More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0804 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_0804  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 251 aa  509  1e-143  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5079 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1515  ribosomal protein S3  45.45 
 
 		 237 aa  159  5e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  6.05815e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0174  30S ribosomal protein S3P  36.36 
 
 		 211 aa  150  2e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.000147825  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0570  30S ribosomal protein S3P  35.96 
 
 		 234 aa  149  6e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.172392  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0649  30S ribosomal protein S3P  35.29 
 
 		 211 aa  148  8e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0000037377  hitchhiker  0.000300079 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1269  30S ribosomal protein S3P  35.29 
 
 		 211 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000000296825  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1389  30S ribosomal protein S3P  37.43 
 
 		 208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0488  ribosomal protein S3  42.2 
 
 		 187 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0715  30S ribosomal protein S3P  36.36 
 
 		 211 aa  142  5e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0204211  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0747  30S ribosomal protein S3P  35.41 
 
 		 224 aa  142  5e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.641836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1834  30S ribosomal protein S3P  35.9 
 
 		 317 aa  142  6e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.42538 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0769  30S ribosomal protein S3P  37.1 
 
 		 222 aa  142  6e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0553  30S ribosomal protein S3P  35.89 
 
 		 220 aa  141  9e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0097  30S ribosomal protein S3P  33.33 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000179661  unclonable  0.000000500549 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1722  30S ribosomal protein S3P  37.56 
 
 		 276 aa  139  6e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1729  30S ribosomal protein S3P  36.02 
 
 		 217 aa  139  6e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0104  30S ribosomal protein S3P  34.55 
 
 		 311 aa  138  7e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2247  30S ribosomal protein S3P  34.95 
 
 		 237 aa  138  7e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000824007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0007  30S ribosomal protein S3P  35.6 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000452289  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2298  30S ribosomal protein S3P  35.05 
 
 		 326 aa  137  1e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0448  30S ribosomal protein S3P  35.5 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0404742  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0087  30S ribosomal protein S3P  33.85 
 
 		 231 aa  136  4e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.370765 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0538  30S ribosomal protein S3P  34.59 
 
 		 231 aa  133  3e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172805  normal  0.860345 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1772  ribosomal protein S3  36.51 
 
 		 229 aa  132  6e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0216  ribosomal protein S3  34.55 
 
 		 335 aa  132  6.999999999999999e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2443  30S ribosomal protein S3P  32.69 
 
 		 312 aa  129  3e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2224  ribosomal protein S3  33.84 
 
 		 317 aa  128  9.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0907  30S ribosomal protein S3P  32.14 
 
 		 236 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  32.24 
 
 		 240 aa  97.4  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  32.99 
 
 		 228 aa  96.7  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  34.03 
 
 		 228 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  34.03 
 
 		 228 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2528  30S ribosomal protein S3  32.24 
 
 		 238 aa  95.1  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  31.96 
 
 		 229 aa  95.1  9e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  35.33 
 
 		 249 aa  95.1  9e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  32.24 
 
 		 238 aa  94.7  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  32.24 
 
 		 238 aa  94.7  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  32.45 
 
 		 218 aa  95.1  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  33.68 
 
 		 228 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  34.62 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  33.51 
 
 		 232 aa  94.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  32.65 
 
 		 232 aa  94  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  31.47 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  32.8 
 
 		 231 aa  93.6  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 		 233 aa  93.2  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  31.22 
 
 		 229 aa  93.2  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 228 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 228 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 228 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  31.75 
 
 		 229 aa  93.2  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  33.53 
 
 		 223 aa  92.8  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  31.73 
 
 		 239 aa  93.2  4e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1846  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 		 226 aa  92.8  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00843492  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  34.62 
 
 		 228 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  34.62 
 
 		 228 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  34.62 
 
 		 228 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  34.62 
 
 		 228 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  32.8 
 
 		 229 aa  91.7  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0966  30S ribosomal protein S3  32.31 
 
 		 224 aa  91.7  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0153824  hitchhiker  0.00000134918 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  34.43 
 
 		 235 aa  91.7  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0288  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  34.5 
 
 		 213 aa  91.7  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  33.51 
 
 		 232 aa  91.7  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1825  30S ribosomal protein S3  31.79 
 
 		 217 aa  90.5  2e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.652235  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0591  30S ribosomal protein S3  34.18 
 
 		 247 aa  90.5  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  28.96 
 
 		 219 aa  90.5  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  31.19 
 
 		 229 aa  90.9  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  31.03 
 
 		 226 aa  90.9  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  33.51 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  31.96 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  31.66 
 
 		 228 aa  90.1  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  31.19 
 
 		 229 aa  90.1  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  32.99 
 
 		 232 aa  90.1  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  31.19 
 
 		 226 aa  89.7  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0329  ribosomal protein S3  35.03 
 
 		 224 aa  89.7  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000625588  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  30.85 
 
 		 228 aa  89.7  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1845  30S ribosomal protein S3  31.86 
 
 		 253 aa  89.7  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.478423  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  30.85 
 
 		 224 aa  89.7  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  31.96 
 
 		 233 aa  89.4  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  30.81 
 
 		 224 aa  89  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  30.81 
 
 		 224 aa  89  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  29.06 
 
 		 230 aa  89  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  30.73 
 
 		 223 aa  89  7e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  32.11 
 
 		 230 aa  89  7e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  31.79 
 
 		 244 aa  89  7e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  31.72 
 
 		 223 aa  89  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  31.96 
 
 		 233 aa  89  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  30.81 
 
 		 224 aa  89  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  32.12 
 
 		 214 aa  89  7e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  32.11 
 
 		 230 aa  89  7e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  32.11 
 
 		 230 aa  89  7e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  32.11 
 
 		 230 aa  89  7e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  31.96 
 
 		 233 aa  89  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  31.96 
 
 		 233 aa  89  8e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  31.96 
 
 		 233 aa  89  8e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  31.96 
 
 		 233 aa  89  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  31.96 
 
 		 233 aa  89  8e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  31.96 
 
 		 233 aa  89  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  31.96 
 
 		 233 aa  89  8e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  31.96 
 
 		 233 aa  89  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>