More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_2058 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_2058  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 251 aa  501  1e-141  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00124748  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2417  30S ribosomal protein S3  92.31 
 
 		 250 aa  442  1e-123  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000000314718  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2223  30S ribosomal protein S3  89.74 
 
 		 251 aa  438  9.999999999999999e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000780693  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1845  30S ribosomal protein S3  89.5 
 
 		 253 aa  439  9.999999999999999e-123  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.478423  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0295  30S ribosomal protein S3  88.28 
 
 		 249 aa  436  1e-121  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0187  30S ribosomal protein S3  84.27 
 
 		 252 aa  430  1e-119  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.0000114695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2290  30S ribosomal protein S3  90.68 
 
 		 252 aa  421  1e-117  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000815753  hitchhiker  0.00311978 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  56.67 
 
 		 249 aa  258  6e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  56.34 
 
 		 302 aa  252  3e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 219 aa  251  7e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  52.77 
 
 		 223 aa  250  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  55.87 
 
 		 275 aa  250  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122787  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 243 aa  248  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  49.61 
 
 		 301 aa  248  7e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 243 aa  248  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3156  30S ribosomal protein S3  55.87 
 
 		 254 aa  248  8e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.65741 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 237 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  50.22 
 
 		 229 aa  245  6e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  49.59 
 
 		 236 aa  244  8e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  49.59 
 
 		 236 aa  244  8e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  52.38 
 
 		 214 aa  243  1.9999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  51.08 
 
 		 229 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  50.83 
 
 		 252 aa  242  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 211 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 218 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  53.15 
 
 		 235 aa  242  5e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  50.88 
 
 		 230 aa  242  5e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  55.24 
 
 		 239 aa  241  6e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  51.91 
 
 		 234 aa  241  6e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 210 aa  241  6e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  52.83 
 
 		 210 aa  241  7e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  49.57 
 
 		 232 aa  241  7.999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  56.67 
 
 		 236 aa  241  9e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3789  30S ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 298 aa  240  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.461405  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  52.05 
 
 		 229 aa  240  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0220  ribosomal protein S3  52.4 
 
 		 210 aa  240  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  49.35 
 
 		 229 aa  239  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  53.42 
 
 		 226 aa  240  2e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 232 aa  240  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  50.22 
 
 		 232 aa  239  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  51.9 
 
 		 211 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  49.14 
 
 		 232 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  50.39 
 
 		 295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  50.21 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 308 aa  239  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  49.78 
 
 		 229 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 271 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000000180668  hitchhiker  1.0517300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 275 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000192317  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0279  30S ribosomal protein S3  53.81 
 
 		 288 aa  239  4e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000626052  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  50.41 
 
 		 236 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  53.81 
 
 		 218 aa  239  4e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 241 aa  239  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0284  30S ribosomal protein S3  53.81 
 
 		 288 aa  239  4e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128971  hitchhiker  0.0000000454249 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 236 aa  238  5e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 236 aa  238  5e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  52.83 
 
 		 223 aa  238  5e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 219 aa  238  5e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  50.64 
 
 		 235 aa  238  5e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  52.58 
 
 		 218 aa  238  5e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  54.76 
 
 		 210 aa  238  5e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  51.8 
 
 		 231 aa  238  5.999999999999999e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1347  30S ribosomal protein S3  51.35 
 
 		 231 aa  238  5.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 233 aa  238  5.999999999999999e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0090  30S ribosomal protein S3  52.94 
 
 		 231 aa  238  5.999999999999999e-62  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  52.38 
 
 		 221 aa  238  5.999999999999999e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  51.9 
 
 		 211 aa  238  6.999999999999999e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 220 aa  238  8e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0344  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 293 aa  238  8e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.212701  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 248 aa  237  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  49.79 
 
 		 235 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0111  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 219 aa  238  1e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000062196  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0116  30S ribosomal protein S3  52.51 
 
 		 219 aa  237  1e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000978645  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  50.44 
 
 		 230 aa  237  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0116  30S ribosomal protein S3  52.51 
 
 		 219 aa  237  1e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000111227  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0112  30S ribosomal protein S3  52.51 
 
 		 219 aa  237  1e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.8436400000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0110  30S ribosomal protein S3  52.51 
 
 		 219 aa  237  1e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135438  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1771  30S ribosomal protein S3  49.78 
 
 		 232 aa  237  1e-61  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000585037  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0137  30S ribosomal protein S3  52.51 
 
 		 219 aa  237  1e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000151619  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  53.3 
 
 		 299 aa  237  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0116  30S ribosomal protein S3  52.51 
 
 		 219 aa  237  1e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000165133  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  52.38 
 
 		 210 aa  237  1e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  49.79 
 
 		 256 aa  238  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  52.05 
 
 		 219 aa  237  1e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0147  30S ribosomal protein S3  52.51 
 
 		 219 aa  237  1e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000084584  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  50.21 
 
 		 231 aa  237  1e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 248 aa  237  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  50.44 
 
 		 230 aa  237  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  50.44 
 
 		 230 aa  237  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5189  30S ribosomal protein S3  52.51 
 
 		 219 aa  237  1e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000094199  unclonable  1.62141e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0128  30S ribosomal protein S3  52.51 
 
 		 219 aa  237  1e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.11451e-61 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  50.44 
 
 		 230 aa  237  1e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  51.9 
 
 		 211 aa  238  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  49.17 
 
 		 240 aa  237  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  54.76 
 
 		 244 aa  237  1e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3740  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 266 aa  236  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3163  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 266 aa  236  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000161585  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1930  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 266 aa  236  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000560778  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3770  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 266 aa  236  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000624926  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  50.21 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  54.29 
 
 		 248 aa  236  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>