198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2400 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2400  GAF domain-containing protein  100 
 
 		 628 aa  1248    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2359  putative phytochrome sensor protein  93.95 
 
 		 627 aa  1149    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0618  putative phytochrome sensor protein  39.19 
 
 		 615 aa  393  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1341  putative phytochrome sensor protein  37.48 
 
 		 612 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0926  GAF domain-containing protein  34.93 
 
 		 614 aa  340  4e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2177  GAF domain-containing protein  35.71 
 
 		 611 aa  333  5e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266529 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  29.56 
 
 		 578 aa  234  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1408  membrane-fusion protein-like  29.98 
 
 		 631 aa  210  7e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.382309  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2199  membrane-fusion protein-like protein  28.22 
 
 		 619 aa  190  7e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291447 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.45 
 
 		 383 aa  64.7  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2055  hypothetical protein  26.89 
 
 		 442 aa  62.4  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1951  hypothetical protein  24.7 
 
 		 1097 aa  60.8  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00270024  hitchhiker  0.000836755 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  27.32 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0524  HlyD family secretion protein  28.4 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2759  hypothetical protein  20.93 
 
 		 681 aa  57  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.172121  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  25.14 
 
 		 364 aa  55.8  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.74 
 
 		 430 aa  55.5  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3969  secretion protein HlyD family protein  25.48 
 
 		 352 aa  55.5  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0341  RND family efflux transporter MFP subunit  26.29 
 
 		 375 aa  55.5  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.666034  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0389  hypothetical protein  25.19 
 
 		 439 aa  55.1  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.478293  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3787  secretion protein HlyD family protein  25.48 
 
 		 352 aa  54.7  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 		 349 aa  54.7  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3843  secretion protein HlyD family protein  25.48 
 
 		 352 aa  54.7  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  25.89 
 
 		 340 aa  54.3  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3509  secretion protein HlyD family protein  25.48 
 
 		 351 aa  54.3  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3406  secretion protein HlyD family protein  28.85 
 
 		 358 aa  54.3  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0523  secretion protein HlyD family protein  25.48 
 
 		 351 aa  53.9  0.000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  26.15 
 
 		 383 aa  53.5  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.41 
 
 		 430 aa  53.5  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0568  hypothetical protein  24.52 
 
 		 442 aa  53.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0482  secretion protein HlyD family protein  25.48 
 
 		 352 aa  53.1  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.13 
 
 		 349 aa  53.1  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  26.15 
 
 		 383 aa  53.5  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 378 aa  53.5  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0473  hypothetical protein  25.29 
 
 		 442 aa  53.5  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.796891  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  25.89 
 
 		 372 aa  52.8  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.79 
 
 		 448 aa  52.8  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  32.71 
 
 		 467 aa  52.8  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  25.89 
 
 		 372 aa  52.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0522  secretion protein HlyD family protein  25.48 
 
 		 351 aa  53.1  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.889598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 390 aa  52.8  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  23.04 
 
 		 416 aa  52.4  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0299  hypothetical protein  22.85 
 
 		 450 aa  52.8  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251177  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 		 404 aa  52  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  26.22 
 
 		 376 aa  52.4  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  24.44 
 
 		 349 aa  51.6  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5410  hypothetical protein  26.48 
 
 		 449 aa  51.6  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288703  normal  0.36048 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4102  secretion protein HlyD family protein  27.88 
 
 		 401 aa  51.6  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.27 
 
 		 336 aa  51.6  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000138483  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.79 
 
 		 663 aa  52  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0418  membrane-fusion protein  25.48 
 
 		 436 aa  51.2  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 434 aa  51.6  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.77 
 
 		 388 aa  51.2  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  29.34 
 
 		 409 aa  51.2  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3968  hypothetical protein  22.46 
 
 		 727 aa  50.8  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0475594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  28.14 
 
 		 380 aa  50.8  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.59 
 
 		 397 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.05 
 
 		 351 aa  50.4  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  23.71 
 
 		 414 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  28.4 
 
 		 400 aa  50.1  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1273  membrane fusion protein of the hefABC efflux system HefB  24.27 
 
 		 245 aa  50.1  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0109811  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2257  HlyD family secretion protein  28.7 
 
 		 341 aa  49.7  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.105446  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4015  hypothetical protein  24.21 
 
 		 435 aa  49.3  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 407 aa  49.3  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  24.82 
 
 		 426 aa  49.3  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  25.35 
 
 		 372 aa  49.3  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  25.67 
 
 		 424 aa  49.3  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 372 aa  49.3  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4621  RND family efflux transporter MFP subunit  24.87 
 
 		 386 aa  48.9  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.63 
 
 		 379 aa  48.9  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4470  secretion protein HlyD family protein  28.57 
 
 		 401 aa  48.9  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 384 aa  48.5  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6769  secretion protein HlyD family protein  26.09 
 
 		 393 aa  48.9  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.238192  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11358  putative metal transport-related, exported protein  25.25 
 
 		 561 aa  48.5  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.462947  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  26.63 
 
 		 366 aa  48.5  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2108  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.57 
 
 		 448 aa  48.9  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0345  RND family efflux transporter MFP subunit  22.89 
 
 		 360 aa  48.5  0.0004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0426386  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  27.42 
 
 		 338 aa  48.5  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0878  secretion protein HlyD  21.21 
 
 		 263 aa  48.5  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0949246  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3828  secretion protein HlyD  25.49 
 
 		 430 aa  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.29 
 
 		 404 aa  48.1  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  25.2 
 
 		 451 aa  48.1  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4169  secretion protein HlyD family protein  29.63 
 
 		 477 aa  48.5  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00575947  hitchhiker  0.00428587 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 		 361 aa  48.1  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1985  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.64 
 
 		 429 aa  48.5  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3663  hypothetical protein  22.94 
 
 		 343 aa  48.5  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 		 360 aa  48.1  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  25.11 
 
 		 398 aa  48.1  0.0005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 		 360 aa  48.1  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.68 
 
 		 362 aa  48.1  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  25.14 
 
 		 353 aa  48.1  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 		 363 aa  48.1  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4584  secretion protein HlyD family protein  29.25 
 
 		 402 aa  48.1  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  30.69 
 
 		 411 aa  48.1  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 		 360 aa  48.1  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  26.98 
 
 		 373 aa  47.8  0.0006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0830  cation eflux system protein  24.15 
 
 		 368 aa  47.8  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0187806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  26.24 
 
 		 352 aa  47.8  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.51 
 
 		 400 aa  47.8  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0478  hypothetical protein  24.21 
 
 		 436 aa  47.8  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>