More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2059 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 213 aa  434  1e-121  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0085  30S ribosomal protein S3  79.34 
 
 		 213 aa  364  1e-100  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0561951 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2251  30S ribosomal protein S3  78.67 
 
 		 213 aa  360  7.0000000000000005e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000614716  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1759  30S ribosomal protein S3  77.36 
 
 		 212 aa  359  1e-98  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.341094  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0666  30S ribosomal protein S3  77.93 
 
 		 213 aa  359  2e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00146093  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2768  30S ribosomal protein S3  74.64 
 
 		 212 aa  335  3.9999999999999995e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000286487  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  65.7 
 
 		 233 aa  299  2e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  61.9 
 
 		 210 aa  294  7e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 211 aa  283  1.0000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 211 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 210 aa  280  8.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  59.42 
 
 		 211 aa  280  1e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 210 aa  279  2e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  61.54 
 
 		 210 aa  280  2e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  59.42 
 
 		 211 aa  278  3e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  62.26 
 
 		 216 aa  278  6e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  60.95 
 
 		 223 aa  274  6e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  58.22 
 
 		 224 aa  274  6e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 219 aa  274  7e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  58.45 
 
 		 210 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1232  SSU ribosomal protein S3P  59.42 
 
 		 223 aa  272  3e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855016 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 224 aa  271  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0090  30S ribosomal protein S3  60.28 
 
 		 231 aa  271  4.0000000000000004e-72  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 224 aa  271  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  57.28 
 
 		 224 aa  270  8.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  62.02 
 
 		 237 aa  268  7e-71  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  59.07 
 
 		 222 aa  267  8.999999999999999e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  59.13 
 
 		 220 aa  266  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  59.13 
 
 		 228 aa  266  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0040  30S ribosomal protein S3  59.35 
 
 		 232 aa  266  2e-70  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0666312  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 243 aa  264  5.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 243 aa  264  8.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  58.69 
 
 		 218 aa  263  1e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  56.67 
 
 		 221 aa  263  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  58.94 
 
 		 225 aa  262  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1771  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 		 232 aa  262  3e-69  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000585037  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 237 aa  262  3e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1027  30S ribosomal protein S3  58.69 
 
 		 232 aa  262  3e-69  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000269281  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  57.97 
 
 		 225 aa  260  8e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  57.82 
 
 		 236 aa  260  8.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 236 aa  259  2e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 248 aa  259  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 248 aa  259  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 236 aa  259  2e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 248 aa  259  2e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 249 aa  259  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 236 aa  258  3e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  57.82 
 
 		 248 aa  259  3e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 235 aa  259  3e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 236 aa  258  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 236 aa  258  3e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 219 aa  258  4e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  54.59 
 
 		 223 aa  258  5.0000000000000005e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0271  ribosomal protein S3  56.94 
 
 		 231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000386927  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0292  30S ribosomal protein S3  57.48 
 
 		 241 aa  258  5.0000000000000005e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00457089  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 220 aa  258  6e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 223 aa  256  1e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  56.25 
 
 		 221 aa  256  2e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000095133  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  58.45 
 
 		 244 aa  256  2e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 228 aa  256  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  55.71 
 
 		 220 aa  256  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 251 aa  255  3e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 252 aa  255  3e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 228 aa  255  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 228 aa  255  4e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 235 aa  254  7e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 232 aa  254  7e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 232 aa  254  9e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  56.4 
 
 		 241 aa  253  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 236 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3661  ribosomal protein S3  54.59 
 
 		 219 aa  253  1.0000000000000001e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178065  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0987  ribosomal protein S3  56.25 
 
 		 245 aa  253  1.0000000000000001e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.499926  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2075  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 233 aa  253  1.0000000000000001e-66  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000597186  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0464  30S ribosomal protein S3  55.92 
 
 		 226 aa  253  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0329  ribosomal protein S3  57.82 
 
 		 224 aa  253  1.0000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000625588  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1869  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 233 aa  252  2.0000000000000002e-66  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.437759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0966  30S ribosomal protein S3  57.69 
 
 		 224 aa  252  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0153824  hitchhiker  0.00000134918 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 232 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1698  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 		 233 aa  252  2.0000000000000002e-66  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000141955  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  56.54 
 
 		 229 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  56.4 
 
 		 239 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 261 aa  251  4.0000000000000004e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  53.3 
 
 		 236 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  54.81 
 
 		 222 aa  251  6e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000320467  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  55.5 
 
 		 244 aa  251  6e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 231 aa  251  6e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  55.98 
 
 		 230 aa  251  7e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  55.61 
 
 		 229 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  56.4 
 
 		 231 aa  251  8.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 252 aa  251  8.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  56.54 
 
 		 228 aa  250  9.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 249 aa  250  1e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0773  30S ribosomal protein S3  55.29 
 
 		 286 aa  250  1e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000686898  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2708  30S ribosomal protein S3  54.07 
 
 		 222 aa  249  1e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2393  30S ribosomal protein S3  54.07 
 
 		 222 aa  249  1e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0065  30S ribosomal protein S3  56.13 
 
 		 233 aa  250  1e-65  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00223028  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  55.24 
 
 		 237 aa  250  1e-65  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0297  ribosomal protein S3  56.48 
 
 		 229 aa  249  2e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.888515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  56.94 
 
 		 229 aa  249  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  54.33 
 
 		 256 aa  249  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>