More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_0448 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_0448  30S ribosomal protein S3P  100 
 
 		 234 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0404742  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0570  30S ribosomal protein S3P  80.1 
 
 		 234 aa  352  2e-96  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.172392  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0538  30S ribosomal protein S3P  75.55 
 
 		 231 aa  353  2e-96  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172805  normal  0.860345 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0087  30S ribosomal protein S3P  76.34 
 
 		 231 aa  347  1e-94  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.370765 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2247  30S ribosomal protein S3P  71.9 
 
 		 237 aa  343  1e-93  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000824007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1722  30S ribosomal protein S3P  62.05 
 
 		 276 aa  267  1e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2443  30S ribosomal protein S3P  56.48 
 
 		 312 aa  266  2e-70  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1834  30S ribosomal protein S3P  58.97 
 
 		 317 aa  265  4e-70  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.42538 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0007  30S ribosomal protein S3P  53.98 
 
 		 304 aa  264  7e-70  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000452289  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0104  30S ribosomal protein S3P  57.55 
 
 		 311 aa  264  8.999999999999999e-70  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2298  30S ribosomal protein S3P  60 
 
 		 326 aa  263  2e-69  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0216  ribosomal protein S3  57.92 
 
 		 335 aa  260  1e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2224  ribosomal protein S3  57.92 
 
 		 317 aa  259  2e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1515  ribosomal protein S3  49.12 
 
 		 237 aa  225  4e-58  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  6.05815e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1389  30S ribosomal protein S3P  49.49 
 
 		 208 aa  218  7.999999999999999e-56  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0649  30S ribosomal protein S3P  47.18 
 
 		 211 aa  210  1e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0000037377  hitchhiker  0.000300079 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1269  30S ribosomal protein S3P  47.18 
 
 		 211 aa  210  2e-53  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000000296825  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0174  30S ribosomal protein S3P  47.18 
 
 		 211 aa  210  2e-53  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.000147825  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0715  30S ribosomal protein S3P  45.13 
 
 		 211 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0204211  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1772  ribosomal protein S3  38.97 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0097  30S ribosomal protein S3P  42.62 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000179661  unclonable  0.000000500549 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0488  ribosomal protein S3  45.45 
 
 		 187 aa  151  8e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0804  30S ribosomal protein S3  35.5 
 
 		 251 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5079 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1729  30S ribosomal protein S3P  35.24 
 
 		 217 aa  135  8e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0553  30S ribosomal protein S3P  34.93 
 
 		 220 aa  133  3e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0747  30S ribosomal protein S3P  35.24 
 
 		 224 aa  133  3e-30  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.641836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0769  30S ribosomal protein S3P  34.63 
 
 		 222 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0907  30S ribosomal protein S3P  35.35 
 
 		 236 aa  128  6e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01060  ribosomal protein S3, putative  35.44 
 
 		 252 aa  118  6e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.229597  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04087  hypothetical protein similar to 40s ribosomal protein s3 (Eurofung)  34.3 
 
 		 264 aa  116  3e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.110828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49305  Ribosomal protein S3, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  32.89 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0399938  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82366  predicted protein  32.72 
 
 		 242 aa  110  1.0000000000000001e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0437402 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33660  predicted protein  35.29 
 
 		 253 aa  107  2e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.83302  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2613  30S ribosomal protein S3  35.16 
 
 		 253 aa  99  6e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00358822  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2901  ribosomal protein S3  34.91 
 
 		 250 aa  98.6  7e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2708  30S ribosomal protein S3  32.79 
 
 		 222 aa  96.7  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2393  30S ribosomal protein S3  32.79 
 
 		 222 aa  96.7  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1861  30S ribosomal protein S3  35.47 
 
 		 248 aa  94.4  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.10507  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  33.92 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  32.32 
 
 		 221 aa  90.5  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  35.43 
 
 		 226 aa  90.1  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  35.47 
 
 		 219 aa  89.7  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3661  ribosomal protein S3  32.79 
 
 		 219 aa  89  6e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178065  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  33.83 
 
 		 228 aa  87.8  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  34.32 
 
 		 249 aa  87  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  33.89 
 
 		 244 aa  86.7  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  33.33 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  34.3 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  35.84 
 
 		 240 aa  86.3  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0601  SSU ribosomal protein S3P  31.52 
 
 		 267 aa  85.9  5e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000507952  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  32.43 
 
 		 219 aa  85.5  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  33.14 
 
 		 222 aa  85.5  7e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  30.68 
 
 		 261 aa  85.1  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  34.07 
 
 		 210 aa  85.1  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  34.3 
 
 		 244 aa  85.1  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  33.53 
 
 		 210 aa  85.1  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  31.35 
 
 		 222 aa  85.1  9e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000320467  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  31.37 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  34.95 
 
 		 231 aa  84.3  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 229 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  31.37 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  31.37 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  31.37 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  33.52 
 
 		 220 aa  84.7  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0329  ribosomal protein S3  34.29 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000625588  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  31.84 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  34.68 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  31.84 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0495  30S ribosomal protein S3  32.95 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000115275  hitchhiker  0.00400345 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  33.14 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  31.84 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0397  30S ribosomal protein S3  29.63 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1178  ribosomal protein S3  34.76 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000314343  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3311  30S ribosomal protein S3  30.27 
 
 		 265 aa  83.6  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000058787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4020  ribosomal protein S3  30.88 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.251089  hitchhiker  0.00000649383 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  31.16 
 
 		 220 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3013  30S ribosomal protein S3  30.68 
 
 		 264 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000335081  decreased coverage  0.002387 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3173  30S ribosomal protein S3  30.27 
 
 		 264 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000329373  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2944  30S ribosomal protein S3  30.68 
 
 		 264 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.012288  decreased coverage  0.000000133007 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  33 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  33 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3291  30S ribosomal protein S3  30.68 
 
 		 262 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000159884  hitchhiker  0.00000252184 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0427  30S ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 232 aa  83.2  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159032  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  33 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0490  30S ribosomal protein S3  32.95 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000127993  normal  0.0282319 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  30.81 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  33.72 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1568  ribosomal protein S3  31.72 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000461215  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0432  30S ribosomal protein S3  32.95 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000392005  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  33.72 
 
 		 232 aa  83.2  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  33 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  33 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0987  ribosomal protein S3  30.86 
 
 		 245 aa  82.4  0.000000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.499926  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  33 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  33 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  33 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>