More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_0570 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009051  Memar_0570  30S ribosomal protein S3P  100 
 
 		 234 aa  472  1e-132  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.172392  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0538  30S ribosomal protein S3P  74.58 
 
 		 231 aa  353  8.999999999999999e-97  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172805  normal  0.860345 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0448  30S ribosomal protein S3P  80.1 
 
 		 234 aa  353  1e-96  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0404742  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0087  30S ribosomal protein S3P  82.56 
 
 		 231 aa  338  4e-92  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.370765 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2247  30S ribosomal protein S3P  76.24 
 
 		 237 aa  330  2e-89  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000824007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2443  30S ribosomal protein S3P  59.39 
 
 		 312 aa  271  8.000000000000001e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1834  30S ribosomal protein S3P  58.88 
 
 		 317 aa  266  2e-70  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.42538 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0007  30S ribosomal protein S3P  56.28 
 
 		 304 aa  265  4e-70  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000452289  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2298  30S ribosomal protein S3P  59.9 
 
 		 326 aa  264  8e-70  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1722  30S ribosomal protein S3P  59.49 
 
 		 276 aa  263  1e-69  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0104  30S ribosomal protein S3P  54.03 
 
 		 311 aa  263  2e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0216  ribosomal protein S3  55.87 
 
 		 335 aa  261  8e-69  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2224  ribosomal protein S3  54.34 
 
 		 317 aa  259  3e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1389  30S ribosomal protein S3P  49.76 
 
 		 208 aa  226  2e-58  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1515  ribosomal protein S3  49.11 
 
 		 237 aa  224  9e-58  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  6.05815e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0174  30S ribosomal protein S3P  49.25 
 
 		 211 aa  222  3e-57  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.000147825  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0649  30S ribosomal protein S3P  49.25 
 
 		 211 aa  223  3e-57  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0000037377  hitchhiker  0.000300079 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1269  30S ribosomal protein S3P  49.25 
 
 		 211 aa  222  3e-57  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000000296825  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0715  30S ribosomal protein S3P  46.23 
 
 		 211 aa  206  2e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0204211  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0097  30S ribosomal protein S3P  44.81 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000179661  unclonable  0.000000500549 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1772  ribosomal protein S3  37.44 
 
 		 229 aa  168  8e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0488  ribosomal protein S3  41.34 
 
 		 187 aa  155  6e-37  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0804  30S ribosomal protein S3  35.96 
 
 		 251 aa  149  2e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5079 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0907  30S ribosomal protein S3P  34.62 
 
 		 236 aa  136  4e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0553  30S ribosomal protein S3P  31.1 
 
 		 220 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1729  30S ribosomal protein S3P  30.85 
 
 		 217 aa  125  6e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0747  30S ribosomal protein S3P  30.85 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.641836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0769  30S ribosomal protein S3P  31.34 
 
 		 222 aa  124  2e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04087  hypothetical protein similar to 40s ribosomal protein s3 (Eurofung)  31.16 
 
 		 264 aa  121  9.999999999999999e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.110828  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01060  ribosomal protein S3, putative  32.04 
 
 		 252 aa  119  6e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.229597  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33660  predicted protein  32.38 
 
 		 253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.83302  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49305  Ribosomal protein S3, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  31.22 
 
 		 231 aa  113  3e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0399938  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82366  predicted protein  29.47 
 
 		 242 aa  109  3e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0437402 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2901  ribosomal protein S3  33.71 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2708  30S ribosomal protein S3  34.05 
 
 		 222 aa  101  8e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2393  30S ribosomal protein S3  34.05 
 
 		 222 aa  101  8e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1861  30S ribosomal protein S3  35.09 
 
 		 248 aa  98.6  8e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.10507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2613  30S ribosomal protein S3  31.76 
 
 		 253 aa  98.2  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00358822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3661  ribosomal protein S3  33.88 
 
 		 219 aa  97.4  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  32.14 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  32.28 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  32.95 
 
 		 210 aa  93.2  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1568  ribosomal protein S3  32.04 
 
 		 238 aa  92  7e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000461215  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  34.86 
 
 		 219 aa  91.7  9e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  32.39 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  33.14 
 
 		 226 aa  91.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0987  ribosomal protein S3  28.77 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.499926  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  33.51 
 
 		 210 aa  90.1  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0601  SSU ribosomal protein S3P  30.98 
 
 		 267 aa  90.1  3e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000507952  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  32.75 
 
 		 211 aa  89.4  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  34.68 
 
 		 240 aa  89.4  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  32.95 
 
 		 244 aa  89  6e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  32.75 
 
 		 210 aa  88.6  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  32.37 
 
 		 211 aa  87.8  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  31.77 
 
 		 219 aa  88.2  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  33.72 
 
 		 249 aa  87.8  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  34.1 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  32.37 
 
 		 211 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  31.55 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  32.16 
 
 		 211 aa  87.4  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  32.37 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  31.79 
 
 		 218 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  32.94 
 
 		 213 aa  86.7  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  32.12 
 
 		 220 aa  86.7  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  32.95 
 
 		 232 aa  86.3  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  28.81 
 
 		 261 aa  86.3  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1178  ribosomal protein S3  31.21 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000314343  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1825  30S ribosomal protein S3  31.15 
 
 		 217 aa  85.9  5e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.652235  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  31.79 
 
 		 239 aa  85.9  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  29.79 
 
 		 234 aa  85.5  6e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  31.86 
 
 		 232 aa  85.5  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  31.86 
 
 		 232 aa  85.5  7e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  32.37 
 
 		 228 aa  85.5  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  32.81 
 
 		 229 aa  85.5  7e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  30.64 
 
 		 234 aa  85.5  7e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  31.86 
 
 		 232 aa  85.5  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0809  30S ribosomal protein S3  32.77 
 
 		 224 aa  85.1  8e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.232608  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3013  30S ribosomal protein S3  29.94 
 
 		 264 aa  85.1  8e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000335081  decreased coverage  0.002387 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3291  30S ribosomal protein S3  29.94 
 
 		 262 aa  85.1  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000159884  hitchhiker  0.00000252184 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2944  30S ribosomal protein S3  29.94 
 
 		 264 aa  85.1  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.012288  decreased coverage  0.000000133007 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3311  30S ribosomal protein S3  29.94 
 
 		 265 aa  85.1  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000058787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  32.37 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0397  30S ribosomal protein S3  29.38 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3173  30S ribosomal protein S3  29.94 
 
 		 264 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000329373  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  34.68 
 
 		 237 aa  84.7  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  32.42 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  32.42 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  30.27 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000320467  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2327  30S ribosomal protein S3  33.17 
 
 		 227 aa  84.7  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000359117  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  32.37 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3993  30S ribosomal protein S3  31.64 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000371657 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  30.69 
 
 		 220 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  30.53 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  32.31 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  30.06 
 
 		 218 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  33.71 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  31.37 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0329  ribosomal protein S3  32.57 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000625588  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  32.37 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  30.29 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>