More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2708 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2708  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 222 aa  448  1e-125  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2393  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 222 aa  448  1e-125  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  68.78 
 
 		 226 aa  320  9.999999999999999e-87  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  67.73 
 
 		 222 aa  319  3e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000320467  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  66.2 
 
 		 221 aa  306  2.0000000000000002e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  66.67 
 
 		 221 aa  301  5.000000000000001e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000095133  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3661  ribosomal protein S3  66.04 
 
 		 219 aa  297  8e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178065  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  65.26 
 
 		 220 aa  296  1e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1568  ribosomal protein S3  61.29 
 
 		 238 aa  294  7e-79  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000461215  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  65.24 
 
 		 214 aa  292  3e-78  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  62.84 
 
 		 219 aa  291  6e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  61.32 
 
 		 222 aa  290  2e-77  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  63.85 
 
 		 218 aa  286  2e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  63.85 
 
 		 218 aa  285  2.9999999999999996e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  60.38 
 
 		 218 aa  284  8e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  63.21 
 
 		 219 aa  284  9e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  61.43 
 
 		 224 aa  278  6e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  61.43 
 
 		 224 aa  278  6e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  61.43 
 
 		 224 aa  278  7e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2312  30S ribosomal protein S3  63.21 
 
 		 217 aa  277  8e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000168649  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2271  30S ribosomal protein S3  63.21 
 
 		 217 aa  277  8e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000428524  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1825  30S ribosomal protein S3  63.21 
 
 		 217 aa  276  2e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.652235  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  62.44 
 
 		 219 aa  275  3e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0147  30S ribosomal protein S3  62.91 
 
 		 219 aa  275  4e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000084584  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0116  30S ribosomal protein S3  62.91 
 
 		 219 aa  275  4e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000978645  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0116  30S ribosomal protein S3  62.91 
 
 		 219 aa  275  4e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000111227  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0112  30S ribosomal protein S3  62.91 
 
 		 219 aa  275  4e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.8436400000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0110  30S ribosomal protein S3  62.91 
 
 		 219 aa  275  4e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135438  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0128  30S ribosomal protein S3  62.91 
 
 		 219 aa  275  4e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.11451e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0116  30S ribosomal protein S3  62.91 
 
 		 219 aa  275  4e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000165133  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5189  30S ribosomal protein S3  62.91 
 
 		 219 aa  275  4e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000094199  unclonable  1.62141e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0137  30S ribosomal protein S3  62.91 
 
 		 219 aa  275  4e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000151619  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  60.95 
 
 		 224 aa  275  5e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0111  30S ribosomal protein S3  62.44 
 
 		 219 aa  274  7e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000062196  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0064  30S ribosomal protein S3  61.03 
 
 		 217 aa  274  9e-73  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00697995  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1901  30S ribosomal protein S3  61.97 
 
 		 217 aa  272  2.0000000000000002e-72  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.563087  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  59.43 
 
 		 220 aa  272  4.0000000000000004e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 226 aa  269  2e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2327  30S ribosomal protein S3  61.01 
 
 		 227 aa  269  2.9999999999999997e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000359117  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  61.9 
 
 		 210 aa  268  2.9999999999999997e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2396  30S ribosomal protein S3  60.27 
 
 		 217 aa  267  7e-71  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0132783  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1477  30S ribosomal protein S3  58.45 
 
 		 221 aa  267  1e-70  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000764619  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  59.52 
 
 		 210 aa  264  5.999999999999999e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0200  SSU ribosomal protein S3P  57.14 
 
 		 229 aa  263  1e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0421793  normal  0.0820646 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  54.13 
 
 		 223 aa  261  4e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  59.15 
 
 		 211 aa  260  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  58.02 
 
 		 210 aa  260  1e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  56.54 
 
 		 216 aa  259  2e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  58.69 
 
 		 211 aa  258  4e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0987  ribosomal protein S3  56.09 
 
 		 245 aa  258  6e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.499926  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  58.49 
 
 		 210 aa  257  1e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  56.34 
 
 		 211 aa  256  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  55.4 
 
 		 211 aa  255  4e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0202  SSU ribosomal protein S3P  54.26 
 
 		 223 aa  254  8e-67  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0598468  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1178  ribosomal protein S3  55.76 
 
 		 223 aa  253  1.0000000000000001e-66  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000314343  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 210 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0297  30S ribosomal protein S3  55.4 
 
 		 222 aa  252  3e-66  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.5955900000000001e-28 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  54.3 
 
 		 237 aa  250  1e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  54.07 
 
 		 213 aa  249  2e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  55.02 
 
 		 232 aa  249  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 233 aa  249  3e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 235 aa  249  3e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  53.6 
 
 		 244 aa  249  3e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2251  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 213 aa  248  4e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000614716  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 233 aa  248  4e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  53.08 
 
 		 278 aa  248  4e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4315  ribosomal protein S3  52.07 
 
 		 272 aa  248  4e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 233 aa  248  4e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 232 aa  248  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 232 aa  248  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 232 aa  248  5e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2768  30S ribosomal protein S3  55.98 
 
 		 212 aa  248  6e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000286487  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  51.89 
 
 		 279 aa  248  6e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  56.13 
 
 		 229 aa  248  6e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  56.13 
 
 		 229 aa  248  6e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  55.02 
 
 		 230 aa  248  6e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  54.07 
 
 		 233 aa  248  7e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0065  30S ribosomal protein S3  55.2 
 
 		 233 aa  247  8e-65  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00223028  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  55.29 
 
 		 275 aa  247  9e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122787  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2075  30S ribosomal protein S3  54.05 
 
 		 233 aa  247  1e-64  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000597186  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  54.07 
 
 		 233 aa  247  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1759  30S ribosomal protein S3  55.5 
 
 		 212 aa  247  1e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.341094  normal  0.399462 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1869  30S ribosomal protein S3  54.05 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.437759  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  53.39 
 
 		 244 aa  246  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  55.19 
 
 		 229 aa  246  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1698  30S ribosomal protein S3  54.05 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000141955  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  55.02 
 
 		 240 aa  246  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  53.59 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>