72 
 
 
276 aa  170  1e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0448  30S ribosomal protein S3P  38.97 
 
 
234 aa  170  2e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0404742  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0570  30S ribosomal protein S3P  37.68 
 
 
234 aa  168  8e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.172392  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0538  30S ribosomal protein S3P  41.67 
 
 
231 aa  167  1e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172805  normal  0.860345 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1389  30S ribosomal protein S3P  40.91 
 
 
208 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0553  30S ribosomal protein S3P  44.22 
 
 
220 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0174  30S ribosomal protein S3P  38.86 
 
 
211 aa  161  6e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.000147825  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1729  30S ribosomal protein S3P  43.78 
 
 
217 aa  160  2e-38  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0747  30S ribosomal protein S3P  43.72 
 
 
224 aa  157  1e-37  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.641836  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0715  30S ribosomal protein S3P  40.98 
 
 
211 aa  157  1e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0204211  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0649  30S ribosomal protein S3P  34.84 
 
 
211 aa  157  2e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0000037377  hitchhiker  0.000300079 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1269  30S ribosomal protein S3P  34.84 
 
 
211 aa  156  3e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000000296825  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0769  30S ribosomal protein S3P  43.72 
 
 
222 aa  154  1e-36  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0907  30S ribosomal protein S3P  40.09 
 
 
236 aa  152  5e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0804  30S ribosomal protein S3  36.51 
 
 
251 aa  132  3e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5079 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82366  predicted protein  33.82 
 
 
242 aa  103  2e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0437402 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01060  ribosomal protein S3, putative  31.25 
 
 
252 aa  99.4  4e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.229597  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49305  Ribosomal protein S3, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  31.5 
 
 
231 aa  97.4  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0399938  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33660  predicted protein  29.33 
 
 
253 aa  97.1  2e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.83302  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04087  hypothetical protein similar to 40s ribosomal protein s3 (Eurofung)  29.72 
 
 
264 aa  94.4  1e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.110828  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2708  30S ribosomal protein S3  32.78 
 
 
222 aa  86.3  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2393  30S ribosomal protein S3  32.78 
 
 
222 aa  86.3  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0200  SSU ribosomal protein S3P  32.75 
 
 
229 aa  84.3  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0421793  normal  0.0820646 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  31.35 
 
 
261 aa  84  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1861  30S ribosomal protein S3  32.74 
 
 
248 aa  84  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.10507  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  34.5 
 
 
214 aa  82.8  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  32.61 
 
 
218 aa  82.4  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  34.08 
 
 
226 aa  82.4  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  33.87 
 
 
219 aa  81.6  0.000000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  32.07 
 
 
222 aa  81.6  0.000000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0809  30S ribosomal protein S3  34.03 
 
 
224 aa  81.3  0.00000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.232608  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 
256 aa  81.3  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1568  ribosomal protein S3  31.32 
 
 
238 aa  80.5  0.00000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000461215  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  31.52 
 
 
218 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0987  ribosomal protein S3  33.53 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.499926  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  33.53 
 
 
233 aa  79.7  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  31.05 
 
 
236 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  33.92 
 
 
220 aa  79  0.00000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  33.92 
 
 
295 aa  79  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2613  30S ribosomal protein S3  31.14 
 
 
253 aa  79  0.00000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00358822  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2901  ribosomal protein S3  32.14 
 
 
250 aa  79  0.00000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  34.32 
 
 
226 aa  78.6  0.00000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  30.5 
 
 
234 aa  77.8  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0773  30S ribosomal protein S3  32.16 
 
 
286 aa  77.8  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000686898  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  33.52 
 
 
221 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  30.77 
 
 
301 aa  77.8  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  33.92 
 
 
271 aa  77.4  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000000180668  hitchhiker  1.0517300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 
223 aa  77  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3789  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 
298 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.461405  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  33.53 
 
 
232 aa  77.4  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  30 
 
 
230 aa  77.4  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  35.67 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  36.36 
 
 
210 aa  77  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  34.66 
 
 
275 aa  76.6  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000192317  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  32.28 
 
 
222 aa  76.6  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000320467  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  32.09 
 
 
308 aa  76.6  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  35.23 
 
 
210 aa  76.3  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0343  ribosomal protein S3  32.97 
 
 
227 aa  76.3  0.0000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000438385  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1848  SSU ribosomal protein S3P  32.97 
 
 
227 aa  76.3  0.0000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00165537  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  33.91 
 
 
221 aa  76.3  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000095133  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0282  30S ribosomal protein S3  31.55 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000274054  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0333  30S ribosomal protein S3  31.55 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000255455  normal  0.0226177 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3453  30S ribosomal protein S3  31.55 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000212964  decreased coverage  0.00445176 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2753  30S ribosomal protein S3  31.55 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000356119  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0273  30S ribosomal protein S3  31.55 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00291944  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0354  30S ribosomal protein S3  31.55 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000020511  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  30.73 
 
 
213 aa  75.5  0.0000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  32.07 
 
 
219 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3291  30S ribosomal protein S3  31.25 
 
 
262 aa  75.5  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000159884  hitchhiker  0.00000252184 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2944  30S ribosomal protein S3  31.25 
 
 
264 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.012288  decreased coverage  0.000000133007 
 
 
-
 
NC_002950  PG1932  30S ribosomal protein S3  33.93 
 
 
246 aa  75.5  0.0000000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3013  30S ribosomal protein S3  31.25 
 
 
264 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000335081  decreased coverage  0.002387 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  32.8 
 
 
219 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  32.35 
 
 
235 aa  75.1  0.0000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  31.76 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>