More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlab_0087 on replicon NC_008942
Organism: Methanocorpusculum labreanum Z



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008942  Mlab_0087  30S ribosomal protein S3P  100 
 
 
231 aa  462  1e-129  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.370765 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0448  30S ribosomal protein S3P  77.19 
 
 
234 aa  352  4e-96  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0404742  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2247  30S ribosomal protein S3P  69.62 
 
 
237 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000824007  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0538  30S ribosomal protein S3P  72.96 
 
 
231 aa  340  1e-92  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172805  normal  0.860345 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0570  30S ribosomal protein S3P  78.95 
 
 
234 aa  338  5e-92  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.172392  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1722  30S ribosomal protein S3P  64.47 
 
 
276 aa  280  2e-74  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2443  30S ribosomal protein S3P  58.29 
 
 
312 aa  271  5.000000000000001e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0007  30S ribosomal protein S3P  54.84 
 
 
304 aa  265  5e-70  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000452289  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1834  30S ribosomal protein S3P  57.58 
 
 
317 aa  262  3e-69  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.42538 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2298  30S ribosomal protein S3P  58.59 
 
 
326 aa  261  4.999999999999999e-69  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0104  30S ribosomal protein S3P  56.72 
 
 
311 aa  260  1e-68  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190261  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0216  ribosomal protein S3  56.22 
 
 
335 aa  260  1e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2224  ribosomal protein S3  55.72 
 
 
317 aa  258  5.0000000000000005e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1515  ribosomal protein S3  51.17 
 
 
237 aa  219  1.9999999999999999e-56  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  6.05815e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1389  30S ribosomal protein S3P  48.06 
 
 
208 aa  219  3e-56  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0649  30S ribosomal protein S3P  49.22 
 
 
211 aa  214  7e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0000037377  hitchhiker  0.000300079 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1269  30S ribosomal protein S3P  49.22 
 
 
211 aa  214  9.999999999999999e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000000296825  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0174  30S ribosomal protein S3P  48.19 
 
 
211 aa  211  4.9999999999999996e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.000147825  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0715  30S ribosomal protein S3P  47.15 
 
 
211 aa  202  3e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0204211  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1772  ribosomal protein S3  40.19 
 
 
229 aa  177  8e-44  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0097  30S ribosomal protein S3P  43.72 
 
 
240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000179661  unclonable  0.000000500549 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0488  ribosomal protein S3  43.33 
 
 
187 aa  157  1e-37  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0804  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5079 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0553  30S ribosomal protein S3P  30.92 
 
 
220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1729  30S ribosomal protein S3P  30.88 
 
 
217 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0747  30S ribosomal protein S3P  30.92 
 
 
224 aa  129  3e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.641836  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0907  30S ribosomal protein S3P  34.2 
 
 
236 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0769  30S ribosomal protein S3P  30.88 
 
 
222 aa  128  9.000000000000001e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01060  ribosomal protein S3, putative  33.17 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.229597  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04087  hypothetical protein similar to 40s ribosomal protein s3 (Eurofung)  32.18 
 
 
264 aa  113  2.0000000000000002e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.110828  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82366  predicted protein  32.2 
 
 
242 aa  111  9e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0437402 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49305  Ribosomal protein S3, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  34.07 
 
 
231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0399938  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33660  predicted protein  34.22 
 
 
253 aa  110  3e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.83302  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2613  30S ribosomal protein S3  32.94 
 
 
253 aa  96.3  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00358822  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2901  ribosomal protein S3  33.53 
 
 
250 aa  96.3  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2708  30S ribosomal protein S3  32.98 
 
 
222 aa  96.3  4e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2393  30S ribosomal protein S3  32.98 
 
 
222 aa  96.3  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  34.71 
 
 
223 aa  94  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  33.72 
 
 
261 aa  94  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1861  30S ribosomal protein S3  34.91 
 
 
248 aa  93.6  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.10507  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  34.55 
 
 
226 aa  92.8  4e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  35.47 
 
 
244 aa  91.7  9e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3661  ribosomal protein S3  33.51 
 
 
219 aa  90.9  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178065  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  35.59 
 
 
232 aa  90.1  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  34.88 
 
 
244 aa  89.4  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_002620  TC0809  30S ribosomal protein S3  34.29 
 
 
224 aa  89  6e-17  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.232608  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  33.16 
 
 
228 aa  88.6  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  32.97 
 
 
233 aa  87.8  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0987  ribosomal protein S3  31.88 
 
 
245 aa  88.2  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.499926  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  32.97 
 
 
233 aa  87.4  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1568  ribosomal protein S3  34.05 
 
 
238 aa  87.4  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000461215  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  32.8 
 
 
219 aa  87.4  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  32.12 
 
 
210 aa  87  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  33.53 
 
 
249 aa  87.4  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0333  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000255455  normal  0.0226177 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3453  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  86.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000212964  decreased coverage  0.00445176 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0282  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  86.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000274054  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2753  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000356119  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0273  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  86.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00291944  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0354  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000020511  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  32.76 
 
 
226 aa  86.3  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  33.14 
 
 
218 aa  85.9  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2626  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  85.9  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0741143  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0271  ribosomal protein S3  34.12 
 
 
231 aa  85.9  5e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000386927  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3770  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  85.9  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000624926  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3740  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  85.9  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3798  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  85.9  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3484  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  85.9  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00131963  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3163  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  85.9  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000161585  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1930  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  85.9  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000560778  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  33.16 
 
 
228 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  33.16 
 
 
228 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  32.62 
 
 
221 aa  85.9  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  31.77 
 
 
240 aa  85.9  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  34.46 
 
 
233 aa  85.5  6e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0490  30S ribosomal protein S3  31.87 
 
 
242 aa  85.5  6e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000127993  normal  0.0282319 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  35.03 
 
 
235 aa  85.5  6e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  33.72 
 
 
219 aa  85.1  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  30.81 
 
 
256 aa  85.5  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  31.98 
 
 
210 aa  85.1  8e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3062  30S ribosomal protein S3  33.53 
 
 
266 aa  85.1  8e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000122398  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  31.98 
 
 
218 aa  85.1  8e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  30.65 
 
 
301 aa  85.1  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0255  30S ribosomal protein S3  34.12 
 
 
266 aa  85.1  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0132359  normal  0.0208099 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  35.09 
 
 
237 aa  85.1  9e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  33.33 
 
 
231 aa  84.7  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0495  30S ribosomal protein S3  31.87 
 
 
242 aa  84.7  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000115275  hitchhiker  0.00400345 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3638  30S ribosomal protein S3  33.53 
 
 
268 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000231617  hitchhiker  0.0000000000213568 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  36.26 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0601  SSU ribosomal protein S3P  32.02 
 
 
267 aa  84.3  0.000000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000507952  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  32.04 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  32.42 
 
 
233 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  32.42 
 
 
233 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  32.42 
 
 
233 aa  84  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  32.42 
 
 
233 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  32.42 
 
 
233 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0432  30S ribosomal protein S3  33.72 
 
 
247 aa  83.6  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000392005  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2944  30S ribosomal protein S3  30.23 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.012288  decreased coverage  0.000000133007 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  32.42 
 
 
233 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  32.42 
 
 
233 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>