More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pars_0769 on replicon NC_009376
Organism: Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009376  Pars_0769  30S ribosomal protein S3P  100 
 
 
222 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0747  30S ribosomal protein S3P  93.12 
 
 
224 aa  411  1e-114  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.641836  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0553  30S ribosomal protein S3P  91.74 
 
 
220 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1729  30S ribosomal protein S3P  91.71 
 
 
217 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0907  30S ribosomal protein S3P  52.66 
 
 
236 aa  217  1e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0488  ribosomal protein S3  44.07 
 
 
187 aa  156  2e-37  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1772  ribosomal protein S3  43.28 
 
 
229 aa  154  7e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1389  30S ribosomal protein S3P  39.59 
 
 
208 aa  148  5e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0097  30S ribosomal protein S3P  43.01 
 
 
240 aa  146  2.0000000000000003e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000179661  unclonable  0.000000500549 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0649  30S ribosomal protein S3P  39.15 
 
 
211 aa  145  5e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0000037377  hitchhiker  0.000300079 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1269  30S ribosomal protein S3P  39.15 
 
 
211 aa  145  6e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000000296825  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0174  30S ribosomal protein S3P  39.68 
 
 
211 aa  144  1e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.000147825  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0804  30S ribosomal protein S3  37.1 
 
 
251 aa  142  3e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5079 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0715  30S ribosomal protein S3P  38.86 
 
 
211 aa  140  9.999999999999999e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0204211  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1515  ribosomal protein S3  39.9 
 
 
237 aa  141  9.999999999999999e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  6.05815e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1834  30S ribosomal protein S3P  34.33 
 
 
317 aa  133  1.9999999999999998e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.42538 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0448  30S ribosomal protein S3P  34.43 
 
 
234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0404742  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2298  30S ribosomal protein S3P  34 
 
 
326 aa  133  1.9999999999999998e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0216  ribosomal protein S3  34.5 
 
 
335 aa  132  6e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2224  ribosomal protein S3  34.5 
 
 
317 aa  131  6.999999999999999e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2247  30S ribosomal protein S3P  31.68 
 
 
237 aa  128  8.000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000824007  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0538  30S ribosomal protein S3P  32.83 
 
 
231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172805  normal  0.860345 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0087  30S ribosomal protein S3P  31.31 
 
 
231 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.370765 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2443  30S ribosomal protein S3P  32.99 
 
 
312 aa  125  7e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0570  30S ribosomal protein S3P  31.1 
 
 
234 aa  124  9e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.172392  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1722  30S ribosomal protein S3P  34.17 
 
 
276 aa  122  4e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0104  30S ribosomal protein S3P  31.86 
 
 
311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190261  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0007  30S ribosomal protein S3P  32.16 
 
 
304 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000452289  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82366  predicted protein  29.59 
 
 
242 aa  83.6  0.000000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0437402 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01060  ribosomal protein S3, putative  31.52 
 
 
252 aa  80.5  0.00000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.229597  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33660  predicted protein  27.22 
 
 
253 aa  77  0.0000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.83302  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49305  Ribosomal protein S3, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  28.49 
 
 
231 aa  74.3  0.000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0399938  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04087  hypothetical protein similar to 40s ribosomal protein s3 (Eurofung)  28.32 
 
 
264 aa  73.6  0.000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.110828  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  35.17 
 
 
226 aa  72  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  34.07 
 
 
229 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  33.58 
 
 
229 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  33.58 
 
 
229 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1845  30S ribosomal protein S3  35.76 
 
 
253 aa  67.4  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.478423  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  35.57 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2417  30S ribosomal protein S3  35.76 
 
 
250 aa  67.4  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000000314718  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2058  30S ribosomal protein S3  35.1 
 
 
251 aa  66.2  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00124748  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  32.43 
 
 
231 aa  65.5  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2223  30S ribosomal protein S3  35.1 
 
 
251 aa  65.5  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000780693  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0187  30S ribosomal protein S3  35.62 
 
 
252 aa  65.5  0.0000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.0000114695  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1155  ribosomal protein S3  33.87 
 
 
236 aa  65.5  0.0000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000113812  hitchhiker  0.0000354115 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  30.92 
 
 
219 aa  64.3  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0397  30S ribosomal protein S3  32.33 
 
 
290 aa  64.3  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26331  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  34.85 
 
 
235 aa  64.7  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  33.1 
 
 
211 aa  63.5  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  33.1 
 
 
210 aa  63.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  32.58 
 
 
228 aa  63.5  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  32.58 
 
 
229 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  32.58 
 
 
228 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0295  30S ribosomal protein S3  35.1 
 
 
249 aa  63.2  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  32.58 
 
 
228 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  32.58 
 
 
228 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  32.58 
 
 
228 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  32.58 
 
 
228 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2681  ribosomal protein S3  31.39 
 
 
276 aa  62.8  0.000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2969  SSU ribosomal protein S3P  31.39 
 
 
277 aa  62.8  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.530475  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  29.72 
 
 
240 aa  62.8  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2613  30S ribosomal protein S3  28.76 
 
 
253 aa  62.4  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00358822  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  32.82 
 
 
228 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  31.69 
 
 
216 aa  62.4  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  32.82 
 
 
228 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  32.89 
 
 
232 aa  62  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  32.89 
 
 
232 aa  62  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  32.82 
 
 
228 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1178  ribosomal protein S3  32.03 
 
 
223 aa  62.4  0.000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000314343  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  32.82 
 
 
228 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0279  30S ribosomal protein S3  31.58 
 
 
288 aa  62  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000626052  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17100  SSU ribosomal protein S3P  32.85 
 
 
272 aa  62  0.000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0525637  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0284  30S ribosomal protein S3  31.58 
 
 
288 aa  62  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128971  hitchhiker  0.0000000454249 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0334  ribosomal protein S3  33.53 
 
 
233 aa  61.6  0.000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.385043  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0344  30S ribosomal protein S3  31.58 
 
 
293 aa  62  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.212701  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1270  30S ribosomal protein S3  31.58 
 
 
294 aa  61.6  0.000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00251085  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  34.09 
 
 
232 aa  61.6  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  31.82 
 
 
228 aa  61.6  0.000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  34.09 
 
 
232 aa  61.6  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  34.09 
 
 
232 aa  61.6  0.000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  29 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  32.88 
 
 
236 aa  60.8  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  34.09 
 
 
232 aa  60.8  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0937  30S ribosomal protein S3  31.37 
 
 
292 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0855011  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1232  SSU ribosomal protein S3P  33.55 
 
 
223 aa  61.2  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855016 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  30.92 
 
 
218 aa  61.6  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>